Deidentyfikacja

Jak usunąć etykiety i dane pacjenta z obrazów preparatów

Obraz całego preparatu zawiera więcej niż tkankę: zdjęcie etykiety szkiełka, zdjęcie poglądowe, na którym często też widać etykietę, nazwę pliku, w której może być numer przypadku, oraz metadane, takie jak kody kreskowe, daty i dane skanera. Przed udostępnieniem preparatu usuń je wszystkie, nie naruszając pikseli, które chcesz udostępnić. Oto co trzeba usunąć i narzędzia, które to robią.

Pobierz SlideScopePorównaj narzędzia
Etykieta, zdjęcie poglądowe, nazwa pliku, metadanePiksele bez zmianNa Twoim komputerze

Co identyfikuje plik preparatu

  • Obraz etykiety: skanery zapisują zdjęcie etykiety szkiełka, często z nazwiskiem, numerem przypadku lub kodem kreskowym.
  • Zdjęcie poglądowe (makro): obraz całego szkiełka, na którym zwykle widać także etykietę. W niektórych plikach NDPI i Ventana etykieta i zdjęcie poglądowe to jeden obraz.
  • Nazwa pliku: często numer przypadku lub numer ewidencyjny.
  • Metadane: odczytane kody kreskowe, tekst etykiety odczytany przez skaner, daty i godziny akwizycji, numer seryjny skanera i nazwy użytkowników systemu operacyjnego.
  • Sam obraz: etykieta lub odręczny napis, które znalazły się w skanowanym obszarze, są częścią pikseli i żadne narzędzie nie usunie ich bez edycji obrazu.

Źródło: publikacja o wsi-anon (PMC10185865); obrazy powiązane i właściwości w OpenSlide.

Narzędzia do deidentyfikacji preparatów

NarzędzieKosztFormatsCo robi
SlideScope “Save a Safe Copy”Płatny; wymaga subskrypcjiSVS, NDPI, BIF, QPTIFF, AVS, OME-TIFF i kafelkowy TIFF, CZI, jednoplikowy DICOMUsuwa zdjęcia etykiety i poglądowe oraz pola identyfikujące, pomija nazwę pliku, pozostawia piksele bajt w bajt, a następnie sprawdza kopię; odmawia dla MRXS, SCN, VMS/VMU, VSI
svs-deidentifierBezpłatny (MIT)Aperio SVSUsuwa obrazy etykiety i makro; tryb kopii lub modyfikacji; aplikacja desktopowa na Windows, Maca i Linuksa
wsi-anon (EMPAIA)Bezpłatny (MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFBiblioteka C z powiązaniami dla Pythona i JavaScriptu; do potoków przetwarzania
anonymize-slideBezpłatny (GPL-2)SVS (tylko etykieta), NDPI (makro), MRXS (kod kreskowy)Edytuje plik w miejscu; Python 2; ostatnia zmiana w 2015 roku
Profil deidentyfikacji DICOMStandardDICOM WSIBasic Profile oraz opcja Clean Pixel Data dla tekstu wtopionego w obraz

Narzędzia, które edytują oryginał w miejscu, nie zostawiają nienaruszonej kopii, jeśli coś pójdzie nie tak: pracuj na kopii, a oryginał trzymaj w miejscu objętym kontrolą dostępu.

Jak zapisać zdeidentyfikowaną kopię w SlideScope

  1. Otwórz preparat w SlideScope na Windows lub Macu.
  2. Wybierz File › Save a Safe Copy… i wskaż miejsce zapisu.
  3. SlideScope zapisuje kopię bez zdjęć etykiety i poglądowego oraz bez pól identyfikujących zapisanych w pliku, pod nową nazwą, a dane obrazu pozostają bajt w bajt takie same. Następnie niezależnie sprawdza kopię; jeśli kontrola się nie powiedzie, kopia jest usuwana i nic nie zostaje uznane za bezpieczne.
  4. Przejrzyj kopię pod kątem wszystkiego, co znajduje się w skanowanym obszarze, na przykład odręcznego pisma na szkiełku, którego żadne narzędzie nie widzi.

File › Remove Identifying Details from Exports również usuwa oryginalną nazwę pliku z eksportowanych obrazów, a linki do udostępniania mogą korzystać z tej samej oczyszczonej kopii. Bezpieczne kopie są dostępne w ramach subskrypcji.

Lista kontrolna przed udostępnieniem preparatu

  1. Pracuj na kopii, nigdy na oryginale.
  2. Usuń obraz etykiety i zdjęcie poglądowe.
  3. Usuń metadane identyfikujące: kod kreskowy, tekst etykiety, daty, dane skanera i użytkownika.
  4. Zmień nazwę pliku, aby nie zawierała numeru przypadku.
  5. Sprawdź, czy w samym skanowanym obszarze nie ma napisów.
  6. Potwierdź, co możesz udostępnić zgodnie z zasadami swojej instytucji i zgodą komisji bioetycznej.

Pytania o deidentyfikację

Czy usunięcie obrazu etykiety czyni preparat anonimowym?

Samo w sobie nie. Na zdjęciu poglądowym (makro) często też widać etykietę, nazwa pliku może zawierać numer przypadku, a metadane pliku mogą przechowywać kod kreskowy, tekst etykiety, daty, numer seryjny skanera i nazwy użytkowników. Napisy, które znalazły się w skanowanym obszarze, są częścią obrazu i pozostają.

Czy mogę usunąć etykietę z preparatu MRXS lub VSI?

Niektóre narzędzia obsługują MRXS (wsi-anon usuwa poziom z kodem kreskowym preparatu), ale te wieloplikowe formaty trudniej bezpiecznie oczyścić. SlideScope nie uzna kopii MRXS, SCN, VMS/VMU ani VSI za bezpieczną, zamiast zgadywać.

Czy deidentyfikacja zmienia piksele obrazu?

Nie powinna. Bezpieczna kopia SlideScope pozostawia dane obrazu bajt w bajt takie same (nic nie jest ponownie kodowane), więc adnotacje i pomiary nadal się pokrywają, a przed uznaniem kopii za bezpieczną SlideScope ją weryfikuje.

Czy deidentyfikacja wystarczy, aby udostępniać preparaty pacjentów?

To jeden krok. To, co i komu możesz udostępnić, określają Twoja instytucja, zgoda komisji bioetycznej i przepisy o ochronie danych; skonsultuj się z nimi. Ta strona zawiera praktyczne wskazówki, a nie poradę prawną.

Czy SlideScope jest bezpłatny?

SlideScope to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia); własne obrazy wymagają subskrypcji od $35/miesiąc.

Przeglądaj bezpłatnie wbudowaną bibliotekę przykładów, ze wszystkimi narzędziami. Do otwierania własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja: $35/miesiąc, płatne w chwili jej wykupienia (PayPal lub karta), a anulujesz ją w dowolnym momencie na swoim koncie. Dostępne jest rozliczenie roczne za $349.99/rok, co daje około dwóch miesięcy gratis.

Udostępniaj preparaty bez etykiety

Wypróbuj za darmo na wbudowanych przykładach, a potem z subskrypcją zapisuj bezpieczne kopie własnych preparatów. Już zdecydowane? Subskrybuj teraz.

Pobierz SlideScope