عدّ الخلايا

كيفية عدّ الخلايا والأنوية في صور المجهر

يمكنك عدّ الأنوية والخلايا بأدوات مجانية مثل Fiji (ImageJ) وQuPath وCellProfiler، أو دون أي إعداد في SlideScope على Windows وMac. يتوقف اختيار الأداة المناسبة على مدى ازدحام الأجسام في صورك، وعدد الصور لديك، وما إذا كنت تريد كتابة شيفرة. فيما يلي: كل الخيارات، ثم الخطوات الدقيقة في ImageJ وفي SlideScope.

نزّل SlideScopeعدّ الخلايا في ImageJ
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFFيعمل على حاسوبك

طرق عدّ الخلايا والأنوية

الأداةالتكلفةالأنظمةالأفضل لـ
Fiji / ImageJمجاني ومفتوح المصدرWindows, macOS, Linuxالصور المفردة والخلفيات البسيطة؛ Analyze Particles، ووحدات ماكرو للدفعات
QuPathمجاني ومفتوح المصدرWindows, macOS, Linuxصور الشرائح الكاملة، وعدّ الخلايا الإيجابية في IHC، والمشاريع المؤتمتة بالنصوص البرمجية
CellProfilerمجاني ومفتوح المصدرWindows, macOSمسارات معالجة قابلة لإعادة الإنتاج على مجموعات صور كبيرة
Cellpose أو StarDistمجاني ومفتوح المصدرPython؛ وإضافات لـ Fiji وQuPath وnapariالأنوية والخلايا المزدحمة أو غير المنتظمة (التعلّم العميق)
SlideScopeمدفوع؛ عدّ صورك الخاصة يتطلب اشتراكًاWindows 10/11, macOS 14+عدّ دون شيفرة باستخدام InstanSeg أو العتبة، وكثافة معايرة، وتصدير CSV، ومعالجة مجلدات كاملة دفعة واحدة

في المجال المزدحم، يفصل نموذج التعلّم العميق الأنوية المتلامسة أفضل بكثير من العتبة. تحقّق من ترخيص أي نموذج مُدرَّب مسبقًا تستخدمه: فبعضها مخصص للاستخدام غير التجاري فقط.

كيفية عدّ الأنوية في ImageJ (Fiji)

  1. افتح الصورة في Fiji (تُفتح CZI وND2 ومعظم صيغ المجاهر عبر Bio-Formats). تحقّق من المقياس في Image › Properties حتى تظهر الأحجام بوحدة µm.
  2. أبقِ قناة الأنوية وحدها (مثلًا DAPI): Image › Color › Split Channels، أو Image › Type › 8-bit للصورة أحادية القناة.
  3. نعّم الصورة قليلًا باستخدام Process › Filters › Gaussian Blur (sigma 1-2) لتقليل الضوضاء.
  4. طبّق العتبة باستخدام Image › Adjust › Threshold (جرّب Otsu أو Default)، ثم Apply لإنشاء قناع ثنائي.
  5. افصل الأنوية المتلامسة باستخدام Process › Binary › Watershed.
  6. شغّل Analyze › Analyze Particles مع نطاق أحجام يستبعد الحطام، وفعّل Summarize وDisplay results. تعرض نافذة Summary العدد؛ ويسرد جدول Results مساحة كل جسم.

لعدد كبير من الصور، سجّل هذه الخطوات باستخدام Plugins › Macros › Record وشغّل الماكرو على مجلد كامل. وللخلايا الإيجابية، قِس شدة كل نواة في قناة الواسم وحدّد قيمة فاصلة.

كيفية عدّ الأنوية والخلايا في SlideScope (دون شيفرة)

  1. افتح الصورة في SlideScope على Windows أو Mac، واختر المجال أو المستوى أو المنطقة المراد عدّها. تُحلَّل المستويات الكبيرة بدقة مخفّضة، لذا عُدّ منطقة محددة من الشريحة ذات الغيغابكسلات.
  2. اختر الأنوية أو الخلايا أو الجسيمات، ثم المحرك: أوزان التعلّم العميق InstanSeg للأنوية والخلايا، أو عتبة كلاسيكية مع اختيار تلقائي بطريقة Otsu، وتنعيم، وحدود للمساحة.
  3. تحقّق من الطبقة المعروضة فوق الصورة واستبعد أي جسم أخطأت فيه التجزئة.
  4. صدّر جدول أجسام بصيغة CSV، وحدودًا بصيغة GeoJSON (تُفتح في QuPath)، وقناعًا موسومًا بصيغة TIFF، وملخصًا للطرق، أو احفظ الإعدادات كوصفة وشغّلها على المستوى الأول من كل صورة في مجلد.

