การนับเซลล์

วิธีนับเซลล์และนิวเคลียสในภาพจากกล้องจุลทรรศน์

คุณนับนิวเคลียสและเซลล์ได้ด้วยเครื่องมือฟรี เช่น Fiji (ImageJ), QuPath และ CellProfiler หรือใช้ SlideScope บน Windows และ Mac โดยไม่ต้องตั้งค่าใด ๆ เครื่องมือที่เหมาะสมขึ้นอยู่กับความหนาแน่นของวัตถุ จำนวนภาพที่มี และคุณต้องการเขียนโค้ดหรือไม่ ด้านล่างนี้คือทุกตัวเลือก ตามด้วยขั้นตอนโดยละเอียดใน ImageJ และใน SlideScope

ดาวน์โหลด SlideScopeนับเซลล์ใน ImageJ
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFFทำงานบนคอมพิวเตอร์ของคุณเอง

วิธีนับเซลล์และนิวเคลียส

เครื่องมือค่าใช้จ่ายแพลตฟอร์มเหมาะที่สุดสำหรับ
Fiji / ImageJฟรี โอเพนซอร์สWindows, macOS, Linuxภาพเดี่ยวและพื้นหลังที่ไม่ซับซ้อน; Analyze Particles และมาโครสำหรับประมวลผลเป็นชุด
QuPathฟรี โอเพนซอร์สWindows, macOS, Linuxภาพสไลด์ทั้งแผ่น การนับเซลล์ที่ให้ผลบวกใน IHC และโปรเจกต์ที่ใช้สคริปต์
CellProfilerฟรี โอเพนซอร์สWindows, macOSไปป์ไลน์ที่ทำซ้ำได้สำหรับชุดภาพจำนวนมาก
Cellpose หรือ StarDistฟรี โอเพนซอร์สPython; ปลั๊กอินสำหรับ Fiji, QuPath และ napariนิวเคลียสและเซลล์ที่หนาแน่นหรือมีรูปร่างไม่สม่ำเสมอ (การเรียนรู้เชิงลึก)
SlideScopeชำระเงิน; การนับในภาพของคุณเองต้องสมัครสมาชิกWindows 10/11, macOS 14+นับโดยไม่ต้องเขียนโค้ดด้วย InstanSeg หรือ threshold ความหนาแน่นแบบปรับเทียบ ส่งออก CSV และประมวลผลทั้งโฟลเดอร์

สำหรับภาพที่เซลล์หนาแน่น โมเดลการเรียนรู้เชิงลึกแยกนิวเคลียสที่ติดกันได้ดีกว่า threshold มาก ตรวจสอบสัญญาอนุญาตของโมเดลที่ฝึกไว้แล้วที่คุณใช้ บางโมเดลใช้ได้เฉพาะเพื่อวัตถุประสงค์ที่ไม่ใช่เชิงพาณิชย์เท่านั้น

วิธีนับนิวเคลียสใน ImageJ (Fiji)

  1. เปิดภาพใน Fiji (CZI, ND2 และรูปแบบไฟล์กล้องจุลทรรศน์ส่วนใหญ่เปิดผ่าน Bio-Formats) ตรวจสอบมาตราส่วนที่ Image › Properties เพื่อให้ได้ขนาดเป็น µm
  2. เก็บไว้เฉพาะช่องสัญญาณนิวเคลียส (เช่น DAPI): Image › Color › Split Channels หรือ Image › Type › 8-bit สำหรับภาพช่องสัญญาณเดียว
  3. ทำให้ภาพเรียบเล็กน้อยด้วย Process › Filters › Gaussian Blur (sigma 1-2) เพื่อลดสัญญาณรบกวน
  4. ทำ threshold ด้วย Image › Adjust › Threshold (ลอง Otsu หรือ Default) แล้วกด Apply เพื่อสร้างมาสก์ไบนารี
  5. แยกนิวเคลียสที่ติดกันด้วย Process › Binary › Watershed
  6. รัน Analyze › Analyze Particles โดยกำหนดช่วงขนาดที่ตัดเศษสิ่งสกปรกออก แล้วติ๊ก Summarize และ Display results หน้าต่าง Summary จะแสดงจำนวนนับ ส่วนตาราง Results แสดงพื้นที่ของแต่ละวัตถุ

