Penghitungan sel

Cara Menghitung Sel dan Inti Sel pada Citra Mikroskopi

Anda dapat menghitung inti sel dan sel dengan alat gratis seperti Fiji (ImageJ), QuPath, dan CellProfiler, atau tanpa pengaturan apa pun di SlideScope pada Windows dan Mac. Pilihan yang tepat bergantung pada seberapa padat objek Anda, berapa banyak citra yang Anda miliki, dan apakah Anda ingin menulis kode. Di bawah ini: semua pilihan, lalu langkah-langkah persisnya di ImageJ dan di SlideScope.

Unduh SlideScopeMenghitung sel di ImageJ
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFFBerjalan di komputer Anda sendiri

Cara menghitung sel dan inti sel

AlatBiayaPlatformPaling cocok untuk
Fiji / ImageJGratis, open sourceWindows, macOS, LinuxCitra tunggal dan latar belakang sederhana; Analyze Particles, makro untuk batch
QuPathGratis, open sourceWindows, macOS, LinuxWhole slide image, hitungan sel positif IHC, proyek berbasis skrip
CellProfilerGratis, open sourceWindows, macOSPipeline yang dapat direproduksi untuk kumpulan citra besar
Cellpose atau StarDistGratis, open sourcePython; plugin untuk Fiji, QuPath, dan napariInti sel dan sel yang padat atau tidak beraturan (deep learning)
SlideScopeBerbayar; menghitung citra Anda sendiri memerlukan langgananWindows 10/11, macOS 14+Penghitungan tanpa kode dengan InstanSeg atau threshold, kepadatan terkalibrasi, ekspor CSV, batch per folder

Untuk bidang yang padat, model deep learning memisahkan inti sel yang bersentuhan jauh lebih baik daripada threshold. Periksa lisensi setiap model pralatih yang Anda gunakan: sebagian hanya untuk penggunaan non-komersial.

Cara menghitung inti sel di ImageJ (Fiji)

  1. Buka citra di Fiji (CZI, ND2, dan sebagian besar format mikroskop terbuka melalui Bio-Formats). Periksa skala di Image › Properties agar ukuran dihasilkan dalam µm.
  2. Pertahankan hanya kanal inti (misalnya DAPI): Image › Color › Split Channels, atau Image › Type › 8-bit untuk citra satu kanal.
  3. Haluskan sedikit dengan Process › Filters › Gaussian Blur (sigma 1-2) untuk mengurangi noise.
  4. Lakukan threshold dengan Image › Adjust › Threshold (coba Otsu atau Default), lalu Apply untuk membuat mask biner.
  5. Pisahkan inti sel yang bersentuhan dengan Process › Binary › Watershed.
  6. Jalankan Analyze › Analyze Particles dengan rentang ukuran yang mengecualikan debris, centang Summarize dan Display results. Jendela Summary menampilkan jumlahnya; tabel Results mencantumkan luas setiap objek.

Untuk banyak citra, rekam langkah-langkah ini dengan Plugins › Macros › Record lalu jalankan makronya pada satu folder. Untuk sel positif, ukur intensitas setiap inti sel pada kanal penanda dan tetapkan nilai ambang.

Cara menghitung inti sel dan sel di SlideScope (tanpa kode)

  1. Buka citra di SlideScope pada Windows atau Mac, lalu pilih bidang, plane, atau region yang akan dihitung. Plane berukuran besar dianalisis pada resolusi yang diturunkan, jadi hitunglah satu region dari slide gigapiksel.
  2. Pilih inti sel, sel, atau partikel, serta mesinnya: bobot deep learning InstanSeg untuk inti sel dan sel, atau threshold klasik dengan pemilihan otomatis Otsu, penghalusan, dan batas luas.
  3. Periksa overlay dan kecualikan objek yang salah disegmentasi.
  4. Ekspor tabel objek CSV, kontur GeoJSON (dapat dibuka di QuPath), TIFF mask berlabel, dan ringkasan metode, atau simpan pengaturannya sebagai resep dan jalankan pada plane pertama setiap citra dalam satu folder.

