Di cosa parla questo video
Gli elenchi dei formati supportati dichiarano delle capacità; questo video le misura. 792 file reali in 14 famiglie di formati, 44 GB in totale, sono stati aperti ciascuno in un processo isolato che costruisce lo stesso loader usato dal visualizzatore, decodifica un piano e lo visualizza. 767 si sono aperti, 9 non si sono potuti leggere, 16 non contenevano alcuna immagine e nessuno ha causato un crash.
Il video passa in rassegna i formati whole slide (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), i formati di microscopia (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) e il DICOM, spiega perché 16 "fallimenti" sono file senza pixel al loro interno e indica i 9 file che davvero non si possono leggere. Tutti i risultati, compresi i fallimenti, sono pubblicati nella pagina del benchmark dei formati.
Preferisci leggere? Il benchmark dei formati: ogni file e ogni risultato.
Trascrizione
Aggiornato dopo la registrazione. Dopo la registrazione di questo video, il problema dei QPTIFF multiplex che descrive è stato risolto: i file Akoya QPTIFF multiplex ora si aprono con i loro canali di fluorescenza invece che come una singola immagine RGB. La pagina del benchmark riporta i risultati attuali.
Settecentonovantadue file. Quattordici famiglie di formati. Quarantaquattro gigabyte.
Settecentosessantasette aperti. Nove non si sono potuti leggere.
Sedici non contenevano alcuna immagine. Nessuno ha mandato in crash il visualizzatore.
Pubblichiamo ogni risultato, compresi quelli che non ci fanno fare bella figura.
Quasi ogni visualizzatore pubblica un elenco di estensioni scritto da qualcuno.
Quell’elenco dichiara una capacità. Non la misura.
Non ti dice nulla sul fatto che un file reale di uno scanner reale si apra,
né su cosa succede quando non si apre.
Così abbiamo testato tutti i file che abbiamo e pubblicato i fallimenti accanto ai successi.
Ogni file viene passato a un processo figlio sacrificabile.
Quel processo costruisce lo stesso loader che costruisce l’applicazione, legge le dimensioni,
decodifica un piano e lo visualizza attraverso lo stesso percorso usato dal visualizzatore.
Un file malformato che fa abortire un codec nativo uccide solo quel processo figlio.
Ecco perché crash è una colonna che questa tabella può onestamente riportare a zero.
Capitolo uno. Formati whole slide.
I file che escono da uno scanner e arrivano normalmente a diversi gigabyte.
Capitolo due. Formati di microscopia.
Qui la domanda non è la dimensione del file, ma quanti canali, piani focali e punti temporali sopravvivono.
Capitolo tre. DICOM, compreso il DICOM whole slide.
Trecentosettantotto file testati. Trecentosessantadue aperti.
Il DICOM è un formato per documenti tanto quanto un formato per immagini.
Un file DICOMDIR è l’indice di un disco.
Un presentation state registra come qualcuno ha impostato la finestra di uno studio.
Altri contengono referti o misure. Nessuno di questi contiene pixel.
Quindi rifiutarli è la risposta corretta, e contarli come fallimenti ci farebbe sembrare migliori.
Il conteggio onesto dei fallimenti di questa esecuzione è nove, non venticinque.
Nove file che davvero non riusciamo ad aprire.
Due vetrini Leica SCN. Uno non ha un’immagine principale identificabile.
L’altro ha immagini principali dissimili.
Un Ventana BIF con un attributo di direzione inatteso.
E sei vecchi contenitori Imaris Classic, di prima che il formato passasse a HDF5.
Sono tutti integri. I checksum corrispondono a quelli dell’editore.
Sono limiti dei decodificatori e delle strutture dei produttori, e restano nel corpus come copertura per i test di regressione.
Questo è il fallimento che conta di più, quello che le tabelle dei formati non ammettono mai.
Un Akoya QPTIFF multiplex si apre senza alcun errore.
Il file contiene cinque canali di fluorescenza a piena risoluzione, larghi trentaquattromila pixel.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red e Cy5.
Lo indirizziamo a un lettore per campo chiaro, quindi riporta un solo canale e restituisce una sezione RGB.
I canali di fluorescenza sono irraggiungibili e nulla ti avvisa.
Le scansioni in campo chiaro dello stesso formato si aprono perfettamente, ed è proprio per questo che il problema è passato inosservato.
Capitolo quattro. Non esiste un lettore generico di ripiego.
Abbiamo preso il file reale più piccolo di ogni estensione non supportata nel corpus di riferimento.
Novantatré in tutto, ciascuno passato attraverso il loader della versione distribuita.
Tutti e novantatré sono stati rifiutati con un messaggio chiaro. Nessuno ha causato un crash.
Nessuno è stato aperto a metà, trasformandosi in qualcosa che sembrava un’immagine ma non lo era.
Due formati non hanno alcuna copertura con file reali.
Non esiste un campione pubblico di nessuno dei due, quindi non dichiariamo un supporto testato per questi formati.
Questo non è un benchmark di velocità e non è una validazione clinica.
Ed è un test del produttore. Il software l’abbiamo scritto noi e il test l’abbiamo eseguito noi.
Al posto dell’indipendenza offriamo la verificabilità.
Il nostro corpus non è il tuo cassetto di vetrini.
I risultati grezzi per ogni file sono pubblicati in JSON.
I corpus si possono scaricare pubblicamente e lo strumento di esecuzione è nel nostro repository.
Apri i file che ti danno davvero problemi.
E se uno di questi non si apre, mandacelo.
I fallimenti in questo video sono arrivati qui perché qualcuno l’ha fatto.