Deidentifikace

Jak odstranit štítky a údaje o pacientech ze snímků preparátů

Celoplošný snímek nese víc než jen tkáň: fotografii štítku preparátu, přehledovou fotografii, na které bývá štítek často také, název souboru, který může obsahovat číslo případu, a metadata, jako jsou čárové kódy, data a údaje o skeneru. Než preparát nasdílíte, odstraňte všechno z toho, aniž byste změnili pixely, které chcete sdílet. Zde je, co odstranit, a nástroje, které to umí.

Stáhnout SlideScopePorovnejte nástroje
Štítek, přehled, název souboru, metadataPixely beze změnyProbíhá ve vašem počítači

Co identifikuje soubor preparátu

  • Snímek štítku: skenery ukládají fotografii štítku preparátu, často se jménem, číslem případu nebo čárovým kódem.
  • Přehledová fotografie (makrosnímek): obrázek celého podložního skla, na kterém je obvykle vidět i štítek. U některých souborů NDPI a Ventana jsou štítek a přehled jeden obraz.
  • Název souboru: často číslo případu nebo přírůstkové číslo.
  • Metadata: dekódované čárové kódy, text štítku přečtený skenerem, data a časy akvizice, sériové číslo skeneru a uživatelská jména operačního systému.
  • Samotný obraz: štítek nebo ručně psaný text zachycený uvnitř naskenované oblasti je součástí pixelů a žádný nástroj ho neodstraní bez úpravy obrazu.

Zdroj: článek o wsi-anon (PMC10185865); přidružené obrazy a vlastnosti v OpenSlide.

Nástroje pro deidentifikaci preparátů

NástrojCenaFormatsCo dělá
SlideScope „Save a Safe Copy“Placený; vyžaduje předplatnéSVS, NDPI, BIF, QPTIFF, AVS, OME-TIFF a dlaždicový TIFF, CZI, jednosouborový DICOMOdstraní fotografie štítku a přehledu a identifikační pole, vypustí název souboru, pixely ponechá bajt po bajtu beze změny a poté kopii zkontroluje; odmítá MRXS, SCN, VMS/VMU, VSI
svs-deidentifierZdarma (MIT)Aperio SVSOdstraní snímek štítku a makrosnímek; režim kopie nebo úpravy; desktopová aplikace pro Windows, Mac a Linux
wsi-anon (EMPAIA)Zdarma (MIT)MRXS, NDPI, SVS/TIFF, iSyntax, BIFKnihovna v C s vazbami pro Python a JavaScript; pro zpracovatelské řetězce
anonymize-slideZdarma (GPL-2)SVS (jen štítek), NDPI (makrosnímek), MRXS (čárový kód)Upravuje soubor na místě; Python 2; naposledy změněn v roce 2015
Profil deidentifikace DICOMStandardDICOM WSIBasic Profile plus volba Clean Pixel Data pro text vypálený do obrazu

Nástroje, které upravují originál na místě, vám nenechají žádnou nedotčenou kopii, pokud se něco pokazí: pracujte na kopii a originál uchovávejte pod jeho přístupovými omezeními.

Jak ve SlideScope uložit deidentifikovanou kopii

  1. Otevřete preparát ve SlideScope ve Windows nebo na Macu.
  2. Zvolte File › Save a Safe Copy… a vyberte, kam ji uložit.
  3. SlideScope zapíše pod novým názvem kopii bez fotografií štítku a přehledu a bez identifikačních polí uložených v souboru, přičemž obrazová data ponechá bajt po bajtu tak, jak byla. Poté kopii nezávisle zkontroluje; pokud kontrola selže, kopie se smaže a nic se neoznačí za bezpečné.
  4. Prohlédněte kopii, zda uvnitř naskenované oblasti není něco, co žádný nástroj nevidí, například ručně psaný text na skle.

Volba File › Remove Identifying Details from Exports navíc zabrání tomu, aby se původní název souboru dostal do exportovaných snímků, a sdílené odkazy mohou používat stejnou očištěnou kopii. Bezpečné kopie jsou součástí předplatného.

Kontrolní seznam před sdílením preparátu

  1. Pracujte na kopii, nikdy na originálu.
  2. Odstraňte snímek štítku a přehledovou fotografii.
  3. Odstraňte identifikační metadata: čárový kód, text štítku, data, údaje o skeneru a uživateli.
  4. Přejmenujte soubor, aby nenesl číslo případu.
  5. Zkontrolujte, zda v samotné naskenované oblasti není písmo.
  6. Ověřte si, co vám vaše instituce a schválení etické komise dovolují sdílet.

Otázky k deidentifikaci

Je preparát po odstranění snímku štítku anonymní?

Samo o sobě ne. Přehledová fotografie (makrosnímek) často ukazuje i štítek, název souboru může nést číslo případu a metadata souboru mohou obsahovat čárový kód, text štítku, data, sériové číslo skeneru a uživatelská jména. Písmo zachycené uvnitř naskenované oblasti je součástí obrazu a zůstává.

Mohu odstranit štítek z preparátu MRXS nebo VSI?

Některé nástroje MRXS zvládají (wsi-anon odstraní úroveň s čárovým kódem preparátu), ale tyto vícesouborové formáty se bezpečně čistí hůře. SlideScope odmítne označit kopii MRXS, SCN, VMS/VMU nebo VSI za bezpečnou, místo aby hádal.

Mění deidentifikace pixely obrazu?

Neměla by. Bezpečná kopie ze SlideScope ponechá obrazová data bajt po bajtu tak, jak byla (nic se znovu nekóduje), takže anotace a měření stále lícují, a kopii před označením za bezpečnou ověří.

Stačí deidentifikace ke sdílení preparátů pacientů?

Je to jeden krok. Co smíte sdílet a s kým, určují vaše instituce, schválení etické komise a pravidla ochrany osobních údajů; ověřte si to u nich. Tato stránka je praktický návod, nikoli právní rada.

Je SlideScope zdarma?

SlideScope je placená aplikace s bezplatnou knihovnou ukázek (všechny nástroje); pro vlastní snímky potřebujete předplatné od $35/měsíc.

Prozkoumejte vestavěnou knihovnu ukázek zdarma, se všemi nástroji. Pro otevírání vlastních snímků potřebujete předplatné: $35/měsíc, účtované při předplacení (PayPal nebo karta), a zrušit ho můžete kdykoli ve svém účtu. K dispozici je i roční platba za $349.99/rok, což vychází zhruba na dva měsíce zdarma.

Sdílejte preparáty bez štítku

Vyzkoušejte to zdarma na vestavěných ukázkách a poté s předplatným ukládejte bezpečné kopie vlastních preparátů. Už máte rozhodnuto? Předplatit nyní.

Stáhnout SlideScope