Referencia de compatibilidad

Compatibilidad de archivos de microscopía en SlideScope

SlideScope tiene lectores de escritorio dedicados para las familias CZI, ND2, SVS, TIFF y DICOM y para los formatos de lámina completa de los fabricantes, y desde la versión 1.10.0 también abre Olympus/Evident VSI, OIB y OIR, Zeiss ZVI y LSM, Leica LOF y XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr y archivos de imagen comunes, y desde la versión 1.20.0, Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 y Olympus SIS. Esta página distingue entre que una extensión de archivo sea aceptada y los detalles de dimensiones, metadatos, compresión y flujo de trabajo que determinan si un archivo concreto es adecuado.

¿Prefieres las mediciones antes que las afirmaciones? Abrimos 792 archivos reales de microscopía y de lámina completa y publicamos todos los resultados, incluidos los fallos.

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Límites indicados por formato Windows y macOS Última revisión: 16 de octubre de 2026

Matriz de compatibilidad actual

La matriz se deriva del enrutamiento actual de la aplicación SlideScope y del comportamiento de sus lectores. Úsala como referencia de selección inicial y luego prueba archivos representativos del microscopio, el escáner, la versión de software y la configuración de compresión exactos que usa tu equipo.

Familia de formatos Extensiones aceptadas Comportamiento del lector Comprobaciones importantes
ZEISS CZI .czi Normaliza las dimensiones de tiempo, Z, canal, Y y X; lee los metadatos de adquisición y la calibración espacial cuando están disponibles. Las escenas que comparten tipo de píxel y ejes se convierten en escenas separadas por las que se puede avanzar, cada una con su propio tamaño, y XY Overview las muestra juntas. Exporta a OME-TIFF la escena en pantalla o todas las escenas. Prueba escenas, mosaicos, distribuciones de subbloques poco comunes y adquisiciones muy grandes.
Nikon ND2 .nd2 Asigna tiempo, Z, canales y tamaño de imagen. Las múltiples posiciones de la platina forman un eje de posición separado con su propio control, y XY Overview las ubica en sus coordenadas de platina registradas. Confirma la interpretación de posición/tiempo, la disposición RGB, los metadatos y la generación exacta de NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Lee los niveles piramidales de lámina completa basados en TIFF y selecciona un nivel de visualización manejable según las limitaciones de memoria. Revisa los códecs JPEG/JPEG 2000, la integridad de la pirámide, los metadatos del escáner y el nivel de resolución deseado.
TIFF y OME-TIFF .tif, .tiff Usa ejes con nombre cuando están disponibles, incluidos tiempo, Z, canal, Y y X. Reconoce los metadatos de OME-TIFF e ImageJ y la escala espacial cuando existen. Se puede acceder a cada página de un TIFF multipágina simple. TIFF es un contenedor flexible. Verifica la compresión, el tamaño BigTIFF, las pirámides, los ejes y la conservación de los metadatos.
Láminas de escáneres de fabricantes .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Lee la pirámide de imágenes propia del escáner mediante el backend OpenSlide y carga el nivel que corresponde a la región en pantalla. La barra de escala, las mediciones y las anotaciones usan la calibración en micras del escáner en cada nivel de zoom. Desde 1.10.0 se abren las láminas NDPI comprimidas con JPEG XR, y también las láminas Leica SCN y Ventana BIF que OpenSlide no puede leer. Desde 1.20.0, las anotaciones dibujadas en NDP.view (un archivo .ndpa junto al .ndpi) aparecen sobre la lámina y se pueden copiar a tus mediciones. MRXS, VMS y VMU guardan los datos de píxeles en una carpeta complementaria junto al archivo índice, por eso solo se abren desde almacenamiento local y se rechazan en enlaces remotos. En las láminas BIF que OpenSlide no puede leer, las uniones entre teselas todavía no se ensamblan. Revisa la integridad de la pirámide y los metadatos del fabricante en láminas representativas.
Hamamatsu NDPIS (desde 1.10.0) .ndpis Abre conjuntos de fluorescencia de Hamamatsu con sus nombres y colores de canal reales, con mediciones en µm a partir de la calibración del escáner. Confirma los nombres de canal, los colores y la calibración comparándolos con el software del escáner en un conjunto representativo.
Olympus/Evident VSI (desde 1.10.0) .vsi Abre imágenes de lámina completa y de fluorescencia de cellSens, incluidas láminas con varias regiones de escaneo. Cada región de escaneo se mide con su propio tamaño de píxel, y el panel Details muestra los metadatos registrados, como el objetivo, los nombres y colores de canal reales y la fecha de adquisición. Prueba láminas con varias regiones y escaneos de fluorescencia de la versión de cellSens que usa tu equipo.
Olympus FluoView (desde 1.10.0) .oib, .oif, .oir Abre archivos confocales de FluoView con los nombres y colores de canal reales, planos focales en µm y puntos de tiempo en segundos reales. El panel Details muestra la configuración registrada, como el objetivo, los láseres, los detectores y sus ganancias, y el pinhole. Confirma la interpretación de canales, Z y tiempo comparándola con FluoView en una adquisición representativa.
