Riferimento sulla compatibilità

Compatibilità dei file di microscopia in SlideScope

SlideScope dispone di lettori desktop dedicati per le famiglie CZI, ND2, SVS, TIFF e DICOM e per i formati whole slide dei produttori; dalla versione 1.10.0 apre anche Olympus/Evident VSI, OIB e OIR, Zeiss ZVI e LSM, Leica LOF e XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr e i comuni file immagine, e dalla versione 1.20.0 Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 e Olympus SIS. Questa pagina distingue un’estensione di file accettata dai dettagli su dimensioni, metadati, compressione e flusso di lavoro che determinano se un file specifico è adatto.

Preferisci le misurazioni alle dichiarazioni? Abbiamo aperto 792 file reali di microscopia e whole slide e pubblicato ogni risultato, compresi gli errori.

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Limiti indicati per ogni formato Windows e macOS Ultima revisione: 16 ottobre 2026

Matrice di compatibilità attuale

La matrice è ricavata dall’attuale instradamento dei formati e dal comportamento dei lettori di SlideScope. Usala come riferimento per una prima selezione, poi prova file rappresentativi del microscopio, dello scanner, della versione del software e delle impostazioni di compressione esatte usati dal tuo team.

Famiglia di formati Estensioni accettate Comportamento del lettore Verifiche importanti
ZEISS CZI .czi Normalizza le dimensioni tempo, Z, canale, Y e X; legge i metadati di acquisizione e la calibrazione spaziale quando disponibili. Le scene che condividono tipo di pixel e assi diventano scene separate da scorrere, ciascuna alla propria dimensione, e XY Overview le mostra insieme. Esporta in OME-TIFF la scena visualizzata oppure tutte le scene. Prova scene, mosaici, disposizioni insolite dei sotto-blocchi e acquisizioni molto grandi.
Nikon ND2 .nd2 Mappa tempo, Z, canali e dimensioni dell’immagine. Più posizioni del tavolino formano un asse delle posizioni separato con un proprio controllo, e XY Overview le colloca alle coordinate del tavolino registrate. Verifica l’interpretazione di posizioni e tempo, la disposizione RGB, i metadati e la generazione esatta di NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Legge i livelli piramidali whole slide basati su TIFF e seleziona un livello di visualizzazione gestibile entro i limiti di memoria. Controlla i codec JPEG/JPEG 2000, l’integrità della piramide, i metadati dello scanner e il livello di risoluzione desiderato.
TIFF e OME-TIFF .tif, .tiff Usa gli assi con nome quando disponibili, tra cui tempo, Z, canale, Y e X. Riconosce i metadati OME-TIFF e ImageJ e la scala spaziale quando presenti. Ogni pagina di un semplice TIFF multipagina è raggiungibile. Il TIFF è un contenitore flessibile. Verifica compressione, dimensioni BigTIFF, piramidi, assi e conservazione dei metadati.
Vetrini da scanner dei produttori .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Legge la piramide di immagini propria dello scanner tramite il backend OpenSlide e carica il livello corrispondente alla regione sullo schermo. Barra di scala, misure e annotazioni usano la calibrazione in micron dello scanner a ogni livello di zoom. Dalla versione 1.10.0 si aprono i vetrini NDPI compressi in JPEG XR, e si aprono anche i vetrini Leica SCN e Ventana BIF che OpenSlide non riesce a leggere. Dalla versione 1.20.0 le annotazioni disegnate in NDP.view (un file .ndpa accanto al .ndpi) compaiono sopra il vetrino e possono essere copiate nelle tue misure. MRXS, VMS e VMU conservano i dati dei pixel in una cartella associata accanto al file indice, quindi si aprono solo da un archivio locale e vengono rifiutati per i link remoti. Per i vetrini BIF che OpenSlide non riesce a leggere, le giunzioni tra le tessere non vengono ancora raccordate. Controlla l’integrità della piramide e i metadati del produttore su vetrini rappresentativi.
Hamamatsu NDPIS (dalla versione 1.10.0) .ndpis Apre i set in fluorescenza Hamamatsu con i nomi e i colori reali dei canali, con misure in µm basate sulla calibrazione dello scanner. Verifica nomi dei canali, colori e calibrazione rispetto al software dello scanner su un set rappresentativo.
Olympus/Evident VSI (dalla versione 1.10.0) .vsi Apre immagini whole slide e in fluorescenza di cellSens, compresi i vetrini con più regioni di scansione. Ogni regione di scansione viene misurata alla propria dimensione del pixel, e il pannello Details mostra i metadati registrati, come l’obiettivo, i nomi e i colori reali dei canali e la data di acquisizione. Prova vetrini con più regioni e scansioni in fluorescenza della versione di cellSens usata dal tuo team.
Olympus FluoView (dalla versione 1.10.0) .oib, .oif, .oir Apre i file confocali FluoView con i nomi e i colori reali dei canali, i piani focali in µm e i punti temporali in secondi reali. Il pannello Details mostra le impostazioni registrate, come obiettivo, laser, rivelatori e guadagni, e pinhole. Verifica l’interpretazione di canali, Z e tempo rispetto a FluoView su un’acquisizione rappresentativa.
