Desidentificação

Como remover etiquetas e dados de pacientes de imagens de lâminas

Uma imagem de lâmina inteira carrega mais do que o tecido: uma foto da etiqueta da lâmina, uma foto panorâmica que muitas vezes também mostra a etiqueta, um nome de arquivo que pode conter o número do caso e metadados como códigos de barras, datas e detalhes do scanner. Antes de compartilhar uma lâmina, remova tudo isso, sem mexer nos pixels que você quer compartilhar. Veja aqui o que remover e as ferramentas que fazem isso.

Baixar o SlideScopeCompare as ferramentas
Etiqueta, foto panorâmica, nome do arquivo, metadadosPixels inalteradosFeito no seu computador

O que identifica um arquivo de lâmina

  • A imagem da etiqueta: os scanners guardam uma foto da etiqueta da lâmina, muitas vezes com um nome, um número de caso ou um código de barras.
  • A foto panorâmica (macro): uma imagem da lâmina de vidro inteira, que normalmente também mostra a etiqueta. Em alguns arquivos NDPI e Ventana, a etiqueta e a foto panorâmica são uma única imagem.
  • O nome do arquivo: muitas vezes é o número do caso ou de registro.
  • Metadados: códigos de barras decodificados, texto da etiqueta lido pelo scanner, datas e horários de aquisição, o número de série do scanner e nomes de usuário do sistema operacional.
  • A própria imagem: uma etiqueta ou uma anotação à mão capturada dentro da área digitalizada faz parte dos pixels, e nenhuma ferramenta a remove sem editar a imagem.

Fontes: o artigo do wsi-anon (PMC10185865); imagens associadas e propriedades do OpenSlide.

Ferramentas que desidentificam lâminas

FerramentaCustoFormatsO que faz
SlideScope “Save a Safe Copy”Pago; exige uma assinaturaSVS, NDPI, BIF, QPTIFF, AVS, OME-TIFF e TIFF em blocos, CZI, DICOM de arquivo únicoRemove as fotos da etiqueta e panorâmica e os campos identificadores, descarta o nome do arquivo, mantém os pixels idênticos byte a byte e depois verifica a cópia; recusa MRXS, SCN, VMS/VMU e VSI
svs-deidentifierGratuito (MIT)Aperio SVSRemove as imagens da etiqueta e macro; modo de cópia ou de modificação; aplicativo para desktop para Windows, Mac e Linux
wsi-anon (EMPAIA)Gratuito (MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFBiblioteca em C com bindings para Python e JavaScript; para pipelines
anonymize-slideGratuito (GPL-2)SVS (só a etiqueta), NDPI (macro), MRXS (código de barras)Edita o próprio arquivo original; Python 2; última alteração em 2015
Perfil de desidentificação DICOMPadrãoDICOM WSIBasic Profile mais a opção Clean Pixel Data para texto gravado na imagem

Ferramentas que editam o próprio original não deixam nenhuma cópia intacta se algo der errado: trabalhe em uma cópia e mantenha o original sob os seus controles de acesso.

Como salvar uma cópia desidentificada no SlideScope

  1. Abra a lâmina no SlideScope, no Windows ou no Mac.
  2. Escolha File › Save a Safe Copy… e selecione onde salvar.
  3. O SlideScope grava, com um novo nome, uma cópia sem as fotos da etiqueta e panorâmica da lâmina e sem os campos identificadores armazenados no arquivo, com os dados da imagem mantidos byte a byte como estavam. Em seguida, ele verifica a cópia de forma independente; se a verificação falhar, a cópia é excluída e nada é considerado seguro.
  4. Examine a cópia em busca de qualquer coisa dentro da área digitalizada, como escrita à mão no vidro, que nenhuma ferramenta consegue ver.

File › Remove Identifying Details from Exports também mantém o nome original do arquivo fora das imagens exportadas, e os links de compartilhamento podem usar a mesma cópia limpa. As cópias seguras vêm com uma assinatura.

Checklist antes de compartilhar uma lâmina

  1. Trabalhe em uma cópia, nunca no original.
  2. Remova a imagem da etiqueta e a foto panorâmica.
  3. Remova os metadados identificadores: código de barras, texto da etiqueta, datas, detalhes do scanner e do usuário.
  4. Renomeie o arquivo para que ele não carregue um número de caso.
  5. Verifique se há escrita na própria área digitalizada.
  6. Confirme o que a sua instituição e a aprovação do comitê de ética permitem compartilhar.

Perguntas sobre desidentificação

Remover a imagem da etiqueta torna uma lâmina anônima?

Não sozinho. A foto panorâmica (macro) muitas vezes também mostra a etiqueta, o nome do arquivo pode conter o número do caso, e os metadados do arquivo podem guardar um código de barras, o texto da etiqueta, datas, o número de série do scanner e nomes de usuário. Uma escrita capturada dentro da área digitalizada faz parte da imagem e permanece.

Posso remover a etiqueta de uma lâmina MRXS ou VSI?

Algumas ferramentas lidam com MRXS (o wsi-anon remove o nível do código de barras da lâmina), mas esses formatos de vários arquivos são mais difíceis de limpar com segurança. Em vez de arriscar, o SlideScope se recusa a considerar segura uma cópia MRXS, SCN, VMS/VMU ou VSI.

A desidentificação altera os pixels da imagem?

Não deveria. A cópia segura do SlideScope mantém os dados da imagem byte a byte como estavam (nada é recodificado), então as anotações e medições continuam alinhadas, e ele verifica a cópia antes de considerá-la segura.

A desidentificação basta para compartilhar lâminas de pacientes?

É uma etapa. O que você pode compartilhar, e com quem, é definido pela sua instituição, pela aprovação do comitê de ética e pelas regras de proteção de dados; consulte-os. Esta página traz orientações práticas, não aconselhamento jurídico.

O SlideScope é gratuito?

O SlideScope é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas); suas próprias imagens exigem uma assinatura a partir de $35/mês.

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