Деидентификация

Как удалить этикетки и данные пациентов из изображений слайдов

Полнослайдовое изображение содержит не только ткань: фотографию этикетки слайда, обзорный снимок, на котором часто тоже видна этикетка, имя файла, в котором может быть номер случая, и метаданные — штрихкоды, даты и сведения о сканере. Прежде чем делиться слайдом, удалите всё это, не затрагивая пиксели, которыми вы хотите поделиться. Ниже — что именно удалять и какие инструменты это делают.

Скачать SlideScopeСравнить инструменты
Этикетка, обзорный снимок, имя файла, метаданныеПиксели не меняютсяНа вашем компьютере

Что позволяет установить личность по файлу слайда

  • Изображение этикетки: сканеры сохраняют фотографию этикетки слайда, часто с именем, номером случая или штрихкодом.
  • Обзорный снимок (макроснимок): изображение всего предметного стекла, на котором обычно видна и этикетка. В некоторых файлах NDPI и Ventana этикетка и обзорный снимок — одно изображение.
  • Имя файла: часто это номер случая или регистрационный номер.
  • Метаданные: расшифрованные штрихкоды, текст этикетки, распознанный сканером, даты и время съёмки, серийный номер сканера и имена пользователей операционной системы.
  • Само изображение: этикетка или надпись от руки, попавшая в область сканирования, — часть пикселей, и никакой инструмент не удалит её без редактирования изображения.

Источник: статья о wsi-anon (PMC10185865); связанные изображения и свойства в OpenSlide.

Инструменты для деидентификации слайдов

ИнструментСтоимостьFormatsЧто делает
SlideScope “Save a Safe Copy”Платно; нужна подпискаSVS, NDPI, BIF, QPTIFF, AVS, OME-TIFF и тайловый TIFF, CZI, однофайловый DICOMУдаляет фотографии этикетки и обзорный снимок и идентифицирующие поля, убирает имя файла, оставляет пиксели байт в байт, затем проверяет копию; отказывается работать с MRXS, SCN, VMS/VMU, VSI
svs-deidentifierБесплатно (MIT)Aperio SVSУдаляет изображения этикетки и макроснимка; режим копирования или изменения; настольное приложение для Windows, Mac и Linux
wsi-anon (EMPAIA)Бесплатно (MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFБиблиотека на C с привязками для Python и JavaScript; для конвейеров обработки
anonymize-slideБесплатно (GPL-2)SVS (только этикетка), NDPI (макроснимок), MRXS (штрихкод)Изменяет файл на месте; Python 2; последнее изменение в 2015 году
Профиль деидентификации DICOMСтандартDICOM WSIBasic Profile плюс опция Clean Pixel Data для впечатанного в изображение текста

Инструменты, изменяющие оригинал на месте, не оставляют вам нетронутой копии, если что-то пойдёт не так: работайте с копией, а оригинал храните под контролем доступа.

Как сохранить деидентифицированную копию в SlideScope

  1. Откройте слайд в SlideScope в Windows или на Mac.
  2. Выберите File › Save a Safe Copy… и укажите, куда сохранить копию.
  3. SlideScope записывает копию без фотографий этикетки и обзорного снимка и без хранящихся в файле идентифицирующих полей, под новым именем, оставляя данные изображения байт в байт такими, какими они были. Затем он независимо проверяет копию; если проверка не пройдена, копия удаляется и ничто не объявляется безопасным.
  4. Просмотрите копию: нет ли чего-нибудь в самой области сканирования, например надписи от руки на стекле, — этого не видит ни один инструмент.

Команда File › Remove Identifying Details from Exports также не допускает исходное имя файла в экспортируемые изображения, а ссылки для общего доступа могут использовать ту же очищенную копию. Безопасные копии доступны по подписке.

Чек-лист перед тем, как поделиться слайдом

  1. Работайте с копией, а не с оригиналом.
  2. Удалите изображение этикетки и обзорный снимок.
  3. Удалите идентифицирующие метаданные: штрихкод, текст этикетки, даты, сведения о сканере и пользователе.
  4. Переименуйте файл, чтобы в имени не было номера случая.
  5. Проверьте саму область сканирования на наличие надписей.
  6. Уточните, чем разрешают делиться ваше учреждение и одобрение этического комитета.

Вопросы о деидентификации

Делает ли удаление изображения этикетки слайд анонимным?

Само по себе — нет. На обзорном снимке (макроснимке) часто тоже видна этикетка, имя файла может содержать номер случая, а в метаданных файла могут быть штрихкод, текст этикетки, даты, серийный номер сканера и имена пользователей. Надписи, попавшие в область сканирования, — часть изображения и остаются в нём.

Можно ли удалить этикетку из слайда MRXS или VSI?

Некоторые инструменты работают с MRXS (wsi-anon удаляет уровень со штрихкодом слайда), но такие многофайловые форматы сложнее надёжно очистить. SlideScope не объявляет копию MRXS, SCN, VMS/VMU или VSI безопасной, вместо того чтобы гадать.

Меняет ли деидентификация пиксели изображения?

Не должна. Безопасная копия SlideScope оставляет данные изображения байт в байт такими, какими они были (ничего не перекодируется), поэтому аннотации и измерения по-прежнему совпадают, и проверяет копию, прежде чем объявить её безопасной.

Достаточно ли деидентификации, чтобы делиться слайдами пациентов?

Это лишь один шаг. Чем и с кем вы можете делиться, определяют ваше учреждение, одобрение этического комитета и правила защиты данных; уточните у них. Эта страница — практическое руководство, а не юридическая консультация.

SlideScope бесплатный?

SlideScope — платное приложение с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты); для собственных изображений нужна подписка от $35/мес.

Изучайте встроенную библиотеку образцов бесплатно, со всеми инструментами. Чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка: $35/мес., оплата при оформлении (PayPal или карта); отменить её можно в любой момент в своей учётной записи. Доступна и годовая оплата — $349.99/год, что даёт примерно два месяца бесплатно.

Делитесь слайдами без этикетки

Попробуйте бесплатно на встроенных образцах, затем сохраняйте безопасные копии собственных слайдов по подписке. Уже решили? Оформить подписку.

Скачать SlideScope