Qué cubre este video
Las listas de formatos compatibles declaran capacidades; este video las mide. 792 archivos reales de 14 familias de formatos, 44 GB en total, se abrieron cada uno en un proceso aislado que construye el mismo cargador que usa el visor, decodifica un plano y lo renderiza. 767 se abrieron, 9 no se pudieron leer, 16 no contenían ninguna imagen y ninguno se bloqueó.
El video recorre los formatos de lámina completa (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), los formatos de microscopía (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) y DICOM, explica por qué 16 "fallos" son archivos sin píxeles y nombra los 9 archivos que de verdad no se pueden leer. Todos los resultados, incluidos los fallos, están publicados en la página del benchmark de formatos.
¿Prefieres leer? El benchmark de formatos: cada archivo y cada resultado.
Transcripción
Actualizado después de la grabación. Desde que se grabó este video, se corrigió el problema con los QPTIFF multiplex que describe: los archivos Akoya QPTIFF multiplex ahora se abren con sus canales de fluorescencia en lugar de una sola imagen RGB. La página del benchmark muestra los resultados actuales.
Setecientos noventa y dos archivos. Catorce familias de formatos. Cuarenta y cuatro gigabytes.
Setecientos sesenta y siete se abrieron. Nueve no se pudieron leer.
Dieciséis no contenían ninguna imagen. Ninguno bloqueó el visor.
Todos los resultados están publicados, incluidos los que nos dejan mal parados.
Casi todos los visores publican una lista de extensiones que alguien escribió.
Esa lista declara una capacidad. No la mide.
No te dice nada sobre si un archivo real de un escáner real se abre,
ni qué pasa cuando no se abre.
Así que probamos cada archivo que tenemos y publicamos los fallos junto a los éxitos.
Cada archivo se entrega a un proceso hijo desechable.
Ese proceso construye el mismo cargador que construye la aplicación, lee las dimensiones,
decodifica un plano y lo renderiza por la misma ruta que usa el visor.
Un archivo dañado que hace abortar un códec nativo solo mata a ese proceso hijo.
Por eso esta tabla puede informar con honestidad un cero en la columna de bloqueos.
Capítulo uno. Formatos de lámina completa.
Los archivos que salen de un escáner y suelen ocupar varios gigabytes.
Capítulo dos. Formatos de microscopía.
Aquí la pregunta no es el tamaño del archivo, sino cuántos canales, planos focales y puntos de tiempo sobreviven.
Capítulo tres. DICOM, incluido DICOM de lámina completa.
Trescientos setenta y ocho archivos probados. Trescientos sesenta y dos se abrieron.
DICOM es tanto un formato de documentos como un formato de imagen.
Un archivo DICOMDIR es el índice de un disco.
Un estado de presentación registra cómo alguien ajustó alguna vez la ventana de un estudio.
Otros contienen informes o mediciones. Ninguno contiene píxeles.
Así que rechazarlos es la respuesta correcta, y contarlos como fallos nos favorecería.
El número honesto de fallos en esta prueba es nueve, no veinticinco.
Nueve archivos que de verdad no podemos abrir.
Dos láminas Leica SCN. Una no tiene una imagen principal identificable.
La otra tiene imágenes principales distintas entre sí.
Un Ventana BIF con un atributo de dirección inesperado.
Y seis contenedores antiguos de Imaris Classic, de antes de que el formato pasara a HDF5.
Todos están intactos. Las sumas de verificación coinciden con las del editor.
Son límites del decodificador y de la estructura del fabricante, y se quedan en el corpus como cobertura de regresión.
Este es el fallo que más importa, y el que las tablas de formatos nunca admiten.
Un Akoya QPTIFF multiplex se abre sin ningún error.
El archivo contiene cinco canales de fluorescencia a resolución completa, de treinta y cuatro mil píxeles de ancho.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red y Cy5.
Lo enviamos a un lector de campo claro, así que informa un solo canal y devuelve un corte RGB.
Los canales de fluorescencia quedan inaccesibles, y nada te avisa.
Los escaneos de campo claro del mismo formato se abren perfectamente, y justamente por eso esto pasó desapercibido.
Capítulo cuatro. No hay un lector genérico de respaldo.
Tomamos el archivo real más pequeño de cada extensión no compatible del corpus de referencia.
Noventa y tres en total, cada uno pasado por el cargador de la versión publicada.
Los noventa y tres fueron rechazados con un mensaje claro. Ninguno se bloqueó.
Ninguno se abrió a medias como algo que parecía una imagen pero no lo era.
Dos formatos no tienen ninguna cobertura con archivos reales.
No existe ninguna muestra pública de ninguno de los dos, así que no afirmamos que su compatibilidad esté probada.
Esto no es un benchmark de velocidad ni una validación clínica.
Y es una prueba hecha por el fabricante. Nosotros escribimos el software y nosotros hicimos la prueba.
Lo que ofrecemos en lugar de independencia es que se pueda verificar.
Nuestro corpus no es tu cajón de láminas.
Los resultados brutos por archivo están publicados en JSON.
Los corpus se pueden descargar públicamente, y el ejecutor está en nuestro repositorio.
Abre los archivos que de verdad te dan problemas.
Y si alguno falla, envíanoslo.
Los fallos de este video llegaron aquí porque alguien lo hizo.