Zeiss ZVI e LSM (dalla versione 1.10.0) .zvi, .lsm Apre i file AxioVision ZVI e i file confocali LSM, da LSM 510 a LSM 980, con i nomi e i colori reali dei canali e i piani focali in µm. Il pannello Details mostra le impostazioni registrate, come obiettivo, esposizione, laser, rivelatori e pinhole. Prova file di ogni generazione di AxioVision o ZEN archiviata dal tuo team.
Leica LIF, LOF e XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Apre i file LAS X; i file LOF e i progetti XLEF con le loro parti XLIF e XLCF si aprono dalla versione 1.10.0, e il supporto LIF è stato ampliato nella stessa versione. Le scansioni a tessere e le acquisizioni multiposizione si aprono come posizioni che puoi scorrere una alla volta o vedere insieme in XY Overview, collocate in base alle coordinate del tavolino registrate. Tieni insieme i file a cui fa riferimento un progetto XLEF e controlla il posizionamento del tavolino su una scansione a tessere rappresentativa.
DeltaVision (dalla versione 1.10.0) .dv, .r3d Apre i file DeltaVision, comprese le immagini deconvolute D3D, con canali, piani focali in µm e punti temporali in secondi. Il pannello Details mostra le impostazioni registrate, come obiettivo, esposizione e filtri. Confronta i file grezzi e quelli deconvoluti della stessa acquisizione se entrambi vengono usati nelle fasi successive.
MetaMorph (dalla versione 1.10.0) .stk, .nd, .tif MetaSeries Apre gli stack STK, i file TIFF MetaSeries e i set di acquisizione multidimensionale .nd. Un set .nd si apre come un’unica immagine: le sue lunghezze d’onda diventano canali, i suoi punti temporali una serie temporale, e le sue posizioni del tavolino si possono scorrere una alla volta o vedere insieme in XY Overview. Tieni accanto al set .nd i file TIFF o STK che elenca.
OME-Zarr (dalla versione 1.10.0) Cartelle .zarr Apre immagini OME-NGFF 0.4 e 0.5, comprese le piastre HCS con ogni pozzetto e campo, e l’output di bioformats2raw con i suoi metadati OME-XML. I pozzetti della piastra si possono scorrere uno alla volta o vedere insieme in XY Overview. Solo cartelle locali: OME-Zarr non può essere aperto da un link https remoto.
Immagini comuni (dalla versione 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Apre immagini PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF e WebP nello stesso visualizzatore dei file di microscopia. Controlla se il file registra una calibrazione prima di fare affidamento su misure in µm.
Philips iSyntax (dalla versione 1.20.0) .isyntax Apre le scansioni whole slide Philips iSyntax con la loro piramide, la dimensione del pixel, l’etichetta e l’immagine macro. SlideScope mostra i pixel decodificati: la nitidezza, il miglioramento del contrasto e il profilo colore propri di Philips non vengono applicati, e il pannello Details lo indica. Confronta un vetrino rappresentativo con il visualizzatore Philips se l’aspetto esatto è importante. Un file danneggiato o troncato viene rifiutato invece di essere aperto parzialmente.
KFBio KFB (dalla versione 1.20.0) .kfb Apre le scansioni whole slide in campo chiaro KFBio con la loro piramide e la dimensione del pixel. Una tessera danneggiata viene disegnata a partire dal livello successivo meno dettagliato, e SlideScope lo segnala. I vetrini in fluorescenza KFBF non si aprono. Le aree che lo scanner non ha acquisito appaiono bianche.
ICS/IDS (dalla versione 1.20.0) .ics, .ids Apre le immagini Image Cytometry Standard, come l’output di SVI Huygens e DIPlib: le coppie .ics/.ids della versione 1 e i file singoli della versione 2, compresi i dati compressi con gzip, con la loro scala e i loro assi. I pixel corrispondono a quelli di Bio-Formats, compreso il suo orientamento per i file Huygens. Tieni il file .ids accanto alla sua intestazione .ics. Un file di calendario .ics viene riconosciuto e non viene aperto come immagine.
Gatan DM3 e DM4 (dalla versione 1.20.0) .dm3, .dm4 Apre le immagini Gatan Digital Micrograph con la loro calibrazione e i metadati del microscopio. Le immagini spettrali EELS ed EDS si scorrono per energia con un cursore Energy, mentre i pattern di diffrazione e le FFT ricevono una barra di scala reciproca in nm⁻¹ al posto delle misure. Gli spettri 1D e i dataset 4D-STEM non si aprono.
Olympus SIS (dalla versione 1.20.0) .sis, .tif con tag SIS Apre le immagini Olympus analySIS con la loro dimensione del pixel e i metadati registrati. .sis è anche un’estensione dei programmi di installazione Symbian, quindi si aprono solo i file che sono davvero immagini TIFF.
DICOM standard .dcm, .dicom Gestisce dataset standard a fotogramma singolo e multiframe, mappando tempo, Z, canali, fotogrammi e metadati selezionati. I DICOM whole slide a tessere vengono letti tramite un percorso piramidale separato con accesso nativo alle tessere. Verifica transfer syntax/codec, classe SOP, policy di deidentificazione e requisiti per l’uso in ricerca.

