טבלת התאימות הנוכחית
הטבלה נגזרת מהניתוב הנוכחי באפליקציית SlideScope ומהתנהגות הקוראים. השתמשו בה כמדריך סינון ראשוני, ואז בדקו קבצים מייצגים מהמיקרוסקופ, הסורק, גרסת התוכנה והגדרות הדחיסה המדויקים שהצוות שלכם משתמש בהם.
| משפחת פורמטים | סיומות מתקבלות | התנהגות הקורא | בדיקות חשובות |
|---|---|---|---|
| ZEISS CZI | .czi |
מנרמל את ממדי הזמן, Z, הערוץ, Y ו-X; קורא מטא-נתוני רכישה וכיול מרחבי כשהם זמינים. סצנות שחולקות סוג פיקסל וצירים הופכות לסצנות נפרדות שאפשר לעבור ביניהן, כל אחת בגודל שלה, ו-XY Overview מציג אותן יחד. מייצא ל-OME-TIFF את הסצנה שעל המסך, או את כל הסצנות. | בדקו סצנות, פסיפסים, מבני תת-בלוקים לא שגרתיים ורכישות גדולות מאוד. |
| Nikon ND2 | .nd2 |
ממפה זמן, Z, ערוצים וגודל תמונה. מיקומי במה מרובים הם ציר מיקום נפרד עם פקד משלו, ו-XY Overview ממקם אותם לפי קואורדינטות הבמה שתועדו. | ודאו את פרשנות המיקום והזמן, את מבנה ה-RGB, את המטא-נתונים ואת הדור המדויק של NIS-Elements. |
| Aperio SVS | .svs |
קורא רמות פירמידה של שקופיות מלאות מבוססות TIFF ובוחר רמת תצוגה סבירה במסגרת מגבלות הזיכרון. | בדקו את קודקי JPEG/JPEG 2000, את שלמות הפירמידה, את מטא-נתוני הסורק ואת רמת הרזולוציה הרצויה. |
| TIFF ו-OME-TIFF | .tif, .tiff |
משתמש בצירים בעלי שם כשהם זמינים, כולל זמן, Z, ערוץ, Y ו-X. מזהה מטא-נתונים של OME-TIFF ושל ImageJ וקנה מידה מרחבי כשהם קיימים. כל עמוד של TIFF רגיל מרובה עמודים נגיש. | TIFF הוא מכל גמיש. ודאו דחיסה, גודל BigTIFF, פירמידות, צירים ושימור מטא-נתונים. |
| שקופיות מסורקים של יצרנים | .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs |
קורא את פירמידת התמונה של הסורק עצמו דרך מנוע OpenSlide וטוען את הרמה שמתאימה לאזור שעל המסך. סרגל קנה המידה, המדידות וההערות משתמשים בכיול המיקרונים של הסורק בכל רמת זום. מאז 1.10.0 נפתחות שקופיות NDPI בדחיסת JPEG XR, וגם שקופיות Leica SCN ו-Ventana BIF ש-OpenSlide לא יכול לקרוא. מאז 1.20.0, הערות שצוירו ב-NDP.view (קובץ .ndpa לצד ה-.ndpi) מופיעות מעל השקופית ואפשר להעתיק אותן למדידות שלכם. |
MRXS, VMS ו-VMU שומרים את נתוני הפיקסלים בתיקייה נלווית לצד קובץ האינדקס, ולכן הם נפתחים מאחסון מקומי בלבד ונדחים בקישורים מרוחקים. בשקופיות BIF ש-OpenSlide לא יכול לקרוא, התפרים בין האריחים עדיין לא מחוברים. בדקו את שלמות הפירמידה ואת מטא-נתוני היצרן על שקופיות מייצגות. |
| Hamamatsu NDPIS (מאז 1.10.0) | .ndpis |
פותח סטים פלואורסצנטיים של Hamamatsu עם השמות והצבעים האמיתיים של הערוצים, ועם מדידות ב-µm לפי הכיול של הסורק. | ודאו את שמות הערוצים, הצבעים והכיול מול תוכנת הסורק על סט מייצג. |
| Olympus/Evident VSI (מאז 1.10.0) | .vsi |
פותח תמונות שקופית מלאה ופלואורסצנציה של cellSens, כולל שקופיות עם כמה אזורי סריקה. כל אזור סריקה נמדד לפי גודל הפיקסל שלו, וחלונית Details מציגה מטא-נתונים מתועדים כמו העדשה, השמות והצבעים האמיתיים של הערוצים ותאריך הרכישה. | בדקו שקופיות מרובות אזורים וסריקות פלואורסצנציה מגרסת cellSens שהצוות שלכם משתמש בה. |
| Olympus FluoView (מאז 1.10.0) | .oib, .oif, .oir |
פותח קובצי FluoView קונפוקליים עם השמות והצבעים האמיתיים של הערוצים, מישורי מוקד ב-µm ונקודות זמן בשניות אמיתיות. חלונית Details מציגה הגדרות מתועדות כמו העדשה, הלייזרים, הגלאים וההגברים, וה-pinhole. | ודאו את פרשנות הערוצים, ה-Z והזמן מול FluoView על רכישה מייצגת. |
| Zeiss ZVI ו-LSM (מאז 1.10.0) | .zvi, .lsm |
פותח קובצי AxioVision ZVI וקובצי LSM קונפוקליים מ-LSM 510 ועד LSM 980, עם השמות והצבעים האמיתיים של הערוצים ומישורי מוקד ב-µm. חלונית Details מציגה הגדרות מתועדות כמו העדשה, זמן החשיפה, הלייזרים, הגלאים וה-pinhole. | בדקו קבצים מכל דור של AxioVision או ZEN שהצוות שלכם שומר בארכיון. |
