兼容性参考

SlideScope 的显微镜文件兼容性

SlideScope 为 CZI、ND2、SVS、TIFF 和 DICOM 系列以及各厂商的全切片格式提供专用的桌面读取器；自 1.10.0 版起，它还可以打开 Olympus/Evident VSI、OIB 和 OIR、Zeiss ZVI 和 LSM、Leica LOF 和 XLEF、DeltaVision、MetaMorph、Hamamatsu NDPIS、OME-Zarr 以及常见图像文件；自 1.20.0 版起，还可以打开 Philips iSyntax、KFBio KFB、ICS/IDS、Gatan DM3/DM4 和 Olympus SIS。本页将“接受某个文件扩展名”与决定某个具体文件是否适用的维度、元数据、压缩方式和工作流细节区分开来。

想看实测结果而不是宣传？我们打开了 792 个真实的显微镜和全切片文件，并公布了每一项结果，包括失败的结果。

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按格式列出限制 Windows 和 macOS 最后审阅于 2026 年 10 月 16 日

当前兼容性矩阵

该矩阵基于 SlideScope 应用当前的路由和读取器行为整理而成。请将其作为初筛参考，然后使用您团队实际使用的显微镜、扫描仪、软件版本和压缩设置生成的代表性文件进行测试。

格式系列 接受的扩展名 读取器行为 重要检查项
ZEISS CZI .czi 将时间、Z、通道、Y 和 X 维度规范化；在可获取时读取采集元数据和空间校准。像素类型和坐标轴相同的场景会成为可逐个切换的独立场景，各自保持其原始大小，XY Overview 会将它们一起显示。可将屏幕上的场景或所有场景导出为 OME-TIFF。 测试场景、拼接图、不常见的子块布局以及超大采集数据。
Nikon ND2 .nd2 映射时间、Z、通道和图像尺寸。多个载物台位置作为单独的位置轴，有独立的控件，XY Overview 会按记录的载物台坐标摆放它们。 确认位置/时间的解析、RGB 布局、元数据以及具体的 NIS-Elements 版本代际。
Aperio SVS .svs 读取基于 TIFF 的全切片金字塔层级，并在内存限制下选择一个可处理的显示层级。 检查 JPEG/JPEG 2000 编解码器、金字塔完整性、扫描仪元数据以及所需的分辨率层级。
TIFF 和 OME-TIFF .tif, .tiff 在可用时使用命名坐标轴，包括时间、Z、通道、Y 和 X。识别 OME-TIFF 和 ImageJ 元数据，以及存在时的空间比例。普通多页 TIFF 的每一页都可以访问。 TIFF 是一种灵活的容器格式。请核实压缩方式、BigTIFF 大小、金字塔、坐标轴以及元数据是否完整保留。
厂商扫描仪切片 .ndpi、.mrxs、.scn、.bif、.vms、.vmu、.svslide、.qptiff、.avs 通过 OpenSlide 后端读取扫描仪自身的图像金字塔，并加载与屏幕上区域相匹配的层级。比例尺、测量和标注在每个缩放级别都使用扫描仪的微米校准。自 1.10.0 版起，可以打开使用 JPEG XR 压缩的 NDPI 切片，也可以打开 OpenSlide 无法读取的 Leica SCN 和 Ventana BIF 切片。自 1.20.0 版起，在 NDP.view 中绘制的标注（与 .ndpi 并列的 .ndpa 文件）会显示在切片上，并可复制到您的测量中。 MRXS、VMS 和 VMU 将像素数据存储在索引文件旁边的配套文件夹中，因此只能从本地存储打开，远程链接会被拒绝。对于 OpenSlide 无法读取的 BIF 切片，目前尚未拼接图块接缝。请在代表性切片上检查金字塔完整性和厂商元数据。
Hamamatsu NDPIS（自 1.10.0 版起） .ndpis 打开 Hamamatsu 荧光图像集，显示其真实的通道名称和颜色，并根据扫描仪的校准以 µm 为单位进行测量。 在一个代表性图像集上，对照扫描仪软件确认通道名称、颜色和校准。
Olympus/Evident VSI（自 1.10.0 版起） .vsi 打开 cellSens 全切片图像和荧光图像，包括带有多个扫描区域的切片。每个扫描区域按其自身的像素尺寸测量，Details 面板会显示记录的元数据，例如物镜、真实的通道名称和颜色以及采集日期。 测试您团队所用 cellSens 版本生成的多区域切片和荧光扫描图像。
Olympus FluoView（自 1.10.0 版起） .oib、.oif、.oir 打开 FluoView 共聚焦文件，显示真实的通道名称和颜色、以 µm 为单位的焦平面以及以真实秒数表示的时间点。Details 面板会显示记录的设置，例如物镜、激光器、检测器及增益以及针孔。 在一个代表性采集数据上，对照 FluoView 确认通道、Z 和时间的解析。
