Referência de compatibilidade

Compatibilidade de arquivos de microscopia no SlideScope

O SlideScope tem leitores dedicados para desktop para as famílias CZI, ND2, SVS, TIFF e DICOM e para formatos de lâminas inteiras de fabricantes; desde a versão 1.10.0, também abre Olympus/Evident VSI, OIB e OIR, Zeiss ZVI e LSM, Leica LOF e XLEF, DeltaVision, MetaMorph, Hamamatsu NDPIS, OME-Zarr e arquivos de imagem comuns e, desde a versão 1.20.0, Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 e Olympus SIS. Esta página separa uma extensão de arquivo aceita das dimensões, dos metadados, da compressão e dos detalhes de fluxo de trabalho que determinam se um arquivo específico é uma boa escolha.

Prefere as medições às promessas? Abrimos 792 arquivos reais de microscopia e de lâminas inteiras e publicamos todos os resultados, incluindo as falhas.

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Limites listados por formato Windows e macOS Última revisão em 16 de outubro de 2026

Matriz de compatibilidade atual

A matriz é derivada do encaminhamento atual do aplicativo SlideScope e do comportamento dos leitores. Use-a como referência de triagem e depois teste arquivos representativos do microscópio, do scanner, da versão de software e das configurações de compressão exatos que a sua equipe usa.

