細胞計數

如何在顯微影像中計數細胞與細胞核

您可以使用 Fiji（ImageJ）、QuPath 與 CellProfiler 等免費工具計數細胞核與細胞，也可以在 Windows 與 Mac 上的 SlideScope 中免設定直接計數。哪一種適合您，取決於物件有多密集、影像有多少，以及您是否願意撰寫程式碼。以下先介紹每一種選擇，再說明在 ImageJ 與 SlideScope 中的確切步驟。

下載 SlideScope在 ImageJ 中計數細胞
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFF在您自己的電腦上執行

計數細胞與細胞核的方法

工具費用平台最適合
Fiji / ImageJ免費、開源Windows, macOS, Linux單張影像與單純背景；Analyze Particles，批次處理可用巨集
QuPath免費、開源Windows, macOS, Linux全玻片影像、IHC 陽性細胞計數、腳本化專案
CellProfiler免費、開源Windows, macOS針對大量影像集的可重現流程
Cellpose 或 StarDist免費、開源Python；提供 Fiji、QuPath 與 napari 外掛程式密集或不規則的細胞核與細胞（深度學習）
SlideScope付費；計數您自己的影像需要訂閱Windows 10/11, macOS 14+以 InstanSeg 或閾值免寫程式碼計數、校正後的密度、CSV 匯出、資料夾批次處理

在密集的視野中，深度學習模型分開相互接觸的細胞核的效果遠勝於閾值。請確認您所使用的任何預訓練模型的授權條款：有些僅限非商業用途。

如何在 ImageJ（Fiji）中計數細胞核

  1. 在 Fiji 中開啟影像（CZI、ND2 與大多數顯微鏡格式可透過 Bio-Formats 開啟）。在 Image › Properties 中檢查比例，讓尺寸以 µm 呈現。
  2. 只保留細胞核通道（例如 DAPI）：使用 Image › Color › Split Channels；若為單通道影像，則使用 Image › Type › 8-bit。
  3. 以 Process › Filters › Gaussian Blur（sigma 1-2）輕度平滑以降低雜訊。
  4. 以 Image › Adjust › Threshold 設定閾值（可試試 Otsu 或 Default），再按 Apply 產生二值遮罩。
  5. 以 Process › Binary › Watershed 分開相互接觸的細胞核。
  6. 執行 Analyze › Analyze Particles，設定可排除碎屑的大小範圍，並勾選 Summarize 與 Display results。Summary 視窗會顯示計數；Results 表格則列出每個物件的面積。

若有許多影像，請以 Plugins › Macros › Record 錄製這些步驟，再對整個資料夾執行該巨集。若要計數陽性細胞，請量測每個細胞核在標記通道中的強度，並設定判定閾值。

如何在 SlideScope 中計數細胞核與細胞（免寫程式碼）

  1. 在 Windows 或 Mac 上以 SlideScope 開啟影像，並選擇要計數的視野、平面或區域。大型平面會以降低的解析度分析，因此對於十億像素等級的玻片，請計數其中一個區域。
  2. 選擇細胞核、細胞或顆粒，以及運算引擎：用於細胞核與細胞的 InstanSeg 深度學習權重，或是具備 Otsu 自動選擇、平滑與面積限制的傳統閾值法。
  3. 檢查疊加圖層，並排除任何分割錯誤的物件。
  4. 匯出 CSV 物件表、GeoJSON 輪廓（可在 QuPath 中開啟）、標籤遮罩 TIFF 與方法摘要，或將設定儲存為配方，並套用到資料夾中每張影像的第一個平面。

結果包括計數、記錄了像素尺寸時的每 mm² 密度、每個物件的面積與形狀、每個通道的平均強度，以及可選的依據一或兩個標記通道進行的標記陽性分類。分割在您自己的電腦上執行，不會上傳任何內容。詳見計數頁面。

該選哪一個

若只有少數幾張乾淨的螢光影像，Fiji 免費，上述步驟只需幾分鐘。若是全玻片影像或 IHC 陽性細胞評分，QuPath 是標準的免費選擇。若要以固定流程處理數千張影像，請用 CellProfiler。如果您希望在單一桌面應用程式中完成計數、量測與檢視，無需設定或腳本，支援 CZI、ND2、SVS、LIF 等格式，並讓影像保留在您自己的電腦上，請選擇 SlideScope。更完整的清單請參閱顯微影像分析軟體比較。

細胞計數常見問題

如何在 ImageJ 中計數細胞？

在 Fiji 中開啟影像，只保留細胞核或細胞通道，輕度平滑（Process › Filters › Gaussian Blur），設定閾值（Image › Adjust › Threshold，再按 Apply），以 Process › Binary › Watershed 分開相互接觸的物件，然後執行 Analyze › Analyze Particles，設定大小範圍並勾選 Summarize。摘要列中的數字就是計數結果。

ImageJ 可以自動計數細胞嗎？

可以，前提是物件彼此分離良好且背景乾淨：閾值加上 Analyze Particles 即可自動計數，巨集則可對整個資料夾重複執行。密集或相互接觸的細胞核則需要 watershed 步驟，或 StarDist、Cellpose 之類的深度學習模型。

如何在 IHC 或螢光影像中計數陽性細胞？

先偵測每一個細胞核，再依標記通道或染色的強度為每個細胞核分類。QuPath 以 Positive cell detection 處理明視野 DAB 影像；SlideScope 則依據一或兩個標記通道將物件分類為標記陽性。

可以不寫程式碼就計數細胞嗎？

可以。Fiji、QuPath 與 CellProfiler 都能透過選單操作，SlideScope 則可從面板計數細胞核與細胞，無需腳本或外掛程式。只有自訂的處理流程才需要程式碼。

SlideScope 是免費的嗎？

SlideScope 是一款付費應用程式，附有免費範例庫（所有工具皆可使用）；開啟您自己的影像需要訂閱，每月 $35 起。

免費探索內建範例庫，所有工具皆可使用。開啟您自己的影像需要訂閱：每月 $35，訂閱時即收費（PayPal 或信用卡），並可隨時在帳戶中取消。另提供年繳方案，每年 $349.99，約等於免費兩個月。

SlideScope 會上傳我的影像來計數嗎？

不會。分割與量測都在您自己的電腦上執行。唯一需要下載的是模型權重，SlideScope 在載入前會以其 SHA-256 摘要值進行驗證。

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