Desidentificação

Como remover etiquetas e dados de doentes de imagens de lâminas

Uma imagem de lâmina inteira contém mais do que o tecido: uma fotografia da etiqueta da lâmina, uma fotografia de conjunto que muitas vezes também mostra a etiqueta, um nome de ficheiro que pode conter o número do caso e metadados como códigos de barras, datas e dados do digitalizador. Antes de partilhar uma lâmina, remova tudo isto, sem tocar nos píxeis que quer partilhar. Eis o que remover e as ferramentas que o fazem.

Etiqueta, fotografia de conjunto, nome do ficheiro, metadadosPíxeis inalteradosFeito no seu computador

O que identifica um ficheiro de lâmina

  • A imagem da etiqueta: os digitalizadores guardam uma fotografia da etiqueta da lâmina, muitas vezes com um nome, um número de caso ou um código de barras.
  • A fotografia de conjunto (macro): uma imagem da lâmina de vidro inteira, que normalmente também mostra a etiqueta. Em alguns ficheiros NDPI e Ventana, a etiqueta e a fotografia de conjunto são uma só imagem.
  • O nome do ficheiro: muitas vezes o número do caso ou de registo.
  • Metadados: códigos de barras descodificados, texto da etiqueta lido pelo digitalizador, datas e horas de aquisição, o número de série do digitalizador e nomes de utilizador do sistema operativo.
  • A própria imagem: uma etiqueta ou texto manuscrito apanhado dentro da área digitalizada faz parte dos píxeis, e nenhuma ferramenta o remove sem editar a imagem.

Fonte: o artigo do wsi-anon (PMC10185865); imagens associadas e propriedades no OpenSlide.

Ferramentas que desidentificam lâminas

FerramentaCustoFormatsO que faz
SlideScope “Save a Safe Copy”Pago; requer uma subscriçãoSVS, NDPI, BIF, QPTIFF, AVS, OME-TIFF e TIFF em mosaicos, CZI, DICOM de ficheiro únicoRemove as fotografias da etiqueta e de conjunto e os campos identificativos, descarta o nome do ficheiro, deixa os píxeis byte a byte iguais e depois verifica a cópia; recusa MRXS, SCN, VMS/VMU, VSI
svs-deidentifierGratuito (MIT)Aperio SVSRemove as imagens da etiqueta e macro; modo de cópia ou de modificação; aplicação para computador para Windows, Mac e Linux
wsi-anon (EMPAIA)Gratuito (MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFBiblioteca em C com interfaces para Python e JavaScript; para pipelines
anonymize-slideGratuito (GPL-2)SVS (só a etiqueta), NDPI (macro), MRXS (código de barras)Edita o ficheiro original diretamente; Python 2; última alteração em 2015
Perfil de desidentificação DICOMNormaDICOM WSIBasic Profile mais a opção Clean Pixel Data para texto gravado na imagem

As ferramentas que editam o original diretamente não lhe deixam nenhuma cópia intacta se algo correr mal: trabalhe numa cópia e mantenha o original sob os respetivos controlos de acesso.

Como guardar uma cópia desidentificada no SlideScope

  1. Abra a lâmina no SlideScope, no Windows ou no Mac.
  2. Escolha File › Save a Safe Copy… e selecione onde a guardar.
  3. O SlideScope escreve uma cópia sem as fotografias da etiqueta e de conjunto e sem os campos identificativos guardados no ficheiro, com um novo nome, deixando os dados de imagem byte a byte como estavam. Depois verifica a cópia de forma independente; se a verificação falhar, a cópia é eliminada e nada é considerado seguro.
  4. Reveja a cópia à procura de algo dentro da área digitalizada, como texto manuscrito no vidro, que nenhuma ferramenta consegue ver.

File › Remove Identifying Details from Exports também mantém o nome original do ficheiro fora das imagens exportadas, e as ligações de partilha podem usar a mesma cópia limpa. As cópias seguras estão incluídas na subscrição.

Lista de verificação antes de partilhar uma lâmina

  1. Trabalhe numa cópia, nunca no original.
  2. Remova a imagem da etiqueta e a fotografia de conjunto.
  3. Remova os metadados identificativos: código de barras, texto da etiqueta, datas, dados do digitalizador e do utilizador.
  4. Mude o nome do ficheiro para que não contenha um número de caso.
  5. Verifique se há texto escrito na própria área digitalizada.
  6. Confirme o que a sua instituição e a aprovação ética lhe permitem partilhar.

Perguntas sobre desidentificação

Remover a imagem da etiqueta torna uma lâmina anónima?

Por si só, não. A fotografia de conjunto (macro) mostra muitas vezes também a etiqueta, o nome do ficheiro pode conter o número do caso e os metadados do ficheiro podem incluir um código de barras, texto da etiqueta, datas, o número de série do digitalizador e nomes de utilizador. O texto apanhado dentro da área digitalizada faz parte da imagem e permanece.

Posso remover a etiqueta de uma lâmina MRXS ou VSI?

Algumas ferramentas tratam MRXS (o wsi-anon remove o nível do código de barras da lâmina), mas estes formatos com vários ficheiros são mais difíceis de limpar com segurança. O SlideScope recusa-se a considerar segura uma cópia MRXS, SCN, VMS/VMU ou VSI, em vez de adivinhar.

A desidentificação altera os píxeis da imagem?

Não deveria. A cópia segura do SlideScope deixa os dados de imagem byte a byte como estavam (nada é recodificado), por isso as anotações e as medições continuam alinhadas, e verifica a cópia antes de a considerar segura.

A desidentificação é suficiente para partilhar lâminas de doentes?

É um passo. O que pode partilhar, e com quem, é definido pela sua instituição, pela aprovação ética e pelas regras de proteção de dados; confirme junto deles. Esta página é uma orientação prática, não aconselhamento jurídico.

O SlideScope é gratuito?

O SlideScope é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas); as suas próprias imagens precisam de uma subscrição a partir de $35/mês.

Explore gratuitamente a biblioteca de amostras incluída, com todas as ferramentas. Para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição: $35/mês, cobrada no momento em que subscreve (PayPal ou cartão), e pode cancelar quando quiser na sua conta. Existe faturação anual por $349.99/ano, o que equivale a cerca de dois meses grátis.

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