Família de formatos Extensões aceitas Comportamento do leitor Verificações importantes
ZEISS CZI .czi Normaliza as dimensões de tempo, Z, canal, Y e X; lê os metadados de aquisição e a calibração espacial quando disponíveis. Cenas que compartilham o tipo de pixel e os eixos viram cenas separadas, navegáveis uma a uma, cada uma no seu próprio tamanho, e o XY Overview as mostra juntas. Exporta para OME-TIFF a cena que está na tela ou todas as cenas. Teste cenas, mosaicos, layouts de sub-blocos incomuns e aquisições muito grandes.
Nikon ND2 .nd2 Mapeia tempo, Z, canais e tamanho da imagem. Várias posições de platina formam um eixo de posição separado, com controle próprio, e o XY Overview as posiciona nas coordenadas de platina registradas. Confirme a interpretação de posição/tempo, o layout RGB, os metadados e a geração exata do NIS-Elements.
Aperio SVS .svs Lê os níveis da pirâmide de lâminas inteiras baseados em TIFF e seleciona um nível de exibição viável dentro dos limites de memória. Verifique os codecs JPEG/JPEG 2000, a integridade da pirâmide, os metadados do scanner e o nível de resolução desejado.
TIFF e OME-TIFF .tif, .tiff Usa eixos nomeados quando disponíveis, incluindo tempo, Z, canal, Y e X. Reconhece metadados OME-TIFF e ImageJ e a escala espacial, quando presentes. Todas as páginas de um TIFF de várias páginas simples ficam acessíveis. TIFF é um contêiner flexível. Verifique a compressão, o tamanho BigTIFF, as pirâmides, os eixos e a preservação dos metadados.
Lâminas de scanners de fabricantes .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff, .avs Lê a pirâmide de imagens do próprio scanner por meio do backend OpenSlide e carrega o nível que corresponde à região na tela. A barra de escala, as medições e as anotações usam a calibração em mícrons do scanner em todos os níveis de zoom. Desde a 1.10.0, lâminas NDPI com compressão JPEG XR abrem, assim como lâminas Leica SCN e Ventana BIF que o OpenSlide não consegue ler. Desde a 1.20.0, anotações desenhadas no NDP.view (um arquivo .ndpa ao lado do .ndpi) aparecem sobre a lâmina e podem ser copiadas para as suas medições. MRXS, VMS e VMU guardam os dados de pixel em uma pasta complementar ao lado do arquivo de índice, então só abrem de um armazenamento local e são recusados em links remotos. Em lâminas BIF que o OpenSlide não consegue ler, as emendas entre blocos ainda não são costuradas. Verifique a integridade da pirâmide e os metadados do fabricante em lâminas representativas.
Hamamatsu NDPIS (desde a 1.10.0) .ndpis Abre conjuntos de fluorescência Hamamatsu com os nomes e as cores reais dos canais, com medições em µm a partir da calibração do scanner. Confirme os nomes dos canais, as cores e a calibração em comparação com o software do scanner em um conjunto representativo.
Olympus/Evident VSI (desde a 1.10.0) .vsi Abre imagens de lâminas inteiras e de fluorescência do cellSens, incluindo lâminas com várias regiões de digitalização. Cada região de digitalização é medida no seu próprio tamanho de pixel, e o painel Details mostra metadados registrados, como a objetiva, os nomes e as cores reais dos canais e a data de aquisição. Teste lâminas com várias regiões e digitalizações de fluorescência da versão do cellSens que a sua equipe usa.
Olympus FluoView (desde a 1.10.0) .oib, .oif, .oir Abre arquivos confocais do FluoView com os nomes e as cores reais dos canais, planos focais em µm e pontos de tempo em segundos reais. O painel Details mostra configurações registradas, como a objetiva, os lasers, os detectores e ganhos e o pinhole. Confirme a interpretação de canais, Z e tempo em comparação com o FluoView em uma aquisição representativa.
Zeiss ZVI e LSM (desde a 1.10.0) .zvi, .lsm Abre arquivos ZVI do AxioVision e arquivos confocais LSM, do LSM 510 ao LSM 980, com os nomes e as cores reais dos canais e planos focais em µm. O painel Details mostra configurações registradas, como a objetiva, a exposição, os lasers, os detectores e o pinhole. Teste arquivos de cada geração do AxioVision ou do ZEN que a sua equipe arquiva.
Leica LIF, LOF e XLEF .lif, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf Abre arquivos do LAS X; arquivos LOF e projetos XLEF com suas partes XLIF e XLCF abrem desde a 1.10.0, e a compatibilidade com LIF foi aprofundada na mesma versão. Tile scans e aquisições com várias posições abrem como posições que você pode percorrer uma a uma ou ver juntas no XY Overview, posicionadas pelas coordenadas de platina registradas. Mantenha juntos os arquivos referenciados por um projeto XLEF e verifique o posicionamento da platina em um tile scan representativo.
DeltaVision (desde a 1.10.0) .dv, .r3d Abre arquivos DeltaVision, incluindo imagens deconvoluídas D3D, com canais, planos focais em µm e pontos de tempo em segundos. O painel Details mostra configurações registradas, como a objetiva, a exposição e os filtros. Compare os arquivos brutos e os deconvoluídos da mesma aquisição se os dois forem usados nas etapas seguintes.
MetaMorph (desde a 1.10.0) .stk, .nd, .tif do MetaSeries Abre pilhas STK, arquivos TIFF do MetaSeries e conjuntos .nd de aquisição multidimensional. Um conjunto .nd abre como uma única imagem: seus comprimentos de onda viram canais, seus pontos de tempo uma série temporal, e suas posições de platina podem ser percorridas uma a uma ou vistas juntas no XY Overview. Mantenha ao lado do conjunto .nd os arquivos TIFF ou STK que ele lista.
OME-Zarr (desde a 1.10.0) Pastas .zarr Abre imagens OME-NGFF 0.4 e 0.5, incluindo placas HCS com todos os poços e campos, e a saída do bioformats2raw com seus metadados OME-XML. Os poços da placa podem ser percorridos um a um ou vistos juntos no XY Overview. Somente pastas locais: OME-Zarr não pode ser aberto a partir de um link https remoto.
Imagens comuns (desde a 1.10.0) .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif, .webp Abre imagens PNG, JPEG, JPEG 2000, BMP, GIF e WebP no mesmo visualizador dos arquivos de microscopia. Verifique se o arquivo registra uma calibração antes de confiar em medições em µm.
Philips iSyntax (desde a 1.20.0) .isyntax Abre digitalizações de lâminas inteiras Philips iSyntax com a pirâmide, o tamanho do pixel, a etiqueta e a imagem macro. O SlideScope mostra os pixels decodificados: a nitidez, o realce de contraste e o perfil de cor próprios da Philips não são aplicados, e o painel Details informa isso. Compare uma lâmina representativa com o visualizador da Philips se a aparência exata for importante. Um arquivo danificado ou truncado é recusado, em vez de aberto parcialmente.
KFBio KFB (desde a 1.20.0) .kfb Abre digitalizações de lâminas inteiras de campo claro da KFBio com a pirâmide e o tamanho do pixel. Um bloco danificado é desenhado a partir do nível imediatamente menos detalhado, e o SlideScope informa isso. Lâminas de fluorescência KFBF não abrem. Áreas que o scanner não capturou aparecem em branco.
ICS/IDS (desde a 1.20.0) .ics, .ids Abre imagens no Image Cytometry Standard, como a saída do SVI Huygens e do DIPlib: pares .ics/.ids da versão 1 e arquivos únicos da versão 2, incluindo dados com compressão gzip, com a escala e os eixos. Os pixels coincidem com os do Bio-Formats, incluindo a orientação dele para arquivos do Huygens. Mantenha o arquivo .ids ao lado do cabeçalho .ics. Um arquivo .ics de calendário é reconhecido e não é aberto como imagem.
Gatan DM3 e DM4 (desde a 1.20.0) .dm3, .dm4 Abre imagens do Gatan Digital Micrograph com a calibração e os metadados do microscópio. Imagens de espectro EELS e EDS percorrem a energia com um controle deslizante Energy, e padrões de difração e FFTs recebem uma barra de escala recíproca em nm⁻¹ em vez de medições. Espectros 1D e conjuntos de dados 4D-STEM não abrem.
Olympus SIS (desde a 1.20.0) .sis, .tif com tags SIS Abre imagens do Olympus analySIS com o tamanho do pixel e os metadados registrados. .sis também é uma extensão de instalador do Symbian, então só abrem os arquivos que realmente são imagens TIFF.
DICOM padrão .dcm, .dicom Lida com conjuntos de dados padrão de quadro único e de vários quadros, mapeando tempo, Z, canais, quadros e metadados selecionados. DICOM de lâminas inteiras em blocos é lido por um caminho de pirâmide separado, com acesso nativo aos blocos. Confirme a sintaxe de transferência/os codecs, a classe SOP, a política de desidentificação e os requisitos de uso em pesquisa.

