Справочник по совместимости

Совместимость файлов микроскопии в SlideScope

В SlideScope есть специальные настольные модули чтения для семейств CZI, ND2, SVS, TIFF и DICOM и для полнослайдовых форматов производителей, начиная с версии 1.10.0 он также открывает Olympus/Evident VSI, OIB и OIR, Zeiss ZVI и LSM, Leica LOF и XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr и обычные файлы изображений, а начиная с версии 1.20.0 — Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 и Olympus SIS. На этой странице принятое расширение файла отделено от размерностей, метаданных, сжатия и особенностей рабочего процесса, которые определяют, подходит ли конкретный файл.

Нужны измерения, а не заявления? Мы открыли 792 реальных файла микроскопии и полнослайдовых изображений и опубликовали все результаты, включая сбои.

Скачать приложение Оформить подписку
Ограничения указаны для каждого формата Windows и macOS Последняя проверка: 16 октября 2026 г.

Текущая таблица совместимости

Таблица составлена по текущей маршрутизации форматов в приложении SlideScope и поведению модулей чтения. Используйте её для предварительной оценки, а затем проверьте типичные файлы с того самого микроскопа, сканера, версии программы и с теми настройками сжатия, которые использует ваша команда.

Семейство форматов Принимаемые расширения Поведение модуля чтения Что важно проверить
ZEISS CZI .czi Приводит к единому виду оси времени, Z, каналов, Y и X; читает метаданные съёмки и пространственную калибровку, если они доступны. Сцены с общим типом пикселей и осями становятся отдельными сценами, между которыми можно переключаться, каждая в своём размере, а XY Overview показывает их вместе. Экспортирует сцену на экране или все сцены в OME-TIFF. Проверьте сцены, мозаики, нестандартные схемы подблоков и очень большие съёмки.
Nikon ND2 .nd2 Сопоставляет время, Z, каналы и размер изображения. Несколько позиций столика образуют отдельную ось позиций со своим элементом управления, а XY Overview размещает их по записанным координатам столика. Проверьте интерпретацию позиций и времени, расположение RGB, метаданные и точное поколение NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Читает уровни полнослайдовой пирамиды на основе TIFF и выбирает приемлемый для отображения уровень с учётом ограничений памяти. Проверьте кодеки JPEG/JPEG 2000, целостность пирамиды, метаданные сканера и нужный уровень разрешения.
TIFF и OME-TIFF .tif, .tiff Использует именованные оси, если они есть, в том числе время, Z, канал, Y и X. Распознаёт метаданные OME-TIFF и ImageJ, а также пространственный масштаб, если он указан. Доступна каждая страница обычного многостраничного TIFF. TIFF — гибкий контейнер. Проверьте сжатие, размер BigTIFF, пирамиды, оси и сохранность метаданных.
Слайды сканеров производителей .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Читает собственную пирамиду изображения сканера через бэкенд OpenSlide и загружает уровень, соответствующий области на экране. Масштабная линейка, измерения и аннотации используют калибровку сканера в микронах при любом увеличении. Начиная с 1.10.0 открываются слайды NDPI со сжатием JPEG XR, а также слайды Leica SCN и Ventana BIF, которые не может прочитать OpenSlide. Начиная с 1.20.0 аннотации, нарисованные в NDP.view (файл .ndpa рядом с .ndpi), отображаются поверх слайда и могут быть скопированы в ваши измерения. MRXS, VMS и VMU хранят пиксельные данные в сопутствующей папке рядом с индексным файлом, поэтому открываются только с локального диска и отклоняются для удалённых ссылок. Для слайдов BIF, которые не может прочитать OpenSlide, швы между тайлами пока не сшиваются. Проверьте целостность пирамиды и метаданные производителя на типичных слайдах.
Hamamatsu NDPIS (начиная с 1.10.0) .ndpis Открывает флуоресцентные наборы Hamamatsu с их настоящими названиями и цветами каналов, с измерениями в µm по калибровке сканера. Сверьте названия каналов, цвета и калибровку с программой сканера на типичном наборе.
Olympus/Evident VSI (начиная с 1.10.0) .vsi Открывает полнослайдовые и флуоресцентные изображения cellSens, в том числе слайды с несколькими областями сканирования. Каждая область сканирования измеряется по собственному размеру пикселя, а панель Details показывает записанные метаданные, такие как объектив, настоящие названия и цвета каналов и дата съёмки. Проверьте слайды с несколькими областями и флуоресцентные сканы из той версии cellSens, которую использует ваша команда.
Olympus FluoView (начиная с 1.10.0) .oib, .oif, .oir Открывает конфокальные файлы FluoView с настоящими названиями и цветами каналов, фокальными плоскостями в µm и временными точками в реальных секундах. Панель Details показывает записанные настройки, такие как объектив, лазеры, детекторы и усиление, а также пинхол. Сверьте интерпретацию каналов, Z и времени с FluoView на типичной съёмке.