تشمل النتائج الأعداد، والكثافة لكل mm² حيثما كان حجم البكسل مسجلًا، والمساحة والشكل لكل جسم، ومتوسط الشدة في كل قناة، وتصنيفًا اختياريًا للأجسام الإيجابية للواسم وفق قناة واسم واحدة أو اثنتين. تجري التجزئة على حاسوبك؛ ولا يُرفع أي شيء. المزيد في صفحة العدّ.

أيها تختار

لعدد قليل من صور الفلورسنت النظيفة، Fiji مجاني والخطوات أعلاه تستغرق دقائق. وللشرائح الكاملة أو تقييم الخلايا الإيجابية في IHC، يُعد QuPath الخيار المجاني المعتمد. ولآلاف الصور في مسار معالجة ثابت، CellProfiler. اختر SlideScope عندما تريد العدّ والقياس والعرض في تطبيق مكتبي واحد دون إعداد أو نصوص برمجية، لصيغ CZI وND2 وSVS وLIF وغيرها، مع بقاء الصور على حاسوبك. للاطلاع على قائمة أوسع، راجع مقارنة برامج تحليل صور المجهر.

أسئلة حول عدّ الخلايا

كيف أعدّ الخلايا في ImageJ؟

افتح الصورة في Fiji، وأبقِ قناة الأنوية أو الخلايا وحدها، ونعّمها قليلًا (Process › Filters › Gaussian Blur)، وطبّق العتبة (Image › Adjust › Threshold، ثم Apply)، وافصل الأجسام المتلامسة باستخدام Process › Binary › Watershed، ثم شغّل Analyze › Analyze Particles مع نطاق أحجام وتفعيل Summarize. صف الملخص هو العدد.

هل يستطيع ImageJ عدّ الخلايا تلقائيًا؟

نعم، للأجسام المنفصلة جيدًا على خلفية نظيفة: العتبة مع Analyze Particles تعدّها تلقائيًا، والماكرو يكرر ذلك على مجلد كامل. أما الأنوية المزدحمة أو المتلامسة فتحتاج إلى خطوة watershed أو إلى نموذج تعلّم عميق مثل StarDist أو Cellpose.

كيف أعدّ الخلايا الإيجابية في صورة IHC أو صورة فلورسنت؟

اكشف كل نواة أولًا، ثم صنّف كلًّا منها بحسب شدة قناة الواسم أو الصبغة. يفعل QuPath ذلك عبر Positive cell detection على صور DAB في الحقل الساطع؛ ويصنّف SlideScope الأجسام كإيجابية للواسم وفق قناة واسم واحدة أو اثنتين.

هل يمكنني عدّ الخلايا دون برمجة؟

نعم. تعمل Fiji وQuPath وCellProfiler كلها عبر القوائم، ويعدّ SlideScope الأنوية والخلايا من لوحة واحدة دون نصوص برمجية أو إضافات. لا تحتاج إلى الشيفرة إلا لمسارات المعالجة المخصصة.

هل SlideScope مجاني؟

SlideScope تطبيق مدفوع مع مكتبة عينات مجانية (بكل الأدوات)؛ أما صورك الخاصة فتحتاج إلى اشتراك يبدأ من $35 شهريًا.

استكشف مكتبة العينات المدمجة مجانًا، مع جميع الأدوات. يتطلب فتح صورك الخاصة اشتراكًا: $35 شهريًا، يُدفع عند الاشتراك (PayPal أو بطاقة)، ويمكنك الإلغاء في أي وقت من حسابك. تتوفر الفوترة السنوية بسعر $349.99 سنويًا، أي ما يعادل شهرين مجانيين تقريبًا.

هل يرفع SlideScope صوري لعدّها؟

لا. تجري التجزئة والقياس على حاسوبك. التنزيل الوحيد هو أوزان النموذج، التي يتحقق SlideScope منها بمقارنتها ببصمة SHA-256 الخاصة بها قبل تحميلها.

العدّ على صورك الخاصة

جرّب العدّ مجانًا على العينات المدمجة، ثم عُدّ صورك الخاصة باشتراك. هل حسمت قرارك؟ اشترك الآن.

نزّل SlideScope