Detalhes por formato e referências oficiais

CZI: revisão multidimensional sem sugerir certificação da ZEISS

Um CZI pode conter várias cenas, canais, planos Z, pontos de tempo, metadados de aquisição e sub-blocos em mosaico. O SlideScope lê as dimensões e os metadados comuns de revisão e percorre as cenas de um arquivo uma a uma ou as mostra juntas no XY Overview. Cenas cujo tipo de pixel ou cujos eixos diferem da primeira não podem ser percorridas: a primeira cena é exibida com um aviso explicando o motivo. A exportação grava um OME-TIFF com compressão sem perdas, tamanho do pixel e nomes dos canais; exportar a partir do XY Overview coloca todas as cenas em um único arquivo, cada uma como uma imagem separada, e um grande scan em mosaico é exportado na resolução da visão geral. Cada cena exportada mantém o tamanho de pixel com que foi adquirida (corrigido no SlideScope 1.8.57; versões anteriores podiam calibrar errado cenas sem mosaico de tamanhos diferentes). A família CZI é ampla o bastante para que um teste com arquivos reais faça diferença; o guia de CZI com várias cenas mostra as cenas e a exportação passo a passo. A ZEISS documenta o formato e seu ecossistema de aplicativos na página oficial do formato de arquivo de imagem CZI. Essa referência define o formato de origem; ela não representa um endosso nem uma certificação do SlideScope.

ND2: tempo, Z, canais e posições

O SlideScope mapeia os eixos principais do ND2 para o modelo do seu visualizador. Desde a versão 1.8.41, uma aquisição com várias posições mantém as posições em um eixo independente, em vez de juntá-las ao tempo, e o XY Overview coloca cada posição na coordenada de platina registrada. A orientação da platina foi verificada em um conjunto limitado de instrumentos, então confira um experimento representativo com várias posições antes que uma equipe o adote como padrão. Os recursos oficiais de software do NIS-Elements da Nikon descrevem o visualizador independente gratuito da Nikon, a visualização de conjuntos de dados multidimensionais e a exportação em TIFF dentro do próprio ecossistema da Nikon.

SVS: pirâmides de lâminas inteiras e compressão

Arquivos SVS são imagens de lâminas inteiras baseadas em TIFF, com níveis de pirâmide e metadados Aperio. O SlideScope escolhe um nível que equilibra o detalhe de exibição e a memória disponível. O projeto de código aberto OpenSlide documenta a estrutura do formato Aperio, incluindo imagens em blocos, níveis de pirâmide, imagens associadas e propriedades de metadados.