Zeiss ZVI и LSM (начиная с 1.10.0) .zvi, .lsm Открывает файлы AxioVision ZVI и конфокальные файлы LSM от LSM 510 до LSM 980 с настоящими названиями и цветами каналов и фокальными плоскостями в µm. Панель Details показывает записанные настройки, такие как объектив, экспозиция, лазеры, детекторы и пинхол. Проверьте файлы каждого поколения AxioVision или ZEN, которые хранятся в архиве вашей команды.
Leica LIF, LOF и XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Открывает файлы LAS X; файлы LOF и проекты XLEF с их частями XLIF и XLCF открываются начиная с 1.10.0, и в том же выпуске была расширена поддержка LIF. Тайловые сканы и съёмки в нескольких позициях открываются как позиции, между которыми можно переключаться или видеть их вместе в XY Overview, размещёнными по записанным координатам столика. Храните файлы, на которые ссылается проект XLEF, вместе и проверьте размещение по координатам столика на типичном тайловом скане.
DeltaVision (начиная с 1.10.0) .dv, .r3d Открывает файлы DeltaVision, включая деконволюционные изображения D3D, с каналами, фокальными плоскостями в µm и временными точками в секундах. Панель Details показывает записанные настройки, такие как объектив, экспозиция и фильтры. Если дальше используются и исходные, и деконволюционные файлы одной съёмки, сравните их.
MetaMorph (начиная с 1.10.0) .stk, .nd, MetaSeries .tif Открывает стеки STK, файлы MetaSeries TIFF и наборы многомерной съёмки .nd. Набор .nd открывается как одно изображение: его длины волн становятся каналами, временные точки — временным рядом, а между позициями столика можно переключаться или видеть их вместе в XY Overview. Держите файлы TIFF или STK, перечисленные в наборе .nd, рядом с ним.
OME-Zarr (начиная с 1.10.0) Папки .zarr Открывает изображения OME-NGFF 0.4 и 0.5, включая планшеты HCS со всеми лунками и полями, а также результаты bioformats2raw с их метаданными OME-XML. Между лунками планшета можно переключаться или видеть их вместе в XY Overview. Только локальные папки: OME-Zarr нельзя открыть по удалённой ссылке https.
Обычные изображения (начиная с 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Открывает изображения PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF и WebP в том же просмотрщике, что и файлы микроскопии. Прежде чем полагаться на измерения в µm, проверьте, записана ли в файле калибровка.
Philips iSyntax (начиная с 1.20.0) .isyntax Открывает полнослайдовые сканы Philips iSyntax с пирамидой, размером пикселя, этикеткой и макроизображением. SlideScope показывает декодированные пиксели: собственные повышение резкости, усиление контраста и цветовой профиль Philips не применяются, о чём сообщает панель Details. Если важен точный внешний вид, сравните типичный слайд с просмотрщиком Philips. Повреждённый или обрезанный файл отклоняется, а не открывается частично.
KFBio KFB (начиная с 1.20.0) .kfb Открывает светлопольные полнослайдовые сканы KFBio с пирамидой и размером пикселя. Повреждённый тайл берётся со следующего, более грубого уровня, и SlideScope сообщает об этом. Флуоресцентные слайды KFBF не открываются. Области, которые сканер не снимал, отображаются белыми.
ICS/IDS (начиная с 1.20.0) .ics, .ids Открывает изображения Image Cytometry Standard, например результаты SVI Huygens и DIPlib: пары .ics/.ids версии 1 и одиночные файлы версии 2, включая данные со сжатием gzip, с их масштабом и осями. Пиксели совпадают с Bio-Formats, включая его ориентацию для файлов Huygens. Держите файл .ids рядом с его заголовком .ics. Файл календаря .ics распознаётся и не открывается как изображение.
Gatan DM3 и DM4 (начиная с 1.20.0) .dm3, .dm4 Открывает изображения Gatan Digital Micrograph с их калибровкой и метаданными микроскопа. По спектральным изображениям EELS и EDS можно перемещаться по энергии ползунком Energy, а для дифракционных картин и FFT вместо измерений показывается обратная масштабная линейка в nm⁻¹. Одномерные спектры и наборы данных 4D-STEM не открываются.
Olympus SIS (начиная с 1.20.0) .sis, .tif с тегами SIS Открывает изображения Olympus analySIS с размером пикселя и записанными метаданными. .sis — также расширение установщиков Symbian, поэтому открываются только файлы, которые действительно являются изображениями TIFF.
Стандартный DICOM .dcm, .dicom Обрабатывает стандартные одно- и многокадровые наборы данных, сопоставляя время, Z, каналы, кадры и избранные метаданные. Тайловый полнослайдовый DICOM читается по отдельному пирамидальному пути с нативным доступом к тайлам. Проверьте синтаксис передачи и кодеки, класс SOP, политику деидентификации и требования к исследовательскому использованию.

