学用 SlideScope

从装好软件到拿到真实结果

下面每一份指南都对应一件真正需要完成的事,附有诚实的时间估计和三个步骤。如果你刚接触 SlideScope,先走一遍入门路径;否则直接跳到眼前的工作。

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

从这里开始

大约十分钟,只需一次。按顺序做完,这个页面上其余内容就都说得通了。

  1. 安装并激活

    下载 Windows 或 macOS 的签名版本,用你开通试用或订阅时的账号登录。激活绑定到本机,一份订阅覆盖两台设备,所以笔记本和工作站可以同时保持登录。

  2. 打开第一张切片

    把 CZI、ND2、SVS、NDPI、DICOM 或 TIFF 文件拖到窗口上。没有导入步骤,也不需要转换:SlideScope 直接读取扫描仪金字塔,因此千兆像素切片在普通笔记本上就能打开。

  3. 熟悉界面

    滚动缩放,拖动平移,用总览导航器在切片上跳转而不丢失当前位置。尽早看一眼元数据面板:那里记录的像素尺寸,正是让后续每一次测量成为校准值而非估计值的关键。

按任务分的指南

挑一个和你今天要做的事对得上的。

在荧光图像中计数细胞核

6 分钟
  1. 打开图像并框选要计数的区域。对区域而不是整张切片做定量,既能保持运行速度,也让结果落在你真正关心的组织上。
  2. 在定量面板中选择「细胞核」,引擎选 InstanSeg,分割通道设为你的 DAPI 或核染色通道。第一次运行时不要动高级设置。
  3. 运行后先看叠加层,再看数字。点击任何看起来不对的对象把它剔除,然后把 CSV 和方法摘要一起导出。

以微米为单位测量结构

4 分钟
  1. 确认元数据面板显示了像素尺寸。若扫描仪记录了它,测量结果就是真实微米;若没有,先手动校准再测任何东西。
  2. 选择测量工具,在结构上拖画。距离和面积按切片全分辨率计算,而不是按你当前所处的缩放级别。
  3. 保存测量,使其始终附着在切片上;之后需要在别处使用时,把表格导出为 CSV,或把区域导出为 GeoJSON。

把 H&E 与对应的 IHC 对照阅读

5 分钟
  1. 先打开第一张切片,再在旁边打开第二张。两个窗格会锁定在组织的同一位置、保持相同放大倍率。
  2. 比例按微米匹配而非按缩放倍数,因此不同分辨率的扫描图是真正对应的。平移或缩放任一窗格,另一个会跟随。
  3. 在合适的那一侧做标注。笔记会分别附着在各自的切片和你的账号上,下一位阅片者能看到。

一次运行定量整个文件夹

8 分钟
  1. 先把一张图做对。在一张有代表性的图像上调好对象类型、引擎、通道和面积上下限,直到叠加层看起来正确。
  2. 把这些设置保存为配方,取一个三个月后你还认得出的名字。
  3. 选择文件夹批处理,指向目标目录并让它运行。你会得到每张图的导出结果,外加一份合并的批处理摘要 CSV,且每张图都用完全相同的设置分析。

把你正在看的视图原样分享出去

3 分钟
  1. 先移动到你希望对方看到的视野,调到你希望他们看到的缩放级别和层面。
  2. 创建共享视图链接。它会带上切片以及位置、缩放和层面,对方不必在千兆像素扫描图里到处找。
  3. 发出去。装了 SlideScope 的人通过 slidescope:// 协议一键打开;没装的人会先在网页上看到链接指向什么。

参考

工作时把这些留在一个标签页里。

常见问题

我完全是新手,应该从哪开始?

按顺序走完三个入门步骤,然后做测量那份指南。这四件事覆盖了新用户第一周所需的大部分内容。接下来值得做计数指南,即使你觉得暂时用不上定量——那是理解 SlideScope 如何处理校准的最快途径。

我需要学写脚本吗?

不需要。这个页面上的任何内容都不要求脚本、宏、插件或 Python 环境。定量由保存的配方驱动而非代码:这是取舍——不如可编程平台灵活,但拿到结果快得多。

我怎么培训实验室里的其他人?

把一个指向你自己工作中真实切片的共享视图链接,连同这个页面一起发给他们。打开熟悉的东西比人造教学文件有效,而链接能保证他们看到的是和你相同的视野,而不是扫描图的另一个角落。

用你自己的图像来学

14 天试用为完整功能。用你实验室真正在处理的切片走一遍这些指南,而不是示例文件。

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