Dettagli per formato e riferimenti autorevoli

CZI: revisione multidimensionale senza implicare una certificazione ZEISS

Un CZI può contenere più scene, canali, piani Z, punti temporali, metadati di acquisizione e sotto-blocchi a tessere. SlideScope legge le dimensioni e i metadati più comuni per la revisione, e scorre le scene di un file una alla volta oppure le mostra insieme in XY Overview. Le scene il cui tipo di pixel o i cui assi differiscono dalla prima non si possono scorrere: viene mostrata la prima scena con un avviso che spiega il motivo. L’esportazione scrive un OME-TIFF con compressione lossless, dimensione del pixel e nomi dei canali; esportando da XY Overview ogni scena finisce in un unico file come immagine separata, e una grande scansione a tessere viene esportata alla risoluzione della panoramica. Ogni scena esportata mantiene la dimensione del pixel con cui è stata acquisita (corretto in SlideScope 1.8.57; le versioni precedenti potevano calibrare in modo errato scene non a tessere di dimensioni diverse). La famiglia CZI è abbastanza ampia da rendere importante una prova con file reali; la guida ai CZI multi-scena mostra scene ed esportazione passo passo. ZEISS documenta il formato e il suo ecosistema di applicazioni nella pagina ufficiale sul formato di file immagine CZI. Quel riferimento definisce il formato di origine; non rappresenta un’approvazione né una certificazione di SlideScope.

ND2: tempo, Z, canali e posizioni

SlideScope mappa gli assi principali dei file ND2 nel modello del suo visualizzatore. Dalla versione 1.8.41 un’acquisizione multiposizione mantiene le posizioni su un asse indipendente invece di accorparle nel tempo, e XY Overview colloca ogni posizione alla coordinata del tavolino registrata. L’orientamento del tavolino è stato verificato su un numero limitato di strumenti, quindi controlla un esperimento multiposizione rappresentativo prima che un team lo adotti come standard. Le risorse software ufficiali di NIS-Elements di Nikon descrivono il visualizzatore autonomo gratuito di Nikon, la visualizzazione di dataset multidimensionali e l’esportazione TIFF nell’ecosistema Nikon.

