О чём это видео
Списки поддерживаемых форматов заявляют о возможностях; это видео их измеряет. 792 реальных файла из 14 семейств форматов, всего 44 GB, были открыты каждый в изолированном процессе, который создаёт тот же загрузчик, что и просмотрщик, декодирует плоскость и отрисовывает её. 767 открылись, 9 прочитать не удалось, в 16 вообще не было изображения, и ни один не вызвал сбой.
В видео разобраны форматы полнослайдовых изображений (SVS, NDPI, MIRAX, SCN, BIF, VMS, QPTIFF, AVS), форматы микроскопии (CZI, ND2, LIF, OME-TIFF) и DICOM, объясняется, почему 16 "сбоев" — это файлы, в которых нет пикселей, и названы 9 файлов, которые действительно невозможно прочитать. Каждый результат, включая сбои, опубликован на странице теста форматов.
Предпочитаете читать? Тест форматов: каждый файл и результат.
Расшифровка
Обновлено после записи. С момента записи этого видео описанная в нём проблема с мультиплексными QPTIFF исправлена: мультиплексные файлы Akoya QPTIFF теперь открываются со своими флуоресцентными каналами, а не как одно RGB-изображение. Актуальные результаты — на странице теста форматов.
Семьсот девяносто два файла. Четырнадцать семейств форматов. Сорок четыре гигабайта.
Семьсот шестьдесят семь открылись. Девять прочитать не удалось.
В шестнадцати вообще не было изображения. Ни один не вызвал сбой просмотрщика.
Опубликован каждый результат, включая те, что выставляют нас в невыгодном свете.
Почти каждый просмотрщик публикует список расширений, который кто-то набрал вручную.
Такой список заявляет о возможности. Он её не измеряет.
Он ничего не говорит о том, откроется ли реальный файл с реального сканера
и что произойдёт, если нет.
Поэтому мы проверили каждый файл, который у нас есть, и опубликовали сбои рядом с успехами.
Каждый файл передаётся одноразовому дочернему процессу.
Этот процесс создаёт тот же загрузчик, что и приложение, считывает размеры,
декодирует плоскость и отрисовывает её тем же путём, что и просмотрщик.
Повреждённый файл, который обрушивает нативный кодек, завершает только этот дочерний процесс.
Именно поэтому столбец «сбой» эта таблица может честно показать равным нулю.
Глава первая. Форматы полнослайдовых изображений.
Файлы, которые выдаёт сканер и которые нередко занимают несколько гигабайт.
Глава вторая. Форматы микроскопии.
Здесь вопрос не в размере файла, а в том, сколько каналов, фокальных плоскостей и временных точек сохраняется.
Глава третья. DICOM, включая полнослайдовый DICOM.
Проверено триста семьдесят восемь файлов. Открылись триста шестьдесят два.
DICOM — это формат документов не в меньшей степени, чем формат изображений.
Файл DICOMDIR — это индекс диска.
Состояние представления фиксирует, как кто-то однажды настроил окно для исследования.
Другие содержат заключения или измерения. Ни один из них не содержит пикселей.
Поэтому отказ открыть их — правильный ответ, а считать их сбоями было бы нам на руку.
Честное число сбоев в этом запуске — девять, а не двадцать пять.
Девять файлов, которые мы действительно не можем открыть.
Два слайда Leica SCN. В одном нет распознаваемого основного изображения.
В другом основные изображения не совпадают между собой.
Один Ventana BIF с неожиданным атрибутом направления.
И шесть старых контейнеров Imaris Classic — ещё до перехода формата на HDF5.
Все они в исходном состоянии. Контрольные суммы совпадают с опубликованными.
Это ограничения декодеров и структур файлов производителей, и эти файлы остаются в корпусе как регрессионное покрытие.
Это самый важный сбой, и таблицы форматов его никогда не признают.
Мультиплексный Akoya QPTIFF открывается вообще без ошибок.
Файл содержит пять флуоресцентных каналов в полном разрешении, по тридцать четыре тысячи пикселей в ширину.
DAPI, FITC, Cy3, Texas Red и Cy5.
Мы направляем его в модуль чтения светлопольных изображений, поэтому он сообщает об одном канале и возвращает RGB-срез.
Флуоресцентные каналы недоступны, и ничто вас об этом не предупреждает.
Светлопольные сканы того же формата открываются идеально — именно поэтому проблема осталась незамеченной.
Глава четвёртая. Универсального запасного модуля чтения нет.
Мы взяли самый маленький реальный файл каждого неподдерживаемого расширения из эталонного корпуса.
Девяносто три файла, каждый пропущен через загрузчик выпускаемой версии.
Все девяносто три были отклонены с понятным сообщением. Ни одного сбоя.
Ни один не был открыт наполовину, превратившись во что-то похожее на изображение, но им не являющееся.
Два формата вообще не покрыты реальными файлами.
Общедоступных образцов ни того, ни другого не существует, поэтому мы не заявляем о проверенной поддержке.
Это не тест скорости и не клиническая валидация.
И это тест производителя. Мы написали программу и мы же провели тест.
Вместо независимости мы предлагаем проверяемость.
Наш корпус — это не ваш ящик со слайдами.
Исходные результаты по каждому файлу опубликованы в формате JSON.
Корпуса данных доступны для скачивания, а скрипт запуска лежит в нашем репозитории.
Откройте файлы, с которыми у вас действительно бывают проблемы.
А если какой-то из них не откроется, пришлите его нам.
Сбои в этом видео появились здесь потому, что кто-то так и сделал.