Zeiss ZVI y LSM (desde 1.10.0) .zvi, .lsm Abre archivos ZVI de AxioVision y archivos confocales LSM, desde el LSM 510 hasta el LSM 980, con los nombres y colores de canal reales y planos focales en µm. El panel Details muestra la configuración registrada, como el objetivo, la exposición, los láseres, los detectores y el pinhole. Prueba archivos de cada generación de AxioVision o ZEN que archive tu equipo.
Leica LIF, LOF y XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Abre archivos de LAS X; los archivos LOF y los proyectos XLEF con sus partes XLIF y XLCF se abren desde 1.10.0, y la compatibilidad con LIF se amplió en la misma versión. Los escaneos en mosaico y las adquisiciones multiposición se abren como posiciones que puedes recorrer una a una o ver juntas en XY Overview, ubicadas según sus coordenadas de platina registradas. Mantén juntos los archivos a los que hace referencia un proyecto XLEF y revisa la ubicación en la platina en un escaneo en mosaico representativo.
DeltaVision (desde 1.10.0) .dv, .r3d Abre archivos de DeltaVision, incluidas imágenes deconvolucionadas D3D, con canales, planos focales en µm y puntos de tiempo en segundos. El panel Details muestra la configuración registrada, como el objetivo, la exposición y los filtros. Compara los archivos sin procesar y los deconvolucionados de una misma adquisición si se usan ambos en etapas posteriores.
MetaMorph (desde 1.10.0) .stk, .nd, .tif de MetaSeries Abre pilas STK, archivos TIFF de MetaSeries y conjuntos .nd de adquisición multidimensional. Un conjunto .nd se abre como una sola imagen: sus longitudes de onda se convierten en canales, sus puntos de tiempo en una serie temporal, y sus posiciones de platina se pueden recorrer una a una o ver juntas en XY Overview. Mantén junto al conjunto .nd los archivos TIFF o STK que este lista.
OME-Zarr (desde 1.10.0) carpetas .zarr Abre imágenes OME-NGFF 0.4 y 0.5, incluidas placas HCS con todos sus pocillos y campos, y la salida de bioformats2raw con sus metadatos OME-XML. Los pocillos de la placa se pueden recorrer uno a uno o ver juntos en XY Overview. Solo carpetas locales: OME-Zarr no se puede abrir desde un enlace https remoto.
Imágenes comunes (desde 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Abre imágenes PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF y WebP en el mismo visor que los archivos de microscopía. Comprueba si el archivo registra una calibración antes de confiar en mediciones en µm.
Philips iSyntax (desde 1.20.0) .isyntax Abre escaneos de lámina completa Philips iSyntax con su pirámide, tamaño de píxel, etiqueta e imagen macro. SlideScope muestra los píxeles decodificados: no se aplican el realce de nitidez, la mejora de contraste ni el perfil de color propios de Philips, y el panel Details lo indica. Compara una lámina representativa con el visor de Philips si la apariencia exacta es importante. Un archivo dañado o truncado se rechaza en lugar de abrirse parcialmente.
KFBio KFB (desde 1.20.0) .kfb Abre escaneos de lámina completa de campo claro de KFBio con su pirámide y su tamaño de píxel. Una tesela dañada se dibuja a partir del siguiente nivel de menor resolución, y SlideScope lo indica. Las láminas de fluorescencia KFBF no se abren. Las áreas que el escáner no capturó se muestran en blanco.
ICS/IDS (desde 1.20.0) .ics, .ids Abre imágenes Image Cytometry Standard, como la salida de SVI Huygens y DIPlib: pares .ics/.ids de la versión 1 y archivos únicos de la versión 2, incluidos datos comprimidos con gzip, con su escala y sus ejes. Los píxeles coinciden con Bio-Formats, incluida su orientación para los archivos de Huygens. Mantén el archivo .ids junto a su encabezado .ics. Un archivo .ics de calendario se reconoce y no se abre como imagen.
Gatan DM3 y DM4 (desde 1.20.0) .dm3, .dm4 Abre imágenes de Gatan Digital Micrograph con su calibración y los metadatos del microscopio. Las imágenes de espectro EELS y EDS se recorren por energía con un control deslizante Energy, y los patrones de difracción y las FFT reciben una barra de escala recíproca en nm⁻¹ en lugar de mediciones. Los espectros 1D y los conjuntos de datos 4D-STEM no se abren.
Olympus SIS (desde 1.20.0) .sis, .tif con etiquetas SIS Abre imágenes de Olympus analySIS con su tamaño de píxel y los metadatos registrados. .sis también es una extensión de instaladores de Symbian, así que solo se abren los archivos que realmente son imágenes TIFF.
DICOM estándar .dcm, .dicom Maneja conjuntos de datos estándar de uno o varios cuadros, asignando tiempo, Z, canales, cuadros y metadatos seleccionados. El DICOM de lámina completa en teselas se lee mediante una ruta piramidal separada con acceso nativo a las teselas. Confirma la sintaxis de transferencia y los códecs, la clase SOP, la política de desidentificación y los requisitos de uso en investigación.