Zeiss ZVI 和 LSM（自 1.10.0 版起） .zvi, .lsm 打开 AxioVision ZVI 文件以及从 LSM 510 到 LSM 980 的 LSM 共聚焦文件，显示真实的通道名称和颜色以及以 µm 为单位的焦平面。Details 面板会显示记录的设置，例如物镜、曝光、激光器、检测器和针孔。 测试您团队存档的每一代 AxioVision 或 ZEN 生成的文件。
Leica LIF、LOF 和 XLEF .lif、.lof、.xlef、.xlif、.xlcf 打开 LAS X 文件；自 1.10.0 版起可以打开 LOF 文件以及带有 XLIF 和 XLCF 部分的 XLEF 项目，LIF 支持也在同一版本中得到增强。拼接扫描和多位置采集会作为位置打开，您可以逐个切换，也可以在 XY Overview 中按记录的载物台坐标一起查看。 请将 XLEF 项目引用的文件放在一起，并在一个代表性拼接扫描上检查载物台位置。
DeltaVision（自 1.10.0 版起） .dv、.r3d 打开 DeltaVision 文件（包括去卷积后的 D3D 图像），显示通道、以 µm 为单位的焦平面和以秒为单位的时间点。Details 面板会显示记录的设置，例如物镜、曝光和滤光片。 如果下游会同时使用原始文件和去卷积文件，请比较同一采集的这两种文件。
MetaMorph（自 1.10.0 版起） .stk、.nd、MetaSeries .tif 打开 STK 堆栈、MetaSeries TIFF 文件和多维采集 .nd 数据集。一个 .nd 数据集作为一幅图像打开：其波长成为通道，时间点成为时间序列，载物台位置可以逐个切换，也可以在 XY Overview 中一起查看。 请将 .nd 数据集所列出的 TIFF 或 STK 文件放在它旁边。
OME-Zarr（自 1.10.0 版起） .zarr 文件夹 打开 OME-NGFF 0.4 和 0.5 图像，包括含所有孔和视野的 HCS 板，以及带 OME-XML 元数据的 bioformats2raw 输出。板中的孔可以逐个切换，也可以在 XY Overview 中一起查看。 仅限本地文件夹：OME-Zarr 无法通过远程 https 链接打开。
常见图像（自 1.10.0 版起） .png、.jpg、.jpeg、.jpe、.jfif、.jp2、.j2k、.bmp、.gif、.webp 在与显微镜文件相同的查看器中打开 PNG、JPEG、JPEG 2000、BMP、GIF 和 WebP 图像。 在依赖以 µm 为单位的测量之前，请检查文件是否记录了校准信息。
Philips iSyntax（自 1.20.0 版起） .isyntax 打开 Philips iSyntax 全切片扫描图像，包括其金字塔、像素尺寸、标签和宏观图像。SlideScope 显示的是解码后的像素：不应用 Philips 自己的锐化、对比度增强和色彩配置文件，Details 面板中会说明这一点。 如果确切的外观很重要，请将代表性切片与 Philips 查看器进行比较。损坏或截断的文件会被拒绝，而不是只打开一部分。
KFBio KFB（自 1.20.0 版起） .kfb 打开 KFBio 明场全切片扫描图像，包括其金字塔和像素尺寸。损坏的图块会用下一个较粗的层级绘制，SlideScope 会对此加以说明。 无法打开 KFBF 荧光切片。扫描仪未成像的区域显示为白色。
ICS/IDS（自 1.20.0 版起） .ics、.ids 打开 Image Cytometry Standard 图像，例如 SVI Huygens 和 DIPlib 的输出：版本 1 的 .ics/.ids 文件对和版本 2 的单个文件，包括 gzip 压缩的数据，并保留其比例和坐标轴。像素与 Bio-Formats 一致，包括其对 Huygens 文件的方向处理。 请将 .ids 文件放在其 .ics 头文件旁边。日历 .ics 文件会被识别出来，不会作为图像打开。
Gatan DM3 和 DM4（自 1.20.0 版起） .dm3, .dm4 打开 Gatan Digital Micrograph 图像，包括其校准和显微镜元数据。EELS 和 EDS 能谱图像可通过 Energy 滑块按能量逐层浏览，衍射图样和 FFT 会显示以 nm⁻¹ 为单位的倒易空间比例尺，而不提供测量。 无法打开一维能谱和 4D-STEM 数据集。
Olympus SIS（自 1.20.0 版起） .sis、带 SIS 标签的 .tif 打开 Olympus analySIS 图像，包括其像素尺寸和记录的元数据。 .sis 也是 Symbian 安装包的扩展名，因此只有真正是 TIFF 图像的文件才会被打开。
标准 DICOM .dcm、.dicom 处理标准的单帧和多帧数据集，映射时间、Z、通道、帧和部分元数据。分块的全切片 DICOM 通过单独的金字塔路径读取，支持原生图块访问。 确认传输语法/编解码器、SOP 类、去标识化政策以及科研用途要求。

