Cómo contar células y núcleos en imágenes de microscopía

Formas de contar células y núcleos

En un campo con mucha densidad, un modelo de aprendizaje profundo separa los núcleos que se tocan mucho mejor que un umbral. Revisa la licencia de cualquier modelo preentrenado que uses: algunos son solo para uso no comercial.

Cómo contar núcleos en ImageJ (Fiji)

1. Abre la imagen en Fiji (CZI, ND2 y la mayoría de los formatos de microscopio se abren mediante Bio-Formats). Revisa la escala en Image › Properties para que los tamaños salgan en µm.
2. Conserva solo el canal nuclear (por ejemplo DAPI): Image › Color › Split Channels, o Image › Type › 8-bit para una imagen de un solo canal.
3. Suaviza ligeramente con Process › Filters › Gaussian Blur (sigma 1-2) para reducir el ruido.
4. Aplica un umbral con Image › Adjust › Threshold (prueba Otsu o Default) y luego Apply para crear una máscara binaria.
5. Separa los núcleos que se tocan con Process › Binary › Watershed.
6. Ejecuta Analyze › Analyze Particles con un rango de tamaño que excluya los restos, y marca Summarize y Display results. La ventana Summary muestra el conteo; la tabla Results lista el área de cada objeto.

Para muchas imágenes, graba estos pasos con Plugins › Macros › Record y ejecuta la macro sobre una carpeta. Para células positivas, mide la intensidad de cada núcleo en el canal del marcador y fija un punto de corte.

Cómo contar núcleos y células en SlideScope (sin código)

1. Abre la imagen en SlideScope en Windows o Mac y elige el campo, el plano o la región que quieres contar. Los planos grandes se analizan a resolución reducida, así que cuenta una región de una lámina de gigapíxeles.
2. Elige núcleos, células o partículas, y el motor: pesos de aprendizaje profundo de InstanSeg para núcleos y células, o un umbral clásico con selección automática de Otsu, suavizado y límites de área.
3. Revisa la superposición y excluye cualquier objeto que la segmentación haya detectado mal.
4. Exporta una tabla de objetos en CSV, contornos GeoJSON (se abren en QuPath), un TIFF de máscara etiquetada y un resumen de métodos, o guarda la configuración como receta y ejecútala sobre el primer plano de cada imagen de una carpeta.

Los resultados incluyen conteos, densidad por mm² siempre que el tamaño de píxel esté registrado, área y forma de cada objeto, intensidad media en cada canal y, opcionalmente, clasificación de positividad frente a uno o dos canales de marcador. La segmentación se ejecuta en tu propia computadora; no se sube nada. Más información en la página de conteo.

Cuál elegir

Para unas pocas imágenes de fluorescencia limpias, Fiji es gratuito y los pasos anteriores toman minutos. Para láminas completas o la puntuación de células positivas en IHC, QuPath es la opción gratuita estándar. Para miles de imágenes en un pipeline fijo, CellProfiler. Elige SlideScope cuando quieras contar, medir y visualizar en una sola aplicación de escritorio, sin configuración ni scripts, para CZI, ND2, SVS, LIF y otros formatos, con las imágenes guardadas en tu propia computadora. Para una lista más amplia, consulta la comparación de software de análisis de imágenes de microscopía.

Preguntas sobre el conteo de células

Fuentes

• Documentación de ImageJ — Analyze Particles
• Documentación de ImageJ — Watershed
• Documentación de QuPath — Detecting cells
• CellProfiler
• Cellpose y StarDist
• InstanSeg