學用 SlideScope

從裝好軟體到拿到真實結果

下面每一份指南都對應一件真正需要完成的事,附上誠實的時間估計與三個步驟。若你剛接觸 SlideScope,先走一遍入門路徑;否則直接跳到眼前的工作。

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

從這裡開始

大約十分鐘,只需一次。依序做完,這個頁面上其餘內容就都說得通了。

  1. 安裝並啟用

    下載 Windows 或 macOS 的簽章版本,用你開通試用或訂閱時的帳號登入。啟用會綁定本機,一份訂閱涵蓋兩台裝置,所以筆電和工作站可以同時保持登入。

  2. 開啟第一張切片

    把 CZI、ND2、SVS、NDPI、DICOM 或 TIFF 檔案拖到視窗上。沒有匯入步驟,也不需轉檔:SlideScope 直接讀取掃描器金字塔,因此十億像素切片在普通筆電上就能開啟。

  3. 熟悉介面

    捲動縮放、拖曳平移,並用總覽導覽器在切片上跳轉而不失去目前位置。及早看一眼中繼資料面板:那裡記錄的像素尺寸,正是讓後續每次量測成為校正值而非估計值的關鍵。

依任務分的指南

挑一個和你今天要做的事對得上的。

在螢光影像中計數細胞核

6 分鐘
  1. 開啟影像並框選要計數的區域。對區域而非整張切片做定量,既能維持執行速度,也讓結果落在你真正在意的組織上。
  2. 在定量面板選擇「細胞核」,引擎選 InstanSeg,分割通道設為你的 DAPI 或核染色通道。第一次執行時別動進階設定。
  3. 執行後先看疊圖,再看數字。點擊任何看起來不對的物件把它剔除,然後把 CSV 與方法摘要一起匯出。

以微米為單位量測結構

4 分鐘
  1. 確認中繼資料面板顯示了像素尺寸。若掃描器有記錄,量測結果就是真實微米;若沒有,先手動校正再量任何東西。
  2. 選擇量測工具,在結構上拖畫。距離與面積以切片全解析度計算,而不是以你當前所在的縮放層級。
  3. 儲存量測,讓它始終附著於切片;之後需要在別處使用時,把表格匯出為 CSV,或把區域匯出為 GeoJSON。

把 H&E 與對應的 IHC 對照閱讀

5 分鐘
  1. 先開啟第一張切片,再在旁邊開啟第二張。兩個窗格會鎖定在組織的同一位置、維持相同放大倍率。
  2. 比例以微米匹配而非以縮放倍數,因此不同解析度的掃描影像是真正對應的。平移或縮放任一窗格,另一個會跟隨。
  3. 在合適的那一側加註。筆記會分別附著於各自的切片與你的帳號,下一位判讀者能看到。

一次執行定量整個資料夾

8 分鐘
  1. 先把一張影像做對。在一張具代表性的影像上調好物件類型、引擎、通道與面積上下限,直到疊圖看起來正確。
  2. 把這些設定存成配方,取一個三個月後你還認得出的名稱。
  3. 選擇資料夾批次,指向目標目錄並讓它執行。你會拿到每張影像的匯出結果,外加一份合併的批次摘要 CSV,且每張影像都以完全相同的設定分析。

把你正在看的檢視原樣分享出去

3 分鐘
  1. 先移動到你希望對方看到的視野,調到你希望他們看到的縮放層級與平面。
  2. 建立共享檢視連結。它會帶上切片以及位置、縮放與平面,對方不必在十億像素掃描影像裡到處找。
  3. 寄出去。裝了 SlideScope 的人透過 slidescope:// 協定一鍵開啟;沒裝的人會先在網頁上看到連結指向什麼。

參考

工作時把這些留在一個分頁裡。

常見問題

我完全是新手,該從哪開始?

依序走完三個入門步驟,然後做量測那份指南。這四件事涵蓋了新使用者第一週所需的大部分內容。接下來值得做計數指南,即使你覺得暫時用不上定量——那是理解 SlideScope 如何處理校正的最快途徑。

我需要學寫程式嗎?

不需要。這個頁面上的任何內容都不要求指令碼、巨集、外掛或 Python 環境。定量由儲存的配方驅動而非程式碼:這是取捨——不如可程式化平台靈活,但拿到結果快得多。

我怎麼訓練實驗室裡的其他人?

把一個指向你自己工作中真實切片的共享檢視連結,連同這個頁面一起寄給他們。開啟熟悉的東西比人造教學檔案有效,而連結能保證他們看到的是和你相同的視野,而不是掃描影像的另一個角落。

用你自己的影像來學

14 天試用為完整功能。用你實驗室真正在處理的切片走一遍這些指南,而不是範例檔案。

開始試用