Подробности по форматам и авторитетные источники

CZI: многомерный просмотр без намёка на сертификацию ZEISS

CZI может содержать несколько сцен, каналов, Z-плоскостей, временных точек, метаданные съёмки и тайловые подблоки. SlideScope читает распространённые размерности и метаданные, нужные для просмотра, и показывает сцены файла по одной или вместе в XY Overview. Сцены, тип пикселей или оси которых отличаются от первой, переключать нельзя: показывается первая сцена с уведомлением о причине. Экспорт записывает OME-TIFF со сжатием без потерь, размером пикселя и названиями каналов; при экспорте из XY Overview каждая сцена помещается в один файл как отдельное изображение, а большой тайловый скан экспортируется в разрешении обзора. Каждая экспортированная сцена сохраняет размер пикселя, с которым была снята (исправлено в SlideScope 1.8.57; более ранние версии могли неверно калибровать нетайловые сцены разного размера). Семейство CZI настолько широкое, что проверка на реальном файле важна; руководство по многосценовым CZI пошагово показывает сцены и экспорт. ZEISS описывает формат и экосистему приложений на официальной странице о формате файлов изображений CZI. Этот источник определяет исходный формат и не является одобрением или сертификацией SlideScope.

ND2: время, Z, каналы и позиции

SlideScope сопоставляет основные оси ND2 со своей моделью просмотрщика. Начиная с версии 1.8.41 съёмка в нескольких позициях хранит позиции на независимой оси, а не сворачивает их во время, и XY Overview размещает каждую позицию по записанной координате столика. Ориентация столика проверена на ограниченном наборе приборов, поэтому, прежде чем команда сделает это стандартом, проверьте типичный эксперимент с несколькими позициями. Официальные ресурсы по программе NIS-Elements от Nikon описывают бесплатный автономный просмотрщик Nikon, просмотр многомерных наборов данных и экспорт в TIFF в собственной экосистеме Nikon.

