対応形式の一覧は能力を主張するものですが、この動画はそれを実測します。14 の形式ファミリー、合計 44 GB の実際のファイル 792 個を、それぞれ隔離されたプロセスで開きました。そのプロセスはビューアと同じローダーを構築し、1 平面をデコードしてレンダリングします。767 個が開き、9 個は読み込めず、16 個には画像がまったく含まれておらず、クラッシュは 1 件もありませんでした。
動画では、全スライド形式（SVS、NDPI、MIRAX、SCN、BIF、VMS、QPTIFF、AVS）、顕微鏡形式（CZI、ND2、LIF、OME-TIFF）、DICOM を順に取り上げ、16 件の"失敗"がピクセルを含まないファイルである理由を説明し、本当に読み込めない 9 個のファイルを具体的に挙げます。失敗を含むすべての結果を、フォーマット・ベンチマークのページで公開しています。
文章で読みたい方は：フォーマット・ベンチマーク：すべてのファイルと結果。
収録後の更新。この動画の収録後、動画で説明しているマルチプレックス QPTIFF の問題は修正されました。マルチプレックスの Akoya QPTIFF ファイルは、単一の RGB 画像ではなく蛍光チャンネル付きで開くようになりました。最新の結果はベンチマークのページに掲載しています。
792 個のファイル。14 の形式ファミリー。44 ギガバイト。
767 個が開きました。9 個は読み込めませんでした。
16 個には画像がまったく含まれていませんでした。ビューアがクラッシュしたものは 1 つもありません。
私たちに不利な結果も含め、すべての結果を公開しています。
ほぼすべてのビューアが、誰かが入力した拡張子の一覧を公開しています。
その一覧は能力を主張しているだけで、実測したものではありません。
実際のスキャナーで作られた実際のファイルが開くかどうか、
開かなかったらどうなるかについては、何も教えてくれません。
そこで私たちは手元のすべてのファイルをテストし、成功と並べて失敗も公開しました。
各ファイルは、使い捨ての子プロセスに渡されます。
そのプロセスはアプリケーションと同じローダーを構築し、次元を読み取り、
1 平面をデコードし、ビューアと同じ経路でレンダリングします。
不正な形式のファイルがネイティブコーデックを異常終了させても、終了するのはその子プロセスだけです。
だからこそ、この表は「クラッシュ」の列を正直にゼロと報告できるのです。
第 1 章。全スライド形式。
スキャナーから出力され、日常的に数ギガバイトに達するファイルです。
第 2 章。顕微鏡形式。
ここで問題になるのはファイルサイズではなく、チャンネル、焦点面、時点がどれだけ保たれるかです。
第 3 章。DICOM（全スライド DICOM を含む）。
378 個のファイルをテストし、362 個が開きました。
DICOM は画像形式であると同時に、文書形式でもあります。
DICOMDIR ファイルはディスクのインデックスです。
プレゼンテーションステートは、誰かがかつて検査をどのようにウィンドウ調整したかを記録したものです。
その他にもレポートや計測値を保持するものがあります。いずれもピクセルを含みません。
ですから、それらを拒否するのが正しい答えであり、失敗として数えれば私たちを実際より良く見せてしまいます。
今回の実行における正直な失敗件数は、25 件ではなく 9 件です。
本当に開けないファイルが 9 個あります。
Leica SCN スライドが 2 枚。1 枚はメイン画像を特定できません。
もう 1 枚は、互いに異なるメイン画像を持っています。
想定外の direction 属性を持つ Ventana BIF が 1 個。
そして、形式が HDF5 に移行する前の古い Imaris Classic コンテナーが 6 個。
どれも破損のない状態で、チェックサムは公開元と一致しています。
これらはデコーダーとベンダー固有の構造による限界であり、回帰テスト用としてコーパスに残しています。
これが最も重要な失敗であり、形式の対応表が決して認めない種類の失敗です。
マルチプレックスの Akoya QPTIFF は、エラーをまったく出さずに開きます。
このファイルには、幅 34,000 ピクセルのフル解像度の蛍光チャンネルが 5 つ含まれています。
DAPI、FITC、Cy3、Texas Red、Cy5 です。
私たちはこれを明視野用リーダーに振り分けていたため、1 チャンネルと報告され、RGB のスライスが返されます。
蛍光チャンネルにはアクセスできず、何の警告も出ません。
同じ形式の明視野スキャンは完璧に開くため、まさにそれが理由でこの問題は見過ごされていました。
第 4 章。汎用のフォールバックリーダーはありません。
リファレンスコーパスから、非対応の拡張子それぞれについて最小の実ファイルを取り出しました。
93 個のファイルを、それぞれ出荷版のローダーにかけました。
93 個すべてが明確なメッセージとともに拒否されました。クラッシュは 1 つもありません。
画像のように見えて実は画像ではない、中途半端に開いた状態になったものも 1 つもありません。
2 つの形式については、実ファイルによるテストがまったくありません。
どちらも公開サンプルが存在しないため、テスト済みの対応とはうたっていません。
これは速度のベンチマークではなく、臨床的なバリデーションでもありません。
そして、これはベンダー自身によるテストです。ソフトウェアを書いたのも、テストを実行したのも私たちです。
独立性の代わりに私たちが提供するのは、検証可能性です。
私たちのコーパスは、あなたのスライド棚ではありません。
ファイルごとの生の結果を JSON で公開しています。
コーパスは一般公開されたダウンロードで、実行プログラムは私たちのリポジトリにあります。
実際に困っているファイルを開いてみてください。
そして、そのうちの 1 つでも失敗したら、私たちに送ってください。
この動画に登場する失敗は、誰かがそうしてくれたからここにあるのです。
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