各格式的具体细节与权威参考资料

CZI：多维审阅，但不代表获得 ZEISS 认证

CZI 可以包含多个场景、通道、Z 平面、时间点、采集元数据和分块子块。SlideScope 读取常用的审阅维度和元数据，可以逐个浏览文件中的场景，也可以在 XY Overview 中将它们一起显示。像素类型或坐标轴与第一个场景不同的场景无法逐个切换：此时会显示第一个场景，并附上说明原因的提示。导出会生成采用无损压缩、包含像素尺寸和通道名称的 OME-TIFF；从 XY Overview 导出时，每个场景会作为单独的图像写入同一个文件，大型拼接扫描则以其概览分辨率导出。每个导出的场景都保留其采集时的像素尺寸（已在 SlideScope 1.8.57 中修复；早期版本可能会对大小不同的非拼接场景校准错误）。CZI 系列涵盖范围很广，因此用真实文件测试非常重要；多场景 CZI 指南分步介绍了场景和导出。ZEISS 在官方 CZI 图像文件格式页面上介绍了该格式及其应用生态。该资料定义的是源格式本身，并不代表对 SlideScope 的认可或认证。

ND2：时间、Z、通道和位置

SlideScope 将 ND2 的主要坐标轴映射到其查看器的数据模型中。自 1.8.41 版起，多位置采集会将其位置保留在独立的坐标轴上，而不是并入时间轴，XY Overview 会按记录的载物台坐标摆放每个位置。载物台方向仅在有限的几台仪器上验证过，因此在团队统一采用之前，请先检查一个具有代表性的多位置实验。Nikon 官方的 NIS-Elements 软件资源介绍了 Nikon 生态中的免费独立查看器、多维数据集查看和 TIFF 导出。