สำหรับภาพจำนวนมาก ให้บันทึกขั้นตอนเหล่านี้ด้วย Plugins › Macros › Record แล้วรันมาโครกับทั้งโฟลเดอร์ สำหรับเซลล์ที่ให้ผลบวก ให้วัดความเข้มของนิวเคลียสแต่ละตัวในช่องสัญญาณของมาร์กเกอร์แล้วกำหนดค่าตัด

วิธีนับนิวเคลียสและเซลล์ใน SlideScope (ไม่ต้องเขียนโค้ด)

  1. เปิดภาพใน SlideScope บน Windows หรือ Mac แล้วเลือกขอบเขตภาพ ระนาบ หรือบริเวณที่จะนับ ระนาบขนาดใหญ่จะถูกวิเคราะห์ที่ความละเอียดลดลง ดังนั้นให้นับเป็นบริเวณสำหรับสไลด์ระดับกิกะพิกเซล
  2. เลือกนิวเคลียส เซลล์ หรืออนุภาค และเลือกเอนจิน: น้ำหนักโมเดลการเรียนรู้เชิงลึก InstanSeg สำหรับนิวเคลียสและเซลล์ หรือ threshold แบบดั้งเดิมพร้อมการเลือกอัตโนมัติแบบ Otsu การทำให้เรียบ และการจำกัดพื้นที่
  3. ตรวจสอบภาพซ้อนทับ และตัดวัตถุใดก็ตามที่การแบ่งส่วนภาพผิดพลาดออก
  4. ส่งออกตารางวัตถุเป็น CSV เส้นขอบเป็น GeoJSON (เปิดใน QuPath ได้) มาสก์ติดป้ายเป็น TIFF และสรุปวิธีการ หรือบันทึกการตั้งค่าเป็นสูตรแล้วรันกับระนาบแรกของทุกภาพในโฟลเดอร์

ผลลัพธ์ประกอบด้วยจำนวนนับ ความหนาแน่นต่อ mm² ในทุกกรณีที่มีการบันทึกขนาดพิกเซล พื้นที่และรูปร่างของทุกวัตถุ ความเข้มเฉลี่ยในทุกช่องสัญญาณ และการจำแนกผลบวกต่อมาร์กเกอร์ (ไม่บังคับ) เทียบกับช่องสัญญาณมาร์กเกอร์หนึ่งหรือสองช่อง การแบ่งส่วนภาพทำงานบนคอมพิวเตอร์ของคุณเอง ไม่มีการอัปโหลดใด ๆ ดูเพิ่มเติมที่หน้าการนับ

ควรเลือกแบบไหน

สำหรับภาพฟลูออเรสเซนซ์ที่สะอาดเพียงไม่กี่ภาพ Fiji ใช้ได้ฟรี และขั้นตอนข้างต้นใช้เวลาเพียงไม่กี่นาที สำหรับภาพสไลด์ทั้งแผ่นหรือการให้คะแนนเซลล์ที่ให้ผลบวกใน IHC QuPath คือตัวเลือกฟรีมาตรฐาน สำหรับภาพหลายพันภาพในไปป์ไลน์ที่กำหนดไว้ ใช้ CellProfiler เลือก SlideScope เมื่อคุณต้องการนับ วัด และดูภาพในแอปเดสก์ท็อปเดียวโดยไม่ต้องตั้งค่าหรือเขียนสคริปต์ สำหรับ CZI, ND2, SVS, LIF และรูปแบบอื่น ๆ โดยภาพยังอยู่บนคอมพิวเตอร์ของคุณเอง สำหรับรายการที่กว้างกว่านี้ ดูการเปรียบเทียบซอฟต์แวร์วิเคราะห์ภาพจากกล้องจุลทรรศน์