TIFF e OME-TIFF: um contêiner, não um layout único

Um arquivo terminado em .tif pode ser uma imagem 2D simples, uma imagem RGB, uma pilha do ImageJ, um conjunto de dados OME-TIFF, um BigTIFF ou uma imagem piramidal com outra compressão. O leitor do SlideScope reconhece metadados OME e ImageJ quando presentes, mas nem todas as variantes devem ser tratadas como idênticas. A especificação OME-TIFF explica como os planos TIFF e os metadados OME-XML codificam dimensões e pirâmides.

DICOM: quadros padrão e pirâmides de lâminas inteiras em blocos

Os instaladores públicos atuais para Windows e macOS são compatíveis com DICOM comum de quadro único e de vários quadros para revisão em pesquisa, incluindo pilhas Z de fluorescência e capturas de time-lapse. Arquivos com a classe SOP VL Whole Slide Microscopy Image Storage são lidos por um caminho separado para lâminas inteiras, que usa diretamente a pirâmide e a estrutura de blocos do DICOM, então DICOM WSI em blocos abre sem conversão. Sintaxes de transferência comprimidas são decodificadas pelos plugins GDCM, openjpeg e imagecodecs incluídos. O SlideScope não é um PACS e não é apresentado como uma estação de trabalho de diagnóstico validada. O Supplement 145 do DICOM Standards Committee define os objetos de imagem microscópica de lâminas inteiras e ajuda a explicar por que WSI é uma classe de compatibilidade à parte.

Formatos de instrumentos adicionados na 1.10.0: o que o painel Details mostra

Cada formato adicionado no SlideScope 1.10.0 abre no Windows e no macOS com seus metadados no painel Details. Dependendo do que o arquivo registra, isso inclui a objetiva (nome, ampliação, abertura numérica e imersão), lasers e fontes de luz, detectores e ganhos, exposição, filtros, pinhole, nomes e cores reais dos canais, a data de aquisição, pontos de tempo em segundos reais, planos focais em µm, poços e campos de placas e janelas de exibição salvas. Tile scans e posições de platina de aquisições com várias posições abrem como posições, e o XY Overview as posiciona pelas coordenadas de platina registradas. Guias passo a passo: VSI, OIB e OIR, ZVI, LSM, LOF e XLEF, DeltaVision, MetaMorph STK e ND, OME-Zarr e NDPIS.

Formatos adicionados na 1.20.0

O SlideScope 1.20.0 adiciona digitalizações de lâminas inteiras Philips iSyntax e KFBio KFB, imagens ICS/IDS, micrografias eletrônicas Gatan DM3 e DM4 e imagens Olympus SIS, cada uma com sua escala e seus metadados registrados; a matriz acima lista o que cada uma abre e o que não abre. Guias passo a passo: iSyntax, KFB, ICS e IDS, DM3 e DM4 e SIS.

Por que uma extensão compatível ainda pode falhar

Arquivo incompleto ou renomeado

Um download parcial, uma cópia interrompida ou um arquivo renomeado para uma extensão compatível podem não conter um cabeçalho de formato válido nem os dados de pixel completos.

Variante de codec ou de compressão

Arquivos TIFF, SVS e DICOM de lâminas inteiras podem depender de JPEG, JPEG 2000 ou outros codecs. Uma sintaxe de transferência incomum ou um codec ausente no pacote pode impedir a decodificação.

Layout dimensional incomum

Arquivos de fabricantes podem codificar cenas, posições, iluminações, vistas, blocos ou eixos de maneiras diferentes. Um leitor pode abrir o arquivo, mas mapear um layout especializado de forma diferente do esperado.

Limites de memória e de pirâmide

Imagens muito grandes precisam de níveis de resolução reduzida válidos ou de memória suficiente para o plano selecionado. Teste os maiores arquivos de rotina, não só uma amostra pequena.

Um teste prático antes da adoção

  1. Escolha arquivos de todos os modelos de microscópio ou scanner que a sua equipe realmente usa.
  2. Inclua um arquivo pequeno, um arquivo típico, o maior arquivo de rotina e um arquivo antigo do acervo.
  3. Verifique as cores dos canais, os pontos de tempo, os planos Z, as posições, o detalhe da pirâmide e a calibração espacial.
  4. Compare os metadados principais com o software de aquisição ou com outro leitor confiável.
  5. Teste a exportação em TIFF e confirme quais dimensões e metadados o fluxo de trabalho seguinte espera.
  6. Registre a versão do aplicativo, o sistema operacional, o hardware, o software de origem e o resultado.