SVS：全切片金字塔与压缩

SVS 文件是基于 TIFF 的全切片图像，包含金字塔层级和 Aperio 元数据。SlideScope 会选择一个在显示细节和可用内存之间取得平衡的层级。开源项目 OpenSlide 记录了 Aperio 格式结构，包括分块图像、金字塔层级、关联图像和元数据属性。

TIFF 和 OME-TIFF：一种容器，而不是统一的布局

以 .tif 结尾的文件可能是普通二维图像、RGB 图像、ImageJ 堆栈、OME-TIFF 数据集、BigTIFF，或采用不同压缩方式的金字塔图像。SlideScope 的读取器在存在 OME 和 ImageJ 元数据时会识别它们，但不应将所有变体视为相同。OME-TIFF 规范解释了 TIFF 平面和 OME-XML 元数据如何编码维度和金字塔。

DICOM：标准帧与分块全切片金字塔

当前公开发布的 Windows 和 macOS 安装程序支持用于科研审阅的普通单帧和多帧 DICOM，包括荧光 Z 堆栈和延时采集。带有 VL Whole Slide Microscopy Image Storage SOP 类的文件通过单独的全切片路径读取，直接使用 DICOM 金字塔和图块结构，因此分块 WSI DICOM 无需转换即可打开。压缩传输语法通过内置的 GDCM、openjpeg 和 imagecodecs 插件解码。SlideScope 不是 PACS，也不作为经过验证的诊断工作站提供。DICOM 标准委员会的 Supplement 145 定义了全切片显微图像对象，有助于说明为什么 WSI 是一个单独的兼容性类别。

1.10.0 版新增的仪器格式：Details 面板显示的内容

SlideScope 1.10.0 新增的每种格式都可以在 Windows 和 macOS 上打开，其元数据显示在 Details 面板中。根据文件所记录的内容，包括物镜（名称、放大倍数、数值孔径和浸液）、激光器和光源、检测器及增益、曝光、滤光片、针孔、真实的通道名称和通道颜色、采集日期、以真实秒数表示的时间点、以 µm 为单位的焦平面、板孔和视野，以及保存的显示窗口。拼接扫描和多位置载物台位置会作为位置打开，XY Overview 按记录的载物台坐标摆放它们。分步指南：VSI、OIB 和 OIR、ZVI、LSM、LOF 和 XLEF、DeltaVision、MetaMorph STK 和 ND、OME-Zarr 以及 NDPIS。

1.20.0 版新增的格式

SlideScope 1.20.0 新增了 Philips iSyntax 和 KFBio KFB 全切片扫描图像、ICS/IDS 图像、Gatan DM3 和 DM4 电子显微图像以及 Olympus SIS 图像，每种格式都保留其比例和记录的元数据；上方的矩阵列出了每种格式能打开和不能打开的内容。分步指南：iSyntax、KFB、ICS 和 IDS、DM3 和 DM4 以及 SIS。

为什么受支持的扩展名仍可能打不开

文件不完整或被重命名

下载不完整、复制中断，或被重命名为受支持扩展名的文件，可能不包含有效的格式头或完整的像素数据。

编解码器或压缩变体

全切片 TIFF、SVS 和 DICOM 文件可能依赖 JPEG、JPEG 2000 或其他编解码器。不常见的传输语法或缺少打包的编解码器可能导致无法解码。

不常见的维度布局

厂商文件可能以不同方式编码场景、位置、照明、视图、图块或坐标轴。读取器也许能打开文件，但可能以不同于预期的方式映射某种特殊布局。

内存与金字塔限制

超大图像需要有效的低分辨率层级，或有足够的内存容纳所选平面。请测试日常使用中最大的文件，而不仅仅是一个小样本。

采用前的实用测试

  1. 从您团队实际使用的每种显微镜或扫描仪型号中选取文件。
  2. 包括一个小文件、一个典型文件、日常使用中最大的文件，以及一个较旧的存档文件。
  3. 核实通道颜色、时间点、Z 平面、位置、金字塔细节和空间校准。
  4. 将关键元数据与采集软件或其他可信读取器进行比较。
  5. 测试 TIFF 导出，并确认下游工作流需要哪些维度和元数据。
  6. 记录应用版本、操作系统、硬件、源软件和测试结果。