คำถามเกี่ยวกับการนับเซลล์

จะนับเซลล์ใน ImageJ ได้อย่างไร

เปิดภาพใน Fiji เก็บไว้เฉพาะช่องสัญญาณนิวเคลียสหรือเซลล์ ทำให้เรียบเล็กน้อย (Process › Filters › Gaussian Blur) ทำ threshold (Image › Adjust › Threshold แล้วกด Apply) แยกวัตถุที่ติดกันด้วย Process › Binary › Watershed แล้วรัน Analyze › Analyze Particles โดยกำหนดช่วงขนาดและติ๊ก Summarize แถวสรุปคือจำนวนนับ

ImageJ นับเซลล์อัตโนมัติได้หรือไม่

ได้ สำหรับวัตถุที่แยกจากกันชัดเจนบนพื้นหลังที่สะอาด: การทำ threshold ร่วมกับ Analyze Particles จะนับให้อัตโนมัติ และมาโครจะทำซ้ำกับทั้งโฟลเดอร์ นิวเคลียสที่หนาแน่นหรือติดกันต้องใช้ขั้นตอน watershed หรือโมเดลการเรียนรู้เชิงลึก เช่น StarDist หรือ Cellpose

จะนับเซลล์ที่ให้ผลบวกในภาพ IHC หรือภาพฟลูออเรสเซนซ์ได้อย่างไร

ตรวจหานิวเคลียสทุกตัวก่อน แล้วจำแนกแต่ละตัวตามความเข้มของช่องสัญญาณมาร์กเกอร์หรือสีย้อม QuPath ทำได้ด้วย Positive cell detection บนภาพ DAB แบบ brightfield ส่วน SlideScope จำแนกวัตถุว่าให้ผลบวกต่อมาร์กเกอร์เทียบกับช่องสัญญาณมาร์กเกอร์หนึ่งหรือสองช่อง

นับเซลล์โดยไม่ต้องเขียนโค้ดได้หรือไม่

ได้ Fiji, QuPath และ CellProfiler ทำงานผ่านเมนูทั้งหมด และ SlideScope นับนิวเคลียสและเซลล์จากแผงควบคุมโดยไม่ต้องใช้สคริปต์หรือปลั๊กอิน ต้องเขียนโค้ดเฉพาะเมื่อสร้างไปป์ไลน์แบบกำหนดเองเท่านั้น

SlideScope ใช้ฟรีหรือไม่?

SlideScope เป็นแอปแบบชำระเงินที่มีคลังภาพตัวอย่างฟรี (ใช้ได้ทุกเครื่องมือ) ส่วนภาพของคุณเองต้องสมัครสมาชิกเริ่มต้น $35 ต่อเดือน

สำรวจคลังภาพตัวอย่างในตัวได้ฟรีพร้อมทุกเครื่องมือ การเปิดภาพของคุณเองต้องใช้การสมัครสมาชิก: $35 ต่อเดือน เรียกเก็บเงินเมื่อคุณสมัคร (PayPal หรือบัตร) และยกเลิกได้ทุกเมื่อจากบัญชีของคุณ มีตัวเลือกชำระรายปีที่ $349.99 ต่อปี ซึ่งเท่ากับได้ใช้ฟรีประมาณสองเดือน

SlideScope อัปโหลดภาพของฉันเพื่อนับหรือไม่

ไม่ การแบ่งส่วนภาพและการวัดทำงานบนคอมพิวเตอร์ของคุณเอง สิ่งเดียวที่ดาวน์โหลดคือน้ำหนักของโมเดล ซึ่ง SlideScope ตรวจสอบกับค่า SHA-256 ก่อนโหลด

นับในภาพของคุณเอง

ลองนับฟรีกับภาพตัวอย่างในตัว แล้วนับในภาพของคุณเองด้วยการสมัครสมาชิก ตัดสินใจแล้วใช่ไหม สมัครสมาชิกเลย

ดาวน์โหลด SlideScope