Désidentification

Comment supprimer les étiquettes et les données patient des images de lames

Une image de lame entière contient plus que le tissu : une photo de l’étiquette de la lame, une photo d’ensemble qui montre souvent aussi l’étiquette, un nom de fichier qui peut contenir le numéro de dossier, et des métadonnées comme des codes-barres, des dates et des informations sur le scanner. Avant de partager une lame, supprimez tous ces éléments, sans toucher aux pixels que vous voulez partager. Voici ce qu’il faut supprimer, et les outils qui le font.

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Étiquette, vue d’ensemble, nom de fichier, métadonnéesPixels inchangésSur votre ordinateur

Ce qui identifie un fichier de lame

  • L’image de l’étiquette : les scanners enregistrent une photo de l’étiquette de la lame, souvent avec un nom, un numéro de dossier ou un code-barres.
  • La photo d’ensemble (macro) : une image de toute la lame de verre, qui montre généralement aussi l’étiquette. Sur certains fichiers NDPI et Ventana, l’étiquette et la vue d’ensemble forment une seule image.
  • Le nom de fichier : souvent le numéro de dossier ou d’enregistrement.
  • Les métadonnées : codes-barres décodés, texte de l’étiquette lu par le scanner, dates et heures d’acquisition, numéro de série du scanner et noms d’utilisateur du système d’exploitation.
  • L’image elle-même : une étiquette ou une écriture manuscrite prise dans la zone numérisée fait partie des pixels, et aucun outil ne la supprime sans modifier l’image.

Source : l’article sur wsi-anon (PMC10185865) ; images associées et propriétés OpenSlide.

Outils qui désidentifient les lames

OutilCoûtFormatsCe qu’elle fait
SlideScope “Save a Safe Copy”Payant ; nécessite un abonnementSVS, NDPI, BIF, QPTIFF, AVS, OME-TIFF et TIFF en tuiles, CZI, DICOM à fichier uniqueSupprime les photos d’étiquette et d’ensemble et les champs identifiants, retire le nom de fichier, laisse les pixels identiques octet pour octet, puis vérifie la copie ; refuse MRXS, SCN, VMS/VMU, VSI
svs-deidentifierGratuit (MIT)Aperio SVSSupprime les images d’étiquette et macro ; mode copie ou modification ; application de bureau pour Windows, Mac et Linux
wsi-anon (EMPAIA)Gratuit (MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFBibliothèque C avec liaisons Python et JavaScript ; pour les chaînes de traitement
anonymize-slideGratuit (GPL-2)SVS (étiquette uniquement), NDPI (macro), MRXS (code-barres)Modifie le fichier sur place ; Python 2 ; dernière modification en 2015
Profil de désidentification DICOMNormeDICOM WSIBasic Profile plus l’option Clean Pixel Data pour le texte incrusté

Les outils qui modifient l’original sur place ne vous laissent aucune copie intacte en cas de problème : travaillez sur une copie, et conservez l’original sous ses contrôles d’accès.

Comment enregistrer une copie désidentifiée dans SlideScope

  1. Ouvrez la lame dans SlideScope sous Windows ou Mac.
  2. Choisissez File › Save a Safe Copy… et l’emplacement d’enregistrement.
  3. SlideScope écrit, sous un nouveau nom, une copie sans les photos d’étiquette et d’ensemble de la lame ni les champs identifiants stockés dans le fichier, en laissant les données d’image identiques octet pour octet. Il vérifie ensuite la copie de manière indépendante ; si la vérification échoue, la copie est supprimée et rien n’est déclaré sûr.
  4. Examinez la copie pour repérer tout élément situé dans la zone numérisée, comme une écriture manuscrite sur le verre, qu’aucun outil ne peut voir.

File › Remove Identifying Details from Exports écarte aussi le nom de fichier d’origine des images exportées, et les liens de partage peuvent utiliser la même copie nettoyée. Les copies sûres sont incluses avec un abonnement.

Liste de contrôle avant de partager une lame

  1. Travaillez sur une copie, jamais sur l’original.
  2. Supprimez l’image de l’étiquette et la photo d’ensemble.
  3. Supprimez les métadonnées identifiantes : code-barres, texte de l’étiquette, dates, informations sur le scanner et l’utilisateur.
  4. Renommez le fichier pour qu’il ne porte pas de numéro de dossier.
  5. Vérifiez la zone numérisée elle-même pour repérer toute écriture.
  6. Confirmez ce que votre établissement et votre autorisation éthique vous permettent de partager.

Questions sur la désidentification

Supprimer l’image de l’étiquette rend-il une lame anonyme ?

Pas à lui seul. La photo d’ensemble (macro) montre souvent aussi l’étiquette, le nom de fichier peut porter le numéro de dossier, et les métadonnées du fichier peuvent contenir un code-barres, le texte de l’étiquette, des dates, le numéro de série du scanner et des noms d’utilisateur. Une écriture prise dans la zone numérisée fait partie de l’image et reste.

Puis-je supprimer l’étiquette d’une lame MRXS ou VSI ?

Certains outils gèrent le MRXS (wsi-anon supprime le niveau du code-barres de la lame), mais ces formats multi-fichiers sont plus difficiles à nettoyer de façon sûre. Plutôt que de deviner, SlideScope refuse de déclarer sûre une copie MRXS, SCN, VMS/VMU ou VSI.

La désidentification modifie-t-elle les pixels de l’image ?

Elle ne devrait pas. La copie sûre de SlideScope laisse les données d’image identiques octet pour octet (rien n’est réencodé), de sorte que les annotations et les mesures restent alignées, et elle vérifie la copie avant de la déclarer sûre.

La désidentification suffit-elle pour partager des lames de patients ?

C’est une étape. Ce que vous pouvez partager, et avec qui, est défini par votre établissement, votre autorisation éthique et les règles de protection des données ; renseignez-vous auprès d’eux. Cette page est un guide pratique, pas un conseil juridique.

SlideScope est-il gratuit ?

SlideScope est une application payante avec une bibliothèque d’échantillons gratuite (tous les outils) ; vos propres images nécessitent un abonnement à partir de $35/mois.

Explorez gratuitement la bibliothèque d’échantillons intégrée, avec tous les outils. Pour ouvrir vos propres images, il faut un abonnement : $35/mois, facturé dès la souscription (PayPal ou carte), annulable à tout moment depuis votre compte. Une facturation annuelle est proposée à $349.99/an, soit environ deux mois offerts.

Partager des lames sans l’étiquette

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