SVS: piramidi whole slide e compressione

I file SVS sono immagini whole slide basate su TIFF, con livelli piramidali e metadati Aperio. SlideScope sceglie un livello che bilancia dettaglio di visualizzazione e memoria disponibile. Il progetto open source OpenSlide documenta la struttura del formato Aperio, comprese le immagini a tessere, i livelli piramidali, le immagini associate e le proprietà dei metadati.

TIFF e OME-TIFF: un contenitore, non un’unica struttura uniforme

Un file che termina in .tif può essere una semplice immagine 2D, un’immagine RGB, uno stack ImageJ, un dataset OME-TIFF, un BigTIFF o un’immagine piramidale con una compressione diversa. Il lettore di SlideScope riconosce i metadati OME e ImageJ quando presenti, ma non tutte le varianti vanno trattate come identiche. La specifica OME-TIFF spiega come i piani TIFF e i metadati OME-XML codificano dimensioni e piramidi.

DICOM: fotogrammi standard e piramidi whole slide a tessere

Gli attuali programmi di installazione pubblici per Windows e macOS supportano i comuni DICOM a fotogramma singolo e multiframe per la revisione in ambito di ricerca, compresi Z-stack in fluorescenza e acquisizioni time-lapse. I file con la classe SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage vengono letti tramite un percorso whole slide separato che usa direttamente la piramide e la struttura a tessere del DICOM, quindi i DICOM WSI a tessere si aprono senza conversione. Le transfer syntax compresse vengono decodificate tramite i plugin GDCM, openjpeg e imagecodecs inclusi. SlideScope non è un PACS e non viene presentato come una workstation diagnostica validata. Il Supplement 145 del DICOM Standards Committee definisce gli oggetti immagine microscopici whole slide e aiuta a capire perché le WSI sono una classe di compatibilità separata.

Formati di strumenti aggiunti nella versione 1.10.0: che cosa mostra il pannello Details

Ogni formato aggiunto in SlideScope 1.10.0 si apre su Windows e macOS con i suoi metadati nel pannello Details. A seconda di ciò che il file registra, questi comprendono l’obiettivo (nome, ingrandimento, apertura numerica e immersione), laser e sorgenti luminose, rivelatori e guadagni, esposizione, filtri, pinhole, nomi reali e colori dei canali, data di acquisizione, punti temporali in secondi reali, piani focali in µm, pozzetti e campi delle piastre e finestre di visualizzazione salvate. Le scansioni a tessere e le posizioni multiposizione del tavolino si aprono come posizioni, e XY Overview le colloca in base alle coordinate del tavolino registrate. Guide passo passo: VSI, OIB e OIR, ZVI, LSM, LOF e XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK e ND, OME-Zarr e NDPIS.

Formati aggiunti nella versione 1.20.0

SlideScope 1.20.0 aggiunge le scansioni whole slide Philips iSyntax e KFBio KFB, le immagini ICS/IDS, le micrografie elettroniche Gatan DM3 e DM4 e le immagini Olympus SIS, ciascuna con la propria scala e i metadati registrati; la matrice qui sopra elenca che cosa ciascuno apre e che cosa no. Guide passo passo: iSyntax, KFB, ICS e IDS, DM3 e DM4 e SIS.

Perché un’estensione supportata può comunque non funzionare

File incompleto o rinominato

Un download parziale, una copia interrotta o un file rinominato con un’estensione supportata potrebbero non contenere un’intestazione di formato valida o dati dei pixel completi.

Variante di codec o di compressione

I file whole slide TIFF, SVS e DICOM possono dipendere da JPEG, JPEG 2000 o altri codec. Una transfer syntax insolita o un codec mancante nel pacchetto può impedire la decodifica.

Disposizione insolita delle dimensioni

I file dei produttori possono codificare in modo diverso scene, posizioni, illuminazioni, viste, tessere o assi. Un lettore può aprire il file ma mappare una disposizione particolare in modo diverso da quanto previsto.

