Deidentificazione

Come rimuovere etichette e dati del paziente dalle immagini dei vetrini

Un’immagine whole slide contiene più del tessuto: una foto dell’etichetta del vetrino, una foto panoramica che spesso mostra anch’essa l’etichetta, un nome file che può contenere il numero del caso e metadati come codici a barre, date e dettagli dello scanner. Prima di condividere un vetrino, rimuovili tutti, senza toccare i pixel che vuoi condividere. Ecco che cosa rimuovere e gli strumenti che lo fanno.

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Etichetta, panoramica, nome file, metadatiPixel invariatiTutto sul tuo computer

Che cosa identifica un file di vetrino

  • L’immagine dell’etichetta: gli scanner memorizzano una foto dell’etichetta del vetrino, spesso con un nome, un numero di caso o un codice a barre.
  • La foto panoramica (macro): un’immagine dell’intero vetrino, che di solito mostra anche l’etichetta. In alcuni file NDPI e Ventana etichetta e panoramica sono un’unica immagine.
  • Il nome file: spesso è il numero del caso o di accettazione.
  • I metadati: codici a barre decodificati, testo dell’etichetta letto dallo scanner, date e ore di acquisizione, numero di serie dello scanner e nomi utente del sistema operativo.
  • L’immagine stessa: un’etichetta o una scritta a mano finita all’interno dell’area scansionata fa parte dei pixel, e nessuno strumento la rimuove senza modificare l’immagine.

Fonte: l’articolo su wsi-anon (PMC10185865); immagini associate e proprietà in OpenSlide.

Strumenti che deidentificano i vetrini

StrumentoCostoFormatsChe cosa fa
SlideScope “Save a Safe Copy”A pagamento; richiede un abbonamentoSVS, NDPI, BIF, QPTIFF, AVS, OME-TIFF e TIFF a tessere, CZI, DICOM a file singoloRimuove le foto dell’etichetta e della panoramica e i campi identificativi, elimina il nome file, lascia i pixel identici byte per byte, poi verifica la copia; rifiuta MRXS, SCN, VMS/VMU, VSI
svs-deidentifierGratuito (MIT)Aperio SVSRimuove le immagini dell’etichetta e macro; modalità copia o modifica; app desktop per Windows, Mac e Linux
wsi-anon (EMPAIA)Gratuito (MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFLibreria C con binding Python e JavaScript; per pipeline
anonymize-slideGratuito (GPL-2)SVS (solo etichetta), NDPI (macro), MRXS (codice a barre)Modifica il file sul posto; Python 2; ultima modifica nel 2015
Profilo di deidentificazione DICOMStandardDICOM WSIBasic Profile più l’opzione Clean Pixel Data per il testo impresso nell’immagine

Gli strumenti che modificano l’originale sul posto non ti lasciano una copia intatta se qualcosa va storto: lavora su una copia e mantieni l’originale sotto i suoi controlli di accesso.

Come salvare una copia deidentificata in SlideScope

  1. Apri il vetrino in SlideScope su Windows o Mac.
  2. Scegli File › Save a Safe Copy… e indica dove salvarla.
  3. SlideScope scrive una copia senza le foto dell’etichetta e della panoramica e senza i campi identificativi memorizzati nel file, con un nuovo nome e con i dati dell’immagine lasciati identici byte per byte. Poi verifica la copia in modo indipendente; se la verifica non va a buon fine, la copia viene eliminata e nulla viene dichiarato sicuro.
  4. Controlla nella copia se c’è qualcosa all’interno dell’area scansionata, come scritte a mano sul vetrino, che nessuno strumento è in grado di vedere.

File › Remove Identifying Details from Exports esclude anche il nome file originale dalle immagini esportate, e i link di condivisione possono usare la stessa copia ripulita. Le copie sicure sono incluse nell’abbonamento.

Checklist prima di condividere un vetrino

  1. Lavora su una copia, mai sull’originale.
  2. Rimuovi l’immagine dell’etichetta e la foto panoramica.
  3. Rimuovi i metadati identificativi: codice a barre, testo dell’etichetta, date, dettagli dello scanner e dell’utente.
  4. Rinomina il file in modo che non contenga un numero di caso.
  5. Controlla l’area scansionata stessa per eventuali scritte.
  6. Verifica che cosa ti consentono di condividere il tuo istituto e l’approvazione del comitato etico.

Domande sulla deidentificazione

Rimuovere l’immagine dell’etichetta rende anonimo un vetrino?

Da sola no. La foto panoramica (macro) spesso mostra anche l’etichetta, il nome file può contenere il numero del caso e i metadati del file possono includere un codice a barre, il testo dell’etichetta, date, il numero di serie dello scanner e nomi utente. Le scritte finite all’interno dell’area scansionata fanno parte dell’immagine e restano.

Posso rimuovere l’etichetta da un vetrino MRXS o VSI?

Alcuni strumenti gestiscono MRXS (wsi-anon rimuove il livello del codice a barre del vetrino), ma questi formati multi-file sono più difficili da ripulire in modo sicuro. SlideScope si rifiuta di dichiarare sicura una copia MRXS, SCN, VMS/VMU o VSI piuttosto che tirare a indovinare.

La deidentificazione modifica i pixel dell’immagine?

Non dovrebbe. La copia sicura di SlideScope lascia i dati dell’immagine identici byte per byte (nulla viene ricodificato), quindi annotazioni e misure restano allineate, e verifica la copia prima di dichiararla sicura.

La deidentificazione basta per condividere vetrini di pazienti?

È un passaggio. Che cosa puoi condividere, e con chi, lo stabiliscono il tuo istituto, l’approvazione del comitato etico e le norme sulla protezione dei dati; verifica con loro. Questa pagina è una guida pratica, non una consulenza legale.

SlideScope è gratuito?

SlideScope è un’app a pagamento con una libreria di campioni gratuita (tutti gli strumenti); per le tue immagini serve un abbonamento da $35/mese.

Esplora gratis la libreria di campioni inclusa, con tutti gli strumenti. Per aprire le tue immagini serve un abbonamento: $35/mese, addebitato al momento dell’abbonamento (PayPal o carta), e puoi annullarlo quando vuoi dal tuo account. È disponibile la fatturazione annuale a $349.99/anno, che equivale a circa due mesi gratis.

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