| Leica LIF, LOF ו-XLEF | .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf |
פותח קובצי LAS X; קובצי LOF ופרויקטי XLEF עם חלקי ה-XLIF וה-XLCF שלהם נפתחים מאז 1.10.0, והתמיכה ב-LIF הועמקה באותה גרסה. סריקות אריחים ורכישות מרובות מיקומים נפתחות כמיקומים שאפשר לעבור ביניהם או לראות יחד ב-XY Overview, ממוקמים לפי קואורדינטות הבמה שתועדו. | שמרו יחד את הקבצים שפרויקט XLEF מפנה אליהם, ובדקו את מיקום הבמה על סריקת אריחים מייצגת. |
| DeltaVision (מאז 1.10.0) | .dv, .r3d |
פותח קובצי DeltaVision, כולל תמונות D3D אחרי דה-קונבולוציה, עם ערוצים, מישורי מוקד ב-µm ונקודות זמן בשניות. חלונית Details מציגה הגדרות מתועדות כמו העדשה, זמן החשיפה והמסננים. | השוו קבצים גולמיים וקבצים אחרי דה-קונבולוציה מאותה רכישה אם שניהם משמשים בהמשך. |
| MetaMorph (מאז 1.10.0) | .stk, .nd, MetaSeries .tif |
פותח ערימות STK, קובצי MetaSeries TIFF וסטים של רכישה רב-ממדית ב-.nd. סט .nd נפתח כתמונה אחת: אורכי הגל שלו הופכים לערוצים, נקודות הזמן לסדרת זמן, ואת מיקומי הבמה שלו אפשר לעבור אחד אחד או לראות יחד ב-XY Overview. |
שמרו לצד סט .nd את קובצי ה-TIFF או ה-STK שהוא מפרט. |
| OME-Zarr (מאז 1.10.0) | תיקיות .zarr |
פותח תמונות OME-NGFF 0.4 ו-0.5, כולל לוחות HCS עם כל באר ושדה, ופלט של bioformats2raw עם מטא-נתוני ה-OME-XML שלו. אפשר לעבור בין הבארות של הלוח או לראות אותן יחד ב-XY Overview. | תיקיות מקומיות בלבד: אי אפשר לפתוח OME-Zarr מקישור https מרוחק. |
| תמונות יומיומיות (מאז 1.10.0) | .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp |
פותח תמונות PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF ו-WebP באותו מציג שבו נפתחים קובצי מיקרוסקופיה. | בדקו אם הקובץ מתעד כיול לפני שאתם מסתמכים על מדידות ב-µm. |
| Philips iSyntax (מאז 1.20.0) | .isyntax |
פותח סריקות שקופית מלאה של Philips iSyntax עם הפירמידה, גודל הפיקסל, התווית ותמונת המאקרו שלהן. SlideScope מציג את הפיקסלים המפוענחים: החידוד, שיפור הניגודיות ופרופיל הצבע של Philips עצמה לא מוחלים, וחלונית Details מציינת זאת. | השוו שקופית מייצגת עם המציג של Philips אם המראה המדויק חשוב. קובץ פגום או קטוע נדחה ולא נפתח באופן חלקי. |
| KFBio KFB (מאז 1.20.0) | .kfb |
פותח סריקות שקופית מלאה בשדה בהיר של KFBio עם הפירמידה וגודל הפיקסל שלהן. אריח פגום מצויר מהרמה הגסה הבאה, ו-SlideScope מציין זאת. | שקופיות פלואורסצנציה מסוג KFBF לא נפתחות. אזורים שהסורק לא צילם מוצגים בלבן. |
| ICS/IDS (מאז 1.20.0) | .ics, .ids |
פותח תמונות בתקן Image Cytometry Standard, כמו פלט של SVI Huygens ושל DIPlib: זוגות .ics/.ids בגרסה 1 וקבצים בודדים בגרסה 2, כולל נתונים בדחיסת gzip, עם קנה המידה והצירים שלהם. הפיקסלים תואמים ל-Bio-Formats, כולל הכיוון שלו בקובצי Huygens. |
שמרו את קובץ ה-.ids לצד כותרת ה-.ics שלו. קובץ .ics של לוח שנה מזוהה ואינו נפתח כתמונה. |
| Gatan DM3 ו-DM4 (מאז 1.20.0) | .dm3, .dm4 |
פותח תמונות Gatan Digital Micrograph עם הכיול ומטא-נתוני המיקרוסקופ שלהן. בתמונות ספקטרום של EELS ו-EDS עוברים לאורך האנרגיה עם מחוון Energy, ותבניות דיפרקציה ו-FFT מקבלות סרגל קנה מידה הופכי ב-nm⁻¹ במקום מדידות. | ספקטרום חד-ממדי ומערכי נתונים של 4D-STEM לא נפתחים. |
| Olympus SIS (מאז 1.20.0) | .sis, .tif עם תגי SIS |
פותח תמונות Olympus analySIS עם גודל הפיקסל והמטא-נתונים המתועדים שלהן. | .sis היא גם סיומת של קובצי התקנה של Symbian, ולכן נפתחים רק קבצים שהם באמת תמונות TIFF. |
| DICOM סטנדרטי | .dcm, .dicom |
מטפל במערכי נתונים סטנדרטיים של פריים יחיד ומרובי פריימים, וממפה זמן, Z, ערוצים, פריימים ומטא-נתונים נבחרים. DICOM של שקופיות מלאות באריחים נקרא דרך מסלול פירמידה נפרד עם גישה מקורית לאריחים. | ודאו את ה-transfer syntax והקודקים, את ה-SOP class, את מדיניות הסרת הזיהוי ואת הדרישות לשימוש מחקרי. |