我們開啟了 14 種顯微影像格式的 792 個真實切片檔案：哪些失敗了

逐字稿

錄製後已更新。自本影片錄製以來，影片中描述的多重標記 QPTIFF 問題已經修正：多重標記 Akoya QPTIFF 檔案現在會連同其螢光通道一起開啟，而不是只顯示單一 RGB 影像。最新結果請見基準測試頁面。

七百九十二個檔案。十四個格式家族。四十四 GB。

七百六十七個成功開啟。九個無法讀取。

十六個完全不含影像。沒有任何一個讓檢視器當機。

每一項結果都公開了，包括那些讓我們難堪的結果。

幾乎每一款檢視器都會公布一份某人打出來的副檔名清單。

那份清單宣稱的是能力，並沒有量測能力。

它完全無法告訴您，來自真實掃描器的真實檔案能否開啟，

也無法告訴您打不開時會發生什麼事。

所以我們測試了手上的每一個檔案，並把失敗案例和成功案例並列公開。

每個檔案都交給一個可犧牲的子處理程序。

該處理程序建立與應用程式相同的載入器，讀取維度，

解碼一個平面，並透過檢視器所用的同一條路徑加以算繪。

若格式錯誤的檔案使原生編解碼器中止，只會終止那個子處理程序。

正因如此，這張表才能誠實地把「當機」這一欄記為零。

第一章。全玻片格式。

這些是從掃描器產出、經常達到數 GB 的檔案。

第二章。顯微影像格式。

這裡的問題不在檔案大小，而在於有多少通道、焦平面與時間點能完整保留。

第三章。DICOM，包括全玻片 DICOM。

測試了三百七十八個檔案。三百六十二個成功開啟。

DICOM 既是影像格式，也是一種文件格式。

DICOMDIR 檔案是光碟的索引。

presentation state 記錄某人曾經如何為一項檢查調整窗位。

其他的則存放報告或量測值。它們都不含像素。

所以拒絕開啟才是正確的回應，把它們算成失敗反而會美化我們的成績。

本次執行誠實的失敗數是九，而不是二十五。

九個我們確實無法開啟的檔案。

兩張 Leica SCN 切片。其中一張無法辨識主影像。

另一張的主影像彼此不一致。

一個帶有非預期 direction 屬性的 Ventana BIF。

還有六個較舊的 Imaris Classic 容器，來自該格式改用 HDF5 之前。

每一個都完好無損。檢查碼與發布者一致。

這些是解碼器與廠商結構的限制，它們會保留在資料集中作為迴歸測試。

這是最重要的失敗，也是格式支援表從不承認的一種。

一個多重標記的 Akoya QPTIFF 開啟時完全沒有錯誤。

這個檔案包含五個全解析度的螢光通道，寬度達三萬四千個像素。

DAPI、FITC、Cy3、Texas Red 與 Cy5。

我們把它交給明視野讀取器，所以它只回報一個通道，並傳回一張 RGB 切片。

螢光通道無法存取，而且沒有任何警告。

同一格式的明視野掃描檔都能完美開啟，這正是問題未被察覺的原因。

第四章。沒有通用的備援讀取器。

我們從參考資料集中，針對每一種不支援的副檔名取出最小的真實檔案。

共九十三個，每一個都交給正式發行版的載入器處理。

九十三個全部都以清楚的訊息被拒絕。沒有任何一個當機。

也沒有任何一個被半開成看似影像、實則不是的東西。

有兩種格式完全沒有真實檔案涵蓋。

兩者都沒有公開的範例檔，所以我們不宣稱它們已通過測試支援。

這不是速度基準測試，也不是臨床驗證。

而且這是廠商自己做的測試。軟體是我們寫的，測試也是我們跑的。

我們無法提供獨立性，但能提供可驗證性。

我們的資料集不是您的切片櫃。

每個檔案的原始結果都以 JSON 公開。

測試資料集可公開下載，執行程式就在我們的儲存庫中。

開啟那些真正讓您頭痛的檔案。

如果其中有檔案失敗，請寄給我們。

這部影片中的失敗案例，正是因為有人這樣做才出現在這裡。