Limiti di memoria e di piramide

Le immagini molto grandi richiedono livelli validi a risoluzione inferiore o memoria sufficiente per il piano selezionato. Prova i file più grandi che usi abitualmente, non solo un piccolo campione.

Un test pratico prima dell’adozione

  1. Scegli file da ogni modello di microscopio o scanner che il tuo team usa davvero.
  2. Includi un file piccolo, un file tipico, il file più grande che usi abitualmente e un file d’archivio più vecchio.
  3. Verifica colori dei canali, punti temporali, piani Z, posizioni, dettaglio della piramide e calibrazione spaziale.
  4. Confronta i metadati principali con il software di acquisizione o con un altro lettore affidabile.
  5. Prova l’esportazione TIFF e verifica quali dimensioni e metadati si aspetta il flusso di lavoro a valle.
  6. Annota versione dell’applicazione, sistema operativo, hardware, software di origine e risultato.

In questo modo si crea una documentazione che un laboratorio può rivedere in seguito, più affidabile del presumere che ogni file con la stessa estensione sia identico.

Formati supportati e non supportati

I vetrini da scanner NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF e AVS sono supportati tramite il backend OpenSlide, Leica LIF ha un proprio lettore, VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr e i comuni file immagine sono supportati dalla versione 1.10.0, e Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 e Olympus SIS dalla versione 1.20.0; tutti compaiono nella matrice di compatibilità qui sopra. Si apre anche un .zip di file supportati: SlideScope mostra che cosa contiene, lo estrae accanto all’archivio e lo apre. SlideScope non apre i file SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD o MRC, i vetrini in fluorescenza KFBio KFBF, gli spettri 1D o i dataset 4D-STEM di Gatan, OME-Zarr da link https remoti, NIfTI né i formati video generici. Non rinominare uno di questi file con un’estensione supportata. Se uno di questi formati è importante per il tuo flusso di lavoro, contatta il supporto indicando il nome del formato e il software di acquisizione prima dell’acquisto.

Per i file supportati che comunque non si aprono, la procedura di supporto nell’app può includere un contesto non sensibile sul vetrino. Non inviare dati che identificano i pazienti o file proprietari, a meno che la tua organizzazione non abbia approvato tale condivisione.

Domande sulla compatibilità

Quali estensioni di file di microscopia apre SlideScope?

Le versioni attuali di SlideScope indirizzano a lettori dedicati i file .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif e i formati degli scanner whole slide .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff e .avs. Dalla versione 1.10.0 aprono anche i file .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd e .ndpis, le cartelle OME-Zarr da archivio locale e le comuni immagini .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif e .webp. Dalla versione 1.20.0 aprono anche i vetrini Philips .isyntax e KFBio .kfb, le immagini .ics e .ids, i file Gatan .dm3 e .dm4 e le immagini Olympus .sis; un file di annotazioni NDP.view .ndpa si apre con il suo vetrino NDPI, e un .zip di vetrini si apre dopo che SlideScope lo ha estratto accanto all’archivio. La compatibilità può comunque variare in base al sottoformato del produttore, alla compressione, all’integrità del file e ai metadati incorporati.

SlideScope apre i file OME-TIFF?

Il lettore TIFF riconosce i metadati OME-TIFF e mappa gli assi con nome tempo, Z, canale, Y e X quando disponibili. Prova varianti rappresentative di compressione, BigTIFF e piramidi.

Il supporto di un’estensione garantisce che ogni file si apra?

No. Danni, trasferimenti incompleti, codec poco comuni, varianti dei produttori e disposizioni insolite delle dimensioni possono comunque influire sulla compatibilità.

SlideScope è un visualizzatore DICOM diagnostico?

Non viene fatta alcuna dichiarazione diagnostica. SlideScope è destinato a flussi di lavoro di ricerca, didattica e revisione; l’uso clinico richiede una validazione e una valutazione normativa proprie dell’istituto.

Prova i file che il tuo team usa davvero

Installa la build corretta per Windows o Mac, poi verifica dataset CZI, ND2, SVS, TIFF e DICOM rappresentativi.

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