SVS: полнослайдовые пирамиды и сжатие

Файлы SVS — полнослайдовые изображения на основе TIFF с уровнями пирамиды и метаданными Aperio. SlideScope выбирает уровень, уравновешивающий детализацию изображения и доступную память. Проект с открытым исходным кодом OpenSlide описывает структуру формата Aperio, включая тайловые изображения, уровни пирамиды, связанные изображения и свойства метаданных.

TIFF и OME-TIFF: контейнер, а не одна единая структура

Файл с расширением .tif может быть простым 2D-изображением, изображением RGB, стеком ImageJ, набором данных OME-TIFF, BigTIFF или пирамидальным изображением с другим сжатием. Модуль чтения SlideScope распознаёт метаданные OME и ImageJ, если они есть, но все варианты не следует считать одинаковыми. Спецификация OME-TIFF объясняет, как плоскости TIFF и метаданные OME-XML кодируют размерности и пирамиды.

DICOM: стандартные кадры и тайловые полнослайдовые пирамиды

Текущие общедоступные установщики для Windows и macOS поддерживают обычные одно- и многокадровые DICOM для исследовательского просмотра, включая флуоресцентные Z-стеки и покадровые съёмки. Файлы с классом SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage читаются по отдельному полнослайдовому пути, который напрямую использует пирамиду и тайловую структуру DICOM, поэтому тайловый WSI DICOM открывается без конвертации. Сжатые синтаксисы передачи декодируются встроенными плагинами GDCM, openjpeg и imagecodecs. SlideScope не является PACS и не позиционируется как валидированная диагностическая рабочая станция. Дополнение 145 Комитета по стандартам DICOM определяет объекты полнослайдовых микроскопических изображений и помогает понять, почему WSI выделен в отдельный класс совместимости.

Форматы приборов, добавленные в 1.10.0: что показывает панель Details

Каждый формат, добавленный в SlideScope 1.10.0, открывается в Windows и macOS с метаданными в панели Details. В зависимости от того, что записано в файле, это объектив (название, увеличение, числовая апертура и иммерсия), лазеры и источники света, детекторы и усиление, экспозиция, фильтры, пинхол, настоящие названия и цвета каналов, дата съёмки, временные точки в реальных секундах, фокальные плоскости в µm, лунки и поля планшета, а также сохранённые окна отображения. Тайловые сканы и позиции столика при съёмке в нескольких позициях открываются как позиции, и XY Overview размещает их по записанным координатам столика. Пошаговые руководства: VSI, OIB и OIR, ZVI, LSM, LOF и XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK и ND, OME-Zarr и NDPIS.

Форматы, добавленные в 1.20.0

SlideScope 1.20.0 добавляет полнослайдовые сканы Philips iSyntax и KFBio KFB, изображения ICS/IDS, электронные микрофотографии Gatan DM3 и DM4 и изображения Olympus SIS — каждый с масштабом и записанными метаданными; в таблице выше указано, что каждый из них открывает, а что нет. Пошаговые руководства: iSyntax, KFB, ICS и IDS, DM3 и DM4 и SIS.

Почему файл с поддерживаемым расширением всё же может не открыться

Неполный или переименованный файл

Частично скачанный, не до конца скопированный или переименованный в поддерживаемое расширение файл может не содержать корректного заголовка формата или полных пиксельных данных.

Вариант кодека или сжатия

Полнослайдовые файлы TIFF, SVS и DICOM могут зависеть от JPEG, JPEG 2000 или других кодеков. Необычный синтаксис передачи или отсутствие нужного кодека в комплекте может помешать декодированию.

Необычная структура размерностей

Файлы производителей могут по-разному кодировать сцены, позиции, освещения, виды, тайлы или оси. Модуль чтения может открыть файл, но сопоставить специализированную структуру не так, как ожидалось.

Ограничения памяти и пирамиды

Очень большим изображениям нужны корректные уровни пониженного разрешения или достаточно памяти для выбранной плоскости. Проверяйте самые большие из обычно используемых файлов, а не только небольшой образец.