Detalles por formato y referencias autorizadas

CZI: revisión multidimensional sin implicar una certificación de ZEISS

Un CZI puede contener varias escenas, canales, planos Z, puntos de tiempo, metadatos de adquisición y subbloques en teselas. SlideScope lee las dimensiones y los metadatos habituales para la revisión, y recorre las escenas de un archivo una por una o las muestra juntas en XY Overview. Las escenas cuyo tipo de píxel o ejes difieren de los de la primera no se pueden recorrer: se muestra la primera escena con un aviso que explica el motivo. La exportación escribe un OME-TIFF con compresión sin pérdida, tamaño de píxel y nombres de canal; al exportar desde XY Overview, cada escena va en un solo archivo como una imagen separada, y un escaneo grande en teselas se exporta a su resolución de vista general. Cada escena exportada conserva el tamaño de píxel con el que se adquirió (corregido en SlideScope 1.8.57; las versiones anteriores podían calibrar mal las escenas sin teselas de distintos tamaños). La familia CZI es lo bastante amplia como para que importe probar con un archivo real; la guía de CZI con varias escenas muestra las escenas y la exportación paso a paso. ZEISS documenta el formato y su ecosistema de aplicaciones en la página oficial del formato de archivo de imagen CZI. Esa referencia define el formato de origen; no representa un respaldo ni una certificación de SlideScope.

ND2: tiempo, Z, canales y posiciones

SlideScope asigna los ejes principales de ND2 a la estructura de su visor. Desde la versión 1.8.41, una adquisición multiposición mantiene sus posiciones en un eje independiente en lugar de mezclarlas con el tiempo, y XY Overview ubica cada posición en su coordenada de platina registrada. La orientación de la platina se ha verificado en un conjunto limitado de instrumentos, así que revisa un experimento multiposición representativo antes de que un equipo lo adopte como estándar. Los recursos oficiales de software NIS-Elements de Nikon describen el visor independiente gratuito de Nikon, la visualización de conjuntos de datos multidimensionales y la exportación a TIFF dentro del propio ecosistema de Nikon.