这样可以留下实验室日后可以回顾的证据，比假设所有扩展名相同的文件都完全一样更加可靠。

支持与不支持的格式

NDPI、MRXS、SCN、BIF、VMS、VMU、SVSLIDE、QPTIFF 和 AVS 扫描仪切片通过 OpenSlide 后端支持，Leica LIF 有专用读取器；自 1.10.0 版起支持 VSI、OIB、OIF、OIR、ZVI、LSM、LOF、XLEF、DeltaVision、MetaMorph、NDPIS、OME-Zarr 和常见图像文件；自 1.20.0 版起支持 Philips iSyntax、KFBio KFB、ICS/IDS、Gatan DM3/DM4 和 Olympus SIS；以上所有格式都列在上方的兼容性矩阵中。包含受支持文件的 .zip 也可以打开：SlideScope 会显示其中的内容，将其解压到压缩包旁边并打开。SlideScope 无法打开 SQRAY SDPC、Motic MDSX、UNIC TMAP、Leica LEI、SlideBook SLD 或 MRC 文件、KFBio KFBF 荧光切片、Gatan 一维能谱或 4D-STEM 数据集、来自远程 https 链接的 OME-Zarr、NIfTI 或一般视频格式。请勿将这些文件重命名为受支持的扩展名。如果其中某种格式对您的工作流很重要，请在购买前联系支持团队，并告知格式名称和采集软件。

对于受支持但仍然打不开的文件，应用内的支持流程可以附带不含敏感信息的切片上下文。除非您的机构已批准此类共享，否则请勿发送可识别患者身份的数据或专有文件。

兼容性常见问题

SlideScope 能打开哪些显微镜文件扩展名？

当前的 SlideScope 版本会将 .czi、.nd2、.svs、.tif、.tiff、.dcm、.dicom、.lif 以及全切片扫描仪格式 .ndpi、.mrxs、.scn、.bif、.vms、.vmu、.svslide、.qptiff 和 .avs 交给专用读取器处理。自 1.10.0 版起，还可以打开 .vsi、.oib、.oif、.oir、.zvi、.lsm、.lof、.xlef、.xlif、.xlcf、.dv、.r3d、.stk、.nd 和 .ndpis 文件、本地存储中的 OME-Zarr 文件夹，以及常见的 .png、.jpg、.jpeg、.jpe、.jfif、.jp2、.j2k、.bmp、.gif 和 .webp 图像。自 1.20.0 版起，还可以打开 Philips .isyntax 和 KFBio .kfb 切片、.ics 和 .ids 图像、Gatan .dm3 和 .dm4 文件以及 Olympus .sis 图像；NDP.view 的 .ndpa 标注文件会随其 NDPI 切片一起打开，包含切片的 .zip 在 SlideScope 将其解压到压缩包旁边后即可打开。兼容性仍可能因厂商子格式、压缩方式、文件完整性和嵌入的元数据而异。

SlideScope 能打开 OME-TIFF 文件吗？

TIFF 读取器可以识别 OME-TIFF 元数据，并在可获取时映射命名的时间、Z、通道、Y 和 X 坐标轴。请测试具有代表性的压缩、BigTIFF 和金字塔变体。

支持某个扩展名是否意味着每个文件都能打开？

不是。文件损坏、传输不完整、不常见的编解码器、厂商变体和不常见的维度布局仍可能影响兼容性。

SlideScope 是用于诊断的 DICOM 查看器吗？

我们不作任何诊断方面的声明。SlideScope 用于科研、教学和审阅工作流；临床使用需要机构自行进行验证和监管评估。

测试您团队实际使用的文件

安装正确的 Windows 或 Mac 版本，然后验证具有代表性的 CZI、ND2、SVS、TIFF 和 DICOM 数据集。

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