De-identificatie

Zo verwijder je labels en patiëntgegevens uit coupebeelden

Een whole-slide-beeld bevat meer dan het weefsel: een foto van het label van de coupe, een overzichtsfoto waarop het label vaak ook te zien is, een bestandsnaam die het casusnummer kan bevatten, en metadata zoals barcodes, datums en scannergegevens. Verwijder ze allemaal voordat je een coupe deelt, zonder de pixels aan te raken die je wilt delen. Hier lees je wat je moet verwijderen en welke tools dat doen.

SlideScope downloadenVergelijk de tools
Label, overzichtsfoto, bestandsnaam, metadataPixels ongewijzigdGebeurt op je eigen computer

Wat een coupebestand identificeerbaar maakt

  • De labelfoto: scanners bewaren een foto van het label van de coupe, vaak met een naam, casusnummer of barcode.
  • De overzichtsfoto (macro): een afbeelding van het hele glaasje, waarop meestal ook het label staat. Bij sommige NDPI- en Ventana-bestanden zijn label en overzicht één beeld.
  • De bestandsnaam: vaak het casus- of registratienummer.
  • Metadata: gedecodeerde barcodes, labeltekst die de scanner heeft gelezen, acquisitiedatums en -tijden, het serienummer van de scanner en gebruikersnamen van het besturingssysteem.
  • Het beeld zelf: een label of handschrift binnen het gescande gebied hoort bij de pixels, en geen enkele tool verwijdert dat zonder het beeld te bewerken.

Bron: het artikel over wsi-anon (PMC10185865); bijbehorende beelden en eigenschappen in OpenSlide.

Tools die coupes de-identificeren

ToolKostenFormatsWat het doet
SlideScope “Save a Safe Copy”Betaald; vereist een abonnementSVS, NDPI, BIF, QPTIFF, AVS, OME-TIFF en TIFF in tegels, CZI, DICOM in één bestandVerwijdert de label- en overzichtsfoto's en identificerende velden, laat de bestandsnaam weg, laat de pixels byte voor byte intact en controleert daarna de kopie; weigert MRXS, SCN, VMS/VMU, VSI
svs-deidentifierGratis (MIT)Aperio SVSVerwijdert de label- en macrobeelden; kopieer- of wijzigmodus; desktopapp voor Windows, Mac en Linux
wsi-anon (EMPAIA)Gratis (MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFC-bibliotheek met Python- en JavaScript-bindings; voor pipelines
anonymize-slideGratis (GPL-2)SVS (alleen label), NDPI (macro), MRXS (barcode)Bewerkt het bestand rechtstreeks; Python 2; laatst gewijzigd in 2015
DICOM-profiel voor de-identificatieStandaardDICOM WSIBasic Profile plus de optie Clean Pixel Data voor ingebrande tekst

Tools die het origineel rechtstreeks bewerken, laten je geen onaangetaste kopie over als er iets misgaat: werk op een kopie en bewaar het origineel onder de bijbehorende toegangsbeperkingen.

Zo sla je een gede-identificeerde kopie op in SlideScope

  1. Open de coupe in SlideScope op Windows of Mac.
  2. Kies File › Save a Safe Copy… en kies waar je de kopie opslaat.
  3. SlideScope schrijft onder een nieuwe naam een kopie zonder de label- en overzichtsfoto's van de coupe en zonder de identificerende velden in het bestand, waarbij de beelddata byte voor byte blijft zoals die was. Daarna controleert het de kopie onafhankelijk; mislukt de controle, dan wordt de kopie verwijderd en wordt niets veilig genoemd.
  4. Bekijk de kopie op alles binnen het gescande gebied, zoals handschrift op het glas, dat geen enkele tool kan zien.

File › Remove Identifying Details from Exports houdt ook de oorspronkelijke bestandsnaam uit geëxporteerde beelden, en deellinks kunnen dezelfde opgeschoonde kopie gebruiken. Veilige kopieën horen bij een abonnement.

Checklist voordat je een coupe deelt

  1. Werk op een kopie, nooit op het origineel.
  2. Verwijder de labelfoto en de overzichtsfoto.
  3. Verwijder identificerende metadata: barcode, labeltekst, datums, scanner- en gebruikersgegevens.
  4. Geef het bestand een nieuwe naam zodat het geen casusnummer bevat.
  5. Controleer het gescande gebied zelf op tekst.
  6. Ga na wat je instelling en je ethische goedkeuring je toestaan te delen.

Vragen over de-identificatie

Maakt het verwijderen van de labelfoto een coupe anoniem?

Niet op zichzelf. Op de overzichtsfoto (macro) staat het label vaak ook, de bestandsnaam kan het casusnummer bevatten, en de metadata van het bestand kan een barcode, labeltekst, datums, het serienummer van de scanner en gebruikersnamen bevatten. Tekst binnen het gescande gebied hoort bij het beeld en blijft staan.

Kan ik het label verwijderen uit een MRXS- of VSI-coupe?

Sommige tools kunnen MRXS aan (wsi-anon verwijdert het barcodeniveau van de coupe), maar deze formaten met meerdere bestanden zijn lastiger veilig op te schonen. SlideScope weigert een kopie van MRXS, SCN, VMS/VMU of VSI veilig te noemen in plaats van te gokken.

Verandert de-identificatie de pixels van het beeld?

Dat hoort niet. De veilige kopie van SlideScope laat de beelddata byte voor byte zoals die was (er wordt niets opnieuw gecodeerd), zodat annotaties en metingen nog steeds kloppen, en controleert de kopie voordat die veilig wordt genoemd.

Is de-identificatie genoeg om coupes van patiënten te delen?

Het is één stap. Wat je mag delen, en met wie, wordt bepaald door je instelling, je ethische goedkeuring en de regels voor gegevensbescherming; overleg met hen. Deze pagina is praktische hulp, geen juridisch advies.

Is SlideScope gratis?

SlideScope is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool); voor je eigen beelden heb je een abonnement nodig vanaf $35/maand.

Verken de ingebouwde voorbeeldbibliotheek gratis, met elke tool. Voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig: $35/maand, gefactureerd wanneer je je abonneert (PayPal of kaart), en je kunt altijd opzeggen vanuit je account. Jaarlijkse facturering is beschikbaar voor $349.99/jaar, wat neerkomt op ongeveer twee maanden gratis.

Coupes delen zonder het label

Probeer het gratis op de ingebouwde voorbeelden en sla daarna met een abonnement veilige kopieën van je eigen coupes op. Al besloten? Nu abonneren.

SlideScope downloaden