Hasilnya mencakup jumlah, kepadatan per mm² bila ukuran piksel tercatat, luas dan bentuk setiap objek, intensitas rata-rata di setiap kanal, serta klasifikasi positif-penanda opsional terhadap satu atau dua kanal penanda. Segmentasi berjalan di komputer Anda sendiri; tidak ada yang diunggah. Selengkapnya di halaman penghitungan.

Mana yang dipilih

Untuk beberapa citra fluoresens yang bersih, Fiji gratis dan langkah-langkah di atas hanya memakan waktu beberapa menit. Untuk whole slide atau skoring sel positif IHC, QuPath adalah pilihan gratis yang standar. Untuk ribuan citra dalam pipeline yang tetap, CellProfiler. Pilih SlideScope bila Anda ingin menghitung, mengukur, dan melihat citra dalam satu aplikasi desktop tanpa pengaturan atau skrip, untuk CZI, ND2, SVS, LIF, dan format lainnya, dengan citra tetap tersimpan di komputer Anda sendiri. Untuk daftar yang lebih luas, lihat perbandingan perangkat lunak analisis citra mikroskopi.

Pertanyaan seputar penghitungan sel

Bagaimana cara menghitung sel di ImageJ?

Buka citra di Fiji, pertahankan hanya kanal inti atau kanal sel, haluskan sedikit (Process › Filters › Gaussian Blur), lakukan threshold (Image › Adjust › Threshold, lalu Apply), pisahkan objek yang bersentuhan dengan Process › Binary › Watershed, lalu jalankan Analyze › Analyze Particles dengan rentang ukuran dan Summarize dicentang. Baris ringkasan adalah jumlahnya.

Bisakah ImageJ menghitung sel secara otomatis?

Bisa, untuk objek yang terpisah dengan baik pada latar belakang yang bersih: threshold ditambah Analyze Particles menghitungnya secara otomatis, dan sebuah makro mengulanginya pada satu folder. Inti sel yang padat atau bersentuhan memerlukan langkah watershed atau model deep learning seperti StarDist atau Cellpose.

Bagaimana cara menghitung sel positif pada citra IHC atau fluoresens?

Deteksi setiap inti sel terlebih dahulu, lalu klasifikasikan masing-masing berdasarkan intensitas kanal penanda atau pewarnaan. QuPath melakukannya dengan Positive cell detection pada citra brightfield DAB; SlideScope mengklasifikasikan objek sebagai positif-penanda terhadap satu atau dua kanal penanda.

Bisakah saya menghitung sel tanpa coding?

Bisa. Fiji, QuPath, dan CellProfiler semuanya dapat dioperasikan melalui menu, dan SlideScope menghitung inti sel dan sel dari sebuah panel tanpa skrip atau plugin. Kode hanya diperlukan untuk pipeline khusus.

Apakah SlideScope gratis?

SlideScope adalah aplikasi berbayar dengan pustaka sampel gratis (semua alat); citra Anda sendiri memerlukan langganan mulai $35/bulan.

Jelajahi pustaka sampel bawaan secara gratis, dengan semua alat. Membuka citra Anda sendiri memerlukan langganan: $35/bulan, ditagih saat Anda berlangganan (PayPal atau kartu), dan Anda dapat membatalkan kapan saja dari akun Anda. Tagihan tahunan tersedia seharga $349.99/tahun, setara dengan sekitar dua bulan gratis.

Apakah SlideScope mengunggah citra saya untuk menghitungnya?

Tidak. Segmentasi dan pengukuran berjalan di komputer Anda sendiri. Satu-satunya unduhan adalah bobot model, yang diperiksa SlideScope terhadap digest SHA-256-nya sebelum dimuat.

Hitung pada citra Anda sendiri

Coba menghitung secara gratis pada sampel bawaan, lalu hitung citra Anda sendiri dengan langganan. Sudah yakin? Berlangganan sekarang.

Unduh SlideScope