Isso gera evidências que um laboratório pode revisar depois e é mais confiável do que presumir que todos os arquivos com a mesma extensão são idênticos.

Formatos compatíveis e não compatíveis

Lâminas de scanner NDPI, MRXS, SCN, BIF, VMS, VMU, SVSLIDE, QPTIFF e AVS são compatíveis por meio do backend OpenSlide, o Leica LIF tem leitor próprio, e VSI, OIB, OIF, OIR, ZVI, LSM, LOF, XLEF, DeltaVision, MetaMorph, NDPIS, OME-Zarr e arquivos de imagem comuns são compatíveis desde a versão 1.10.0, e Philips iSyntax, KFBio KFB, ICS/IDS, Gatan DM3/DM4 e Olympus SIS desde a versão 1.20.0; todos eles aparecem na matriz de compatibilidade acima. Um .zip de arquivos compatíveis também abre: o SlideScope mostra o que há dentro, extrai o conteúdo ao lado do arquivo compactado e o abre. O SlideScope não abre arquivos SQRAY SDPC, Motic MDSX, UNIC TMAP, Leica LEI, SlideBook SLD nem MRC, lâminas de fluorescência KFBio KFBF, espectros 1D ou conjuntos de dados 4D-STEM da Gatan, OME-Zarr a partir de links https remotos, NIfTI nem formatos de vídeo em geral. Não renomeie um desses arquivos para uma extensão compatível. Se um desses formatos for importante para o seu fluxo de trabalho, entre em contato com o suporte informando o nome do formato e o software de aquisição antes de comprar.

Para arquivos compatíveis que ainda assim falham, o fluxo de suporte dentro do aplicativo pode incluir contexto não sensível da lâmina. Não envie dados que identifiquem pacientes nem arquivos proprietários, a menos que a sua organização tenha aprovado esse compartilhamento.

Perguntas sobre compatibilidade

Quais extensões de arquivo de microscopia o SlideScope abre?

As versões atuais do SlideScope encaminham .czi, .nd2, .svs, .tif, .tiff, .dcm, .dicom, .lif e os formatos de scanners de lâminas inteiras .ndpi, .mrxs, .scn, .bif, .vms, .vmu, .svslide, .qptiff e .avs para leitores dedicados. Desde a versão 1.10.0, elas também abrem arquivos .vsi, .oib, .oif, .oir, .zvi, .lsm, .lof, .xlef, .xlif, .xlcf, .dv, .r3d, .stk, .nd e .ndpis, pastas OME-Zarr em armazenamento local e imagens comuns .png, .jpg, .jpeg, .jpe, .jfif, .jp2, .j2k, .bmp, .gif e .webp. Desde a versão 1.20.0, também abrem lâminas Philips .isyntax e KFBio .kfb, imagens .ics e .ids, arquivos Gatan .dm3 e .dm4 e imagens Olympus .sis; um arquivo de anotações .ndpa do NDP.view abre junto com a lâmina NDPI, e um .zip de lâminas abre depois que o SlideScope o extrai ao lado do arquivo compactado. A compatibilidade ainda pode variar conforme o subformato do fabricante, a compressão, a integridade do arquivo e os metadados incorporados.

O SlideScope abre arquivos OME-TIFF?

O leitor de TIFF reconhece metadados OME-TIFF e mapeia os eixos nomeados de tempo, Z, canal, Y e X quando disponíveis. Teste variantes representativas de compressão, BigTIFF e pirâmide.

A compatibilidade com a extensão garante que todos os arquivos vão abrir?

Não. Danos, transferências incompletas, codecs incomuns, variantes de fabricantes e layouts dimensionais incomuns ainda podem afetar a compatibilidade.

O SlideScope é um visualizador DICOM para diagnóstico?

Nenhuma alegação diagnóstica é feita. O SlideScope se destina a fluxos de trabalho de pesquisa, ensino e revisão; o uso clínico exige validação própria da instituição e avaliação regulatória.

Teste os arquivos que a sua equipe realmente usa

Instale a versão correta para Windows ou Mac e depois verifique conjuntos de dados representativos em CZI, ND2, SVS, TIFF e DICOM.

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