SVS: pirámides de lámina completa y compresión

Los archivos SVS son imágenes de lámina completa basadas en TIFF, con niveles piramidales y metadatos de Aperio. SlideScope elige un nivel que equilibra el detalle de visualización y la memoria disponible. El proyecto de código abierto OpenSlide documenta la estructura del formato Aperio, incluidas las imágenes en teselas, los niveles piramidales, las imágenes asociadas y las propiedades de metadatos.

TIFF y OME-TIFF: un contenedor, no una estructura uniforme

Un archivo que termina en .tif puede ser una imagen 2D simple, una imagen RGB, una pila de ImageJ, un conjunto de datos OME-TIFF, un BigTIFF o una imagen piramidal con distinta compresión. El lector de SlideScope reconoce los metadatos OME e ImageJ cuando existen, pero no todas las variantes deben tratarse como idénticas. La especificación OME-TIFF explica cómo los planos TIFF y los metadatos OME-XML codifican las dimensiones y las pirámides.

DICOM: cuadros estándar y pirámides de lámina completa en teselas

Los instaladores públicos actuales para Windows y macOS admiten DICOM común de uno o varios cuadros para revisión en investigación, incluidas pilas Z de fluorescencia y capturas de time-lapse. Los archivos con la clase SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage se leen mediante una ruta de lámina completa separada que usa directamente la pirámide y la estructura de teselas de DICOM, de modo que el DICOM WSI en teselas se abre sin conversión. Las sintaxis de transferencia comprimidas se decodifican mediante los plugins GDCM, openjpeg e imagecodecs incluidos. SlideScope no es un PACS y no se presenta como una estación de trabajo de diagnóstico validada. El Supplement 145 del DICOM Standards Committee define los objetos de imagen microscópica de lámina completa y ayuda a explicar por qué WSI es una clase de compatibilidad aparte.

Formatos de instrumentos agregados en 1.10.0: lo que muestra el panel Details

Cada formato agregado en SlideScope 1.10.0 se abre en Windows y macOS con sus metadatos en el panel Details. Según lo que registre el archivo, eso incluye el objetivo (nombre, aumento, apertura numérica e inmersión), los láseres y fuentes de luz, los detectores y sus ganancias, la exposición, los filtros, el pinhole, los nombres y colores de canal reales, la fecha de adquisición, los puntos de tiempo en segundos reales, los planos focales en µm, los pocillos y campos de placa, y las ventanas de visualización guardadas. Los escaneos en mosaico y las posiciones de platina multiposición se abren como posiciones, y XY Overview las ubica según sus coordenadas de platina registradas. Guías paso a paso: VSI, OIB y OIR, ZVI, LSM, LOF y XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK y ND, OME-Zarr y NDPIS.

Formatos agregados en 1.20.0

SlideScope 1.20.0 agrega escaneos de lámina completa Philips iSyntax y KFBio KFB, imágenes ICS/IDS, micrografías electrónicas Gatan DM3 y DM4 e imágenes Olympus SIS, cada uno con su escala y sus metadatos registrados; la matriz de arriba indica lo que cada uno abre y lo que no. Guías paso a paso: iSyntax, KFB, ICS e IDS, DM3 y DM4 y SIS.

Por qué una extensión compatible todavía puede fallar

Archivo incompleto o renombrado

Una descarga parcial, una copia interrumpida o un archivo renombrado con una extensión compatible puede no contener un encabezado de formato válido ni los datos de píxeles completos.

Variante de códec o de compresión

Los archivos de lámina completa TIFF, SVS y DICOM pueden depender de JPEG, JPEG 2000 u otros códecs. Una sintaxis de transferencia poco común o un códec que falta en el paquete pueden impedir la decodificación.

Disposición dimensional poco común

Los archivos de los fabricantes pueden codificar escenas, posiciones, iluminaciones, vistas, teselas o ejes de forma distinta. Un lector puede abrir el archivo pero asignar una disposición especializada de manera diferente a la esperada.