Практическая проверка перед внедрением

  1. Выберите файлы со всех моделей микроскопов и сканеров, которые реально использует ваша команда.
  2. Включите маленький файл, типичный файл, самый большой из обычно используемых и один старый архивный файл.
  3. Проверьте цвета каналов, временные точки, Z-плоскости, позиции, детализацию пирамиды и пространственную калибровку.
  4. Сравните ключевые метаданные с программой съёмки или другим надёжным модулем чтения.
  5. Проверьте экспорт в TIFF и уточните, какие размерности и метаданные ожидает следующий этап рабочего процесса.
  6. Запишите версию приложения, операционную систему, оборудование, исходную программу и результат.

Так появляются данные, которые лаборатория сможет проверить позже, и это надёжнее, чем считать все файлы с одинаковым расширением идентичными.

Поддерживаемые и неподдерживаемые форматы

Слайды сканеров NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF и AVS поддерживаются через бэкенд OpenSlide, у Leica LIF есть собственный модуль чтения, VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr и обычные файлы изображений поддерживаются начиная с версии 1.10.0, а Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 и Olympus SIS — начиная с версии 1.20.0; все они есть в таблице совместимости выше. Открывается и .zip с поддерживаемыми файлами: SlideScope показывает его содержимое, распаковывает рядом с архивом и открывает. SlideScope не открывает файлы SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD и MRC, флуоресцентные слайды KFBio KFBF, одномерные спектры и наборы данных 4D-STEM Gatan, OME-Zarr по удалённым ссылкам https, NIfTI, а также обычные видеоформаты. Не переименовывайте такие файлы в поддерживаемое расширение. Если какой-то из этих форматов важен для вашей работы, до покупки свяжитесь с поддержкой и сообщите название формата и программы съёмки.

Если поддерживаемый файл всё же не открывается, обращение в поддержку из приложения может включать неконфиденциальные сведения о слайде. Не отправляйте данные, позволяющие идентифицировать пациента, или проприетарные файлы, если ваша организация не одобрила такую передачу.

Вопросы о совместимости

Какие расширения файлов микроскопии открывает SlideScope?

Текущие выпуски SlideScope направляют .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif и форматы полнослайдовых сканеров .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff и .avs в специальные модули чтения. Начиная с версии 1.10.0 они также открывают файлы .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd и .ndpis, папки OME-Zarr с локального диска и обычные изображения .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif и .webp. Начиная с версии 1.20.0 они также открывают слайды Philips .isyntax и KFBio .kfb, изображения .ics и .ids, файлы Gatan .dm3 и .dm4 и изображения Olympus .sis; файл аннотаций NDP.view .ndpa открывается вместе со своим слайдом NDPI, а .zip со слайдами открывается после того, как SlideScope распакует его рядом с архивом. Совместимость всё же может зависеть от подформата производителя, сжатия, целостности файла и встроенных метаданных.

Открывает ли SlideScope файлы OME-TIFF?

Модуль чтения TIFF распознаёт метаданные OME-TIFF и сопоставляет именованные оси времени, Z, канала, Y и X, если они доступны. Проверьте типичные варианты сжатия, BigTIFF и пирамид.

Гарантирует ли поддержка расширения, что откроется любой файл?

Нет. На совместимость всё же могут влиять повреждения, неполная передача, редкие кодеки, варианты производителей и необычная структура размерностей.

Является ли SlideScope диагностическим просмотрщиком DICOM?

Никаких диагностических заявлений не делается. SlideScope предназначен для исследований, обучения и просмотра; клиническое применение требует собственной валидации учреждения и регуляторной оценки.

Проверьте файлы, которые реально использует ваша команда

Установите нужную сборку для Windows или Mac, затем проверьте типичные наборы данных CZI, ND2, SVS, TIFF и DICOM.

Скачать приложение