Cómo contar células y núcleos en imágenes de microscopía

Formas de contar células y núcleos

En un campo muy poblado, un modelo de aprendizaje profundo separa los núcleos que se tocan mucho mejor que un umbral. Revisa la licencia de cualquier modelo preentrenado que uses: algunos son solo para uso no comercial.

Cómo contar núcleos en ImageJ (Fiji)

1. Abre la imagen en Fiji (CZI, ND2 y la mayoría de los formatos de microscopio se abren mediante Bio-Formats). Comprueba la escala en Image › Properties para que los tamaños salgan en µm.
2. Quédate solo con el canal nuclear (por ejemplo, DAPI): Image › Color › Split Channels, o Image › Type › 8-bit si la imagen tiene un solo canal.
3. Suaviza ligeramente con Process › Filters › Gaussian Blur (sigma 1-2) para reducir el ruido.
4. Aplica un umbral con Image › Adjust › Threshold (prueba Otsu o Default) y luego pulsa Apply para crear una máscara binaria.
5. Separa los núcleos que se tocan con Process › Binary › Watershed.
6. Ejecuta Analyze › Analyze Particles con un rango de tamaño que excluya los restos, y marca Summarize y Display results. La ventana Summary muestra el recuento; la tabla Results indica el área de cada objeto.

Para muchas imágenes, graba estos pasos con Plugins › Macros › Record y ejecuta la macro sobre una carpeta. Para las células positivas, mide la intensidad de cada núcleo en el canal del marcador y fija un valor de corte.

Cómo contar núcleos y células en SlideScope (sin código)

1. Abre la imagen en SlideScope en Windows o Mac y elige el campo, el plano o la región que quieres contar. Los planos grandes se analizan a resolución reducida, así que cuenta una región de un portaobjetos de gigapíxeles.
2. Elige núcleos, células o partículas, y el motor: los pesos de aprendizaje profundo de InstanSeg para núcleos y células, o un umbral clásico con selección automática Otsu, suavizado y límites de área.
3. Revisa la superposición y excluye cualquier objeto que la segmentación haya detectado mal.
4. Exporta una tabla de objetos en CSV, contornos GeoJSON (se abren en QuPath), una máscara TIFF etiquetada y un resumen de métodos, o guarda los ajustes como receta y ejecútala sobre el primer plano de cada imagen de una carpeta.

Los resultados incluyen recuentos, densidad por mm² siempre que el tamaño de píxel esté registrado, área y forma de cada objeto, intensidad media en cada canal y, opcionalmente, clasificación de positivos para uno o dos canales de marcador. La segmentación se ejecuta en tu propio ordenador; no se sube nada. Más información en la página de recuento.

Cuál elegir

Para unas pocas imágenes de fluorescencia limpias, Fiji es gratuito y los pasos anteriores llevan minutos. Para portaobjetos completos o la puntuación de células positivas en IHQ, QuPath es la opción gratuita de referencia. Para miles de imágenes en un flujo fijo, CellProfiler. Elige SlideScope cuando quieras contar, medir y visualizar en una sola aplicación de escritorio, sin configuración ni scripts, con CZI, ND2, SVS, LIF y otros formatos, y con las imágenes guardadas en tu propio ordenador. Para una lista más amplia, consulta la comparativa de software de análisis de imágenes de microscopía.

Preguntas sobre el recuento de células

Fuentes

• Documentación de ImageJ — Analyze Particles
• Documentación de ImageJ — Watershed
• Documentación de QuPath — Detecting cells
• CellProfiler
• Cellpose y StarDist
• InstanSeg