Límites de memoria y de pirámide

Las imágenes muy grandes necesitan niveles válidos de menor resolución o suficiente memoria para el plano seleccionado. Prueba los archivos habituales más grandes, no solo una muestra pequeña.

Una prueba práctica antes de adoptarlo

  1. Elige archivos de cada modelo de microscopio o escáner que tu equipo realmente usa.
  2. Incluye un archivo pequeño, uno típico, el archivo habitual más grande y un archivo antiguo de archivo histórico.
  3. Verifica los colores de canal, los puntos de tiempo, los planos Z, las posiciones, el detalle de la pirámide y la calibración espacial.
  4. Compara los metadatos clave con el software de adquisición u otro lector de confianza.
  5. Prueba la exportación a TIFF y confirma qué dimensiones y metadatos espera el flujo de trabajo posterior.
  6. Registra la versión de la aplicación, el sistema operativo, el hardware, el software de origen y el resultado.

Esto genera evidencia que un laboratorio puede revisar más adelante y es más confiable que suponer que todos los archivos con la misma extensión son idénticos.

Formatos compatibles y no compatibles

Las láminas de escáner NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF y AVS son compatibles mediante el backend OpenSlide, Leica LIF tiene su propio lector, y VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr y los archivos de imagen comunes son compatibles desde la versión 1.10.0, y Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 y Olympus SIS desde la versión 1.20.0; todos aparecen en la matriz de compatibilidad de arriba. También se abre un .zip de archivos compatibles: SlideScope muestra lo que contiene, lo extrae junto al archivo comprimido y lo abre. SlideScope no abre archivos SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD ni MRC, láminas de fluorescencia KFBio KFBF, espectros 1D ni conjuntos de datos 4D-STEM de Gatan, OME-Zarr desde enlaces https remotos, NIfTI ni formatos de video en general. No renombres uno de esos archivos con una extensión compatible. Si alguno de estos formatos es importante para tu flujo de trabajo, contacta a soporte con el nombre del formato y el software de adquisición antes de comprar.

Para archivos compatibles que aun así fallan, el flujo de soporte dentro de la aplicación puede incluir contexto no sensible de la lámina. No envíes datos que identifiquen a pacientes ni archivos propietarios, salvo que tu organización haya aprobado compartirlos.

Preguntas sobre compatibilidad

¿Qué extensiones de archivos de microscopía abre SlideScope?

Las versiones actuales de SlideScope dirigen .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif y los formatos de escáneres de lámina completa .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff y .avs a lectores dedicados. Desde la versión 1.10.0 también abren archivos .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd y .ndpis, carpetas OME-Zarr desde almacenamiento local e imágenes comunes .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif y .webp. Desde la versión 1.20.0 también abren láminas Philips .isyntax y KFBio .kfb, imágenes .ics e .ids, archivos Gatan .dm3 y .dm4 e imágenes Olympus .sis; un archivo de anotaciones .ndpa de NDP.view se abre con su lámina NDPI, y un .zip de láminas se abre una vez que SlideScope lo ha extraído junto al archivo comprimido. La compatibilidad todavía puede variar según el subformato del fabricante, la compresión, la integridad del archivo y los metadatos incrustados.

¿SlideScope abre archivos OME-TIFF?

El lector de TIFF reconoce los metadatos OME-TIFF y asigna los ejes con nombre de tiempo, Z, canal, Y y X cuando están disponibles. Prueba variantes representativas de compresión, BigTIFF y pirámide.

¿Que una extensión sea compatible garantiza que todos los archivos se abran?

No. Los daños, las transferencias incompletas, los códecs poco comunes, las variantes de los fabricantes y las disposiciones dimensionales inusuales todavía pueden afectar la compatibilidad.

¿SlideScope es un visor DICOM de diagnóstico?

No se hace ninguna afirmación diagnóstica. SlideScope está pensado para flujos de trabajo de investigación, educación y revisión; el uso clínico requiere la validación propia de la institución y una evaluación regulatoria.

Prueba los archivos que tu equipo realmente usa

Instala la versión correcta para Windows o Mac y luego verifica conjuntos de datos representativos CZI, ND2, SVS, TIFF y DICOM.

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