去識別化

如何從切片影像中移除標籤與病患資料

全玻片影像所包含的不只是組織:還有玻片標籤的照片、通常也會拍到標籤的概覽照片、可能含有病例編號的檔名,以及條碼、日期與掃描器詳細資料等中繼資料。分享切片前,請將這些全部移除,同時不更動您想分享的像素。以下說明需要移除的內容,以及能完成這項工作的工具。

標籤、概覽照片、檔名、中繼資料像素保持不變在您的電腦上完成

切片檔案中哪些內容可識別身分

  • 標籤影像:掃描器會儲存玻片標籤的照片,上面常有姓名、病例編號或條碼。
  • 概覽(巨觀)照片:整片玻片的照片,通常也會拍到標籤。在部分 NDPI 與 Ventana 檔案中,標籤與概覽是同一張影像。
  • 檔名:通常是病例編號或登錄號。
  • 中繼資料:解碼後的條碼、掃描器讀取的標籤文字、擷取日期與時間、掃描器序號,以及作業系統使用者名稱。
  • 影像本身:掃描區域內拍到的標籤或手寫字跡屬於像素的一部分,任何工具都無法在不編輯影像的情況下將其移除。

資料來源:wsi-anon 論文(PMC10185865);OpenSlide 的關聯影像與屬性。

可對切片去識別化的工具

工具費用Formats用途
SlideScope「Save a Safe Copy」付費;需要訂閱SVS、NDPI、BIF、QPTIFF、AVS、OME-TIFF 與圖塊式 TIFF、CZI、單一檔案 DICOM移除標籤與概覽照片及可識別身分的欄位、捨棄原檔名、像素逐位元組保持不變,然後檢查副本;拒絕處理 MRXS、SCN、VMS/VMU、VSI
svs-deidentifier免費(MIT)Aperio SVS移除標籤與巨觀影像;提供複製或修改模式;適用於 Windows、Mac 與 Linux 的桌面應用程式
wsi-anon(EMPAIA)免費(MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFC 函式庫,提供 Python 與 JavaScript 繫結;適用於處理流程
anonymize-slide免費(GPL-2)SVS(僅標籤)、NDPI(巨觀影像)、MRXS(條碼)直接修改原檔;Python 2;最後更新於 2015 年
DICOM 去識別化設定檔標準DICOM WSIBasic Profile,加上處理燒入文字的 Clean Pixel Data 選項

直接修改原檔的工具,一旦出錯就不會留下未經更動的副本:請在副本上作業,並讓原始檔案維持在其存取控管之下。

如何在 SlideScope 中儲存去識別化副本

  1. 在 Windows 或 Mac 上以 SlideScope 開啟切片。
  2. 選擇 File › Save a Safe Copy…,並選擇儲存位置。
  3. SlideScope 會以新名稱寫出一份副本,其中不含玻片標籤與概覽照片,也不含檔案中儲存的可識別身分欄位,影像資料則逐位元組保持原樣。接著它會獨立檢查這份副本;如果檢查未通過,副本會被刪除,也不會將任何檔案標示為安全。
  4. 檢查副本的掃描區域內是否有任何內容,例如玻片上的手寫字跡,這是任何工具都看不到的。

File › Remove Identifying Details from Exports 也會讓匯出的影像不帶原始檔名,分享連結也可使用同一份乾淨的副本。安全副本功能需要訂閱。

分享切片前的檢查清單

  1. 在副本上作業,絕不要動到原始檔案。
  2. 移除標籤影像與概覽照片。
  3. 移除可識別身分的中繼資料:條碼、標籤文字、日期、掃描器與使用者詳細資料。
  4. 重新命名檔案,讓檔名不含病例編號。
  5. 檢查掃描區域本身是否有字跡。
  6. 確認您的機構與倫理審查核准允許您分享哪些內容。

去識別化常見問題

移除標籤影像就能讓切片匿名嗎?

單靠這一步並不夠。概覽(巨觀)照片通常也會拍到標籤,檔名可能含有病例編號,而檔案的中繼資料可能包含條碼、標籤文字、日期、掃描器序號與使用者名稱。掃描區域內拍到的字跡屬於影像的一部分,會被保留下來。

我可以從 MRXS 或 VSI 切片中移除標籤嗎?

部分工具可處理 MRXS(wsi-anon 會移除玻片條碼層級),但這些多檔案格式較難安全地清理。SlideScope 不會用猜測的方式處理,而是拒絕將 MRXS、SCN、VMS/VMU 或 VSI 副本標示為安全。

去識別化會改變影像像素嗎?

不應該改變。SlideScope 的安全副本會讓影像資料逐位元組保持原樣(不會重新編碼),因此標註與量測仍能對齊,而且它會先驗證副本,才將其標示為安全。

去識別化就足以分享病患切片了嗎?

這只是其中一個步驟。您可以分享哪些內容、可以與誰分享,取決於您的機構、倫理審查核准與資料保護規定;請向相關單位確認。本頁提供的是實務指引,而非法律建議。

SlideScope 是免費的嗎?

SlideScope 是一款付費應用程式,附有免費範例庫(所有工具皆可使用);開啟您自己的影像需要訂閱,每月 $35 起。

免費探索內建範例庫,所有工具皆可使用。開啟您自己的影像需要訂閱:每月 $35,訂閱時即收費(PayPal 或信用卡),並可隨時在帳戶中取消。另提供年繳方案,每年 $349.99,約等於免費兩個月。

分享不含標籤的切片

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