Isi video ini
Daftar dukungan format mengklaim kemampuan; video ini mengukurnya. 792 berkas nyata dalam 14 keluarga format, total 44 GB, masing-masing dibuka dalam proses terisolasi yang membangun loader yang sama dengan yang dipakai penampil, mendekode satu bidang, lalu merendernya. 767 terbuka, 9 tidak dapat dibaca, 16 sama sekali tidak berisi citra, dan tidak ada yang crash.
Video ini membahas format whole slide (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), format mikroskopi (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF), dan DICOM, menjelaskan mengapa 16 "kegagalan" adalah berkas tanpa piksel di dalamnya, dan menyebutkan 9 berkas yang memang tidak dapat dibaca. Setiap hasil, termasuk kegagalannya, dipublikasikan di halaman benchmark format.
Lebih suka membaca? Benchmark format: setiap berkas dan hasilnya.
Transkrip
Diperbarui sejak perekaman. Sejak video ini direkam, masalah QPTIFF multipleks yang dijelaskan di dalamnya telah diperbaiki: berkas QPTIFF multipleks Akoya kini terbuka dengan kanal fluoresensnya, bukan sebagai satu citra RGB. Halaman benchmark memuat hasil terkini.
Tujuh ratus sembilan puluh dua berkas. Empat belas keluarga format. Empat puluh empat gigabyte.
Tujuh ratus enam puluh tujuh terbuka. Sembilan tidak dapat dibaca.
Enam belas sama sekali tidak berisi citra. Tidak ada yang membuat penampil crash.
Setiap hasil dipublikasikan, termasuk yang membuat kami terlihat buruk.
Hampir setiap penampil memublikasikan daftar ekstensi yang diketik seseorang.
Daftar itu mengklaim suatu kemampuan. Daftar itu tidak mengukurnya.
Daftar itu tidak memberi tahu apa pun tentang apakah berkas nyata dari pemindai nyata bisa terbuka,
atau apa yang terjadi jika tidak.
Jadi kami menguji setiap berkas yang kami miliki, dan memublikasikan kegagalan di samping keberhasilan.
Setiap berkas diserahkan ke proses anak sekali pakai.
Proses itu membangun loader yang sama dengan yang dibangun aplikasi, membaca dimensinya,
mendekode satu bidang, dan merendernya melalui jalur yang sama dengan yang dipakai penampil.
Berkas cacat yang menghentikan codec native hanya mematikan proses anak itu.
Itulah sebabnya crash adalah kolom yang dapat dilaporkan tabel ini dengan jujur sebagai nol.
Bab satu. Format whole slide.
Berkas yang keluar dari pemindai dan lazim berukuran beberapa gigabyte.
Bab dua. Format mikroskopi.
Di sini pertanyaannya bukan ukuran berkas, melainkan berapa banyak kanal, bidang fokus, dan titik waktu yang bertahan.
Bab tiga. DICOM, termasuk DICOM whole slide.
Tiga ratus tujuh puluh delapan berkas diuji. Tiga ratus enam puluh dua terbuka.
DICOM adalah format dokumen sekaligus format citra.
Berkas DICOMDIR adalah indeks sebuah disk.
Presentation state mencatat bagaimana seseorang pernah mengatur window sebuah studi.
Yang lain menyimpan laporan atau pengukuran. Tidak satu pun berisi piksel.
Jadi menolaknya adalah jawaban yang benar, dan menghitungnya sebagai kegagalan justru akan menguntungkan kami.
Jumlah kegagalan yang jujur untuk uji ini adalah sembilan, bukan dua puluh lima.
Sembilan berkas yang memang tidak dapat kami buka.
Dua slide Leica SCN. Satu tidak memiliki citra utama yang dapat diidentifikasi.
Yang lain memiliki citra utama yang tidak serupa.
Satu Ventana BIF dengan atribut arah yang tidak terduga.
Dan enam kontainer Imaris Classic lama, dari masa sebelum format itu beralih ke HDF5.
Semuanya utuh. Checksum-nya cocok dengan penerbit.
Ini adalah batas decoder dan tata letak vendor, dan berkas-berkas ini tetap berada di korpus sebagai cakupan uji regresi.
Inilah kegagalan yang paling penting, dan yang tidak pernah diakui tabel format.
QPTIFF multipleks Akoya terbuka tanpa galat sama sekali.
Berkas itu berisi lima kanal fluoresens beresolusi penuh, dengan lebar tiga puluh empat ribu piksel.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red, dan Cy5.
Kami mengarahkannya ke pembaca brightfield, sehingga yang dilaporkan hanya satu kanal dan yang dikembalikan adalah irisan RGB.
Kanal fluoresens tidak dapat dijangkau, dan tidak ada yang memperingatkan Anda.
Pindaian brightfield dengan format yang sama terbuka sempurna, dan justru karena itulah masalah ini tidak terdeteksi.
Bab empat. Tidak ada pembaca cadangan generik.
Kami mengambil berkas nyata terkecil dari setiap ekstensi yang tidak didukung dalam korpus referensi.
Sembilan puluh tiga berkas, masing-masing diproses melalui loader versi rilis.
Kesembilan puluh tiganya ditolak dengan pesan yang jelas. Tidak ada yang crash.
Tidak ada yang setengah terbuka menjadi sesuatu yang tampak seperti citra padahal bukan.
Dua format sama sekali tidak memiliki cakupan berkas nyata.
Tidak ada sampel publik untuk keduanya, jadi kami tidak mengklaim dukungan yang teruji untuk keduanya.
Ini bukan benchmark kecepatan, dan bukan validasi klinis.
Dan ini adalah uji oleh vendor. Kami yang menulis perangkat lunaknya dan kami pula yang menjalankan ujinya.
Sebagai ganti independensi, yang kami tawarkan adalah keterperiksaan.
Korpus kami bukan laci slide Anda.
Hasil mentah per berkas dipublikasikan sebagai JSON.
Korpusnya dapat diunduh secara publik, dan runner-nya ada di repositori kami.
Buka berkas yang benar-benar menyulitkan Anda.
Dan jika salah satunya gagal, kirimkan kepada kami.
Kegagalan dalam video ini sampai di sini karena ada yang melakukannya.