去标识化

如何从切片图像中移除标签和患者数据

全切片图像包含的不只是组织:还有切片标签的照片、往往也拍到标签的概览照片、可能含有病例号的文件名,以及条形码、日期和扫描仪信息等元数据。在分享切片之前,请将它们全部移除,同时不改动您想分享的像素。下面介绍需要移除哪些内容,以及能完成这项工作的工具。

标签、概览图、文件名、元数据像素保持不变在您的电脑上完成

切片文件中哪些内容可识别身份

  • 标签图像:扫描仪会保存一张切片标签的照片,上面往往有姓名、病例号或条形码。
  • 概览(宏观)照片:整张玻片的照片,通常也会拍到标签。在某些 NDPI 和 Ventana 文件中,标签和概览是同一幅图像。
  • 文件名:往往就是病例号或登记号。
  • 元数据:解码后的条形码、扫描仪读取的标签文字、采集日期和时间、扫描仪序列号以及操作系统用户名。
  • 图像本身:落在扫描区域内的标签或手写字迹属于像素的一部分,任何工具都无法在不编辑图像的情况下将其移除。

来源:wsi-anon 论文(PMC10185865);OpenSlide 关联图像和属性。

可对切片去标识化的工具

工具费用Formats作用
SlideScope “Save a Safe Copy”付费;需要订阅SVS、NDPI、BIF、QPTIFF、AVS、OME-TIFF 和分块 TIFF、CZI、单文件 DICOM移除标签和概览照片以及身份识别字段,去掉文件名,像素逐字节保持不变,然后检查副本;拒绝处理 MRXS、SCN、VMS/VMU、VSI
svs-deidentifier免费(MIT)Aperio SVS去除标签图和宏观图;支持复制或修改模式;提供 Windows、Mac 和 Linux 桌面应用
wsi-anon(EMPAIA)免费(MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFC 语言库,带 Python 和 JavaScript 绑定;适用于处理流程
anonymize-slide免费(GPL-2)SVS(仅标签)、NDPI(宏观图)、MRXS(条形码)直接修改原文件;Python 2;最后更新于 2015 年
DICOM 去标识化配置文件标准DICOM WSIBasic Profile 加上用于处理烧录文字的 Clean Pixel Data 选项

直接修改原文件的工具一旦出错,您就没有未改动的副本可用:请在副本上操作,并将原文件保存在其访问控制之下。

如何在 SlideScope 中保存去标识化副本

  1. 在 Windows 或 Mac 上用 SlideScope 打开切片。
  2. 选择 File › Save a Safe Copy…,并选择保存位置。
  3. SlideScope 会以新文件名写出一个副本,其中不含切片标签和概览照片,也不含文件中存储的身份识别字段,图像数据则逐字节保持原样。随后它会独立检查该副本;如果检查未通过,副本会被删除,也不会将任何内容标为安全。
  4. 检查副本中扫描区域内是否有任何内容,例如玻片上的手写字迹,这是任何工具都无法识别的。

File › Remove Identifying Details from Exports 还能让导出的图像不带原始文件名,分享链接也可以使用同一个干净的副本。安全副本功能包含在订阅中。

分享切片前的检查清单

  1. 在副本上操作,绝不改动原文件。
  2. 移除标签图像和概览照片。
  3. 移除身份识别元数据:条形码、标签文字、日期、扫描仪和用户信息。
  4. 重命名文件,使其不含病例号。
  5. 检查扫描区域本身是否有字迹。
  6. 确认您所在机构和伦理审批允许您分享哪些内容。

去标识化常见问题

移除标签图像就能让切片匿名吗?

仅此一项还不够。概览(宏观)照片往往也会拍到标签,文件名可能含有病例号,文件的元数据中也可能包含条形码、标签文字、日期、扫描仪序列号和用户名。落在扫描区域内的字迹属于图像的一部分,会保留下来。

可以从 MRXS 或 VSI 切片中移除标签吗?

有些工具可以处理 MRXS(wsi-anon 会移除切片条形码层级),但这类多文件格式更难安全地清理。SlideScope 不会靠猜测行事,而是拒绝将 MRXS、SCN、VMS/VMU 或 VSI 的副本标为安全。

去标识化会改变图像像素吗?

不应该改变。SlideScope 的安全副本让图像数据逐字节保持原样(不重新编码),因此标注和测量仍能对齐;在将副本标为安全之前,它还会对副本进行验证。

去标识化足以分享患者切片吗?

它只是其中一步。您可以分享哪些内容、与谁分享,由您所在机构、伦理审批和数据保护规定决定;请向他们确认。本页面是实用指导,不构成法律建议。

SlideScope 免费吗?

SlideScope 是一款付费应用,附带免费示例库(包含所有工具);打开您自己的图像需要订阅,$35/月起。

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分享不带标签的切片

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