Contagem de células

Como contar células e núcleos em imagens de microscopia

Pode contar núcleos e células com ferramentas gratuitas como o Fiji (ImageJ), o QuPath e o CellProfiler, ou sem qualquer configuração no SlideScope, no Windows e no Mac. A opção mais adequada depende de quão densos são os seus objetos, de quantas imagens tem e de querer ou não escrever código. Abaixo: todas as opções e, depois, os passos exatos no ImageJ e no SlideScope.

Transferir o SlideScopeContar células no ImageJ
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFFFunciona no seu próprio computador

Formas de contar células e núcleos

FerramentaCustoPlataformasIdeal para
Fiji / ImageJGratuito, código abertoWindows, macOS, LinuxImagens individuais e fundos simples; Analyze Particles, macros para lotes
QuPathGratuito, código abertoWindows, macOS, LinuxImagens de lâmina inteira, contagens de células positivas em IHQ, projetos com scripts
CellProfilerGratuito, código abertoWindows, macOSPipelines reprodutíveis sobre grandes conjuntos de imagens
Cellpose ou StarDistGratuito, código abertoPython; plugins para Fiji, QuPath e napariNúcleos e células densos ou irregulares (deep learning)
SlideScopePago; contar nas suas próprias imagens requer uma subscriçãoWindows 10/11, macOS 14+Contagem sem código com InstanSeg ou um limiar, densidade calibrada, exportação CSV, lotes por pasta

Num campo denso, um modelo de deep learning separa núcleos que se tocam muito melhor do que um limiar. Verifique a licença de qualquer modelo pré-treinado que utilize: alguns destinam-se apenas a uso não comercial.

Como contar núcleos no ImageJ (Fiji)

  1. Abra a imagem no Fiji (CZI, ND2 e a maioria dos formatos de microscópio abrem através do Bio-Formats). Verifique a escala em Image › Properties para que os tamanhos saiam em µm.
  2. Mantenha apenas o canal nuclear (por exemplo DAPI): Image › Color › Split Channels, ou Image › Type › 8-bit para uma imagem de canal único.
  3. Suavize ligeiramente com Process › Filters › Gaussian Blur (sigma 1-2) para reduzir o ruído.
  4. Aplique um limiar com Image › Adjust › Threshold (experimente Otsu ou Default) e depois Apply para criar uma máscara binária.
  5. Separe núcleos que se tocam com Process › Binary › Watershed.
  6. Execute Analyze › Analyze Particles com um intervalo de tamanhos que exclua detritos e assinale Summarize e Display results. A janela Summary mostra a contagem; a tabela Results lista a área de cada objeto.

Para muitas imagens, grave estes passos com Plugins › Macros › Record e execute a macro sobre uma pasta. Para células positivas, meça a intensidade de cada núcleo no canal do marcador e defina um valor de corte.

Como contar núcleos e células no SlideScope (sem código)

  1. Abra a imagem no SlideScope, no Windows ou no Mac, e escolha o campo, o plano ou a região a contar. Os planos grandes são analisados em resolução reduzida, por isso conte numa região de uma lâmina de gigapíxeis.
  2. Escolha núcleos, células ou partículas, e o motor: pesos de deep learning InstanSeg para núcleos e células, ou um limiar clássico com seleção automática Otsu, suavização e limites de área.
  3. Verifique a sobreposição e exclua qualquer objeto que a segmentação tenha errado.
  4. Exporte uma tabela de objetos em CSV, contornos GeoJSON (abrem no QuPath), uma máscara TIFF etiquetada e um resumo dos métodos, ou guarde as definições como receita e execute-a sobre o primeiro plano de cada imagem de uma pasta.

Os resultados incluem contagens, densidade por mm² sempre que o tamanho do píxel está registado, área e forma de cada objeto, intensidade média em cada canal e, opcionalmente, classificação de positividade para um ou dois canais de marcador. A segmentação corre no seu próprio computador; nada é carregado. Mais informação na página de contagem.

Qual escolher

Para algumas imagens de fluorescência limpas, o Fiji é gratuito e os passos acima demoram minutos. Para lâminas inteiras ou a pontuação de células positivas em IHQ, o QuPath é a escolha gratuita de referência. Para milhares de imagens num pipeline fixo, o CellProfiler. Escolha o SlideScope quando quiser contagem, medição e visualização numa única aplicação para computador, sem configuração nem scripts, para CZI, ND2, SVS, LIF e outros formatos, com as imagens guardadas no seu próprio computador. Para uma lista mais ampla, consulte a comparação de software de análise de imagens de microscopia.

Perguntas sobre contagem de células

Como conto células no ImageJ?

Abra a imagem no Fiji, mantenha apenas o canal nuclear ou celular, suavize-o ligeiramente (Process › Filters › Gaussian Blur), aplique um limiar (Image › Adjust › Threshold e depois Apply), separe os objetos que se tocam com Process › Binary › Watershed e execute Analyze › Analyze Particles com um intervalo de tamanhos e Summarize assinalado. A linha do resumo é a contagem.

O ImageJ consegue contar células automaticamente?

Sim, para objetos bem separados num fundo limpo: um limiar seguido de Analyze Particles conta-os automaticamente, e uma macro repete o processo numa pasta. Núcleos densos ou que se tocam precisam do passo de watershed ou de um modelo de deep learning como o StarDist ou o Cellpose.

Como conto células positivas numa imagem de IHQ ou de fluorescência?

Detete primeiro todos os núcleos e depois classifique cada um pela intensidade de um canal de marcador ou de uma coloração. O QuPath faz isto com Positive cell detection em imagens DAB de campo claro; o SlideScope classifica objetos como positivos para um ou dois canais de marcador.

Posso contar células sem programar?

Sim. O Fiji, o QuPath e o CellProfiler funcionam através de menus, e o SlideScope conta núcleos e células a partir de um painel, sem scripts nem plugins. Só é preciso código para pipelines personalizados.

O SlideScope é gratuito?

O SlideScope é uma aplicação paga com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas); as suas próprias imagens precisam de uma subscrição a partir de $35/mês.

Explore gratuitamente a biblioteca de amostras incluída, com todas as ferramentas. Para abrir as suas próprias imagens precisa de uma subscrição: $35/mês, cobrada no momento em que subscreve (PayPal ou cartão), e pode cancelar quando quiser na sua conta. Existe faturação anual por $349.99/ano, o que equivale a cerca de dois meses grátis.

O SlideScope carrega as minhas imagens para as contar?

Não. A segmentação e a medição correm no seu próprio computador. A única transferência são os pesos do modelo, que o SlideScope verifica com o respetivo resumo SHA-256 antes de os carregar.

Conte nas suas próprias imagens

Experimente a contagem gratuitamente nas amostras incluídas e depois conte nas suas próprias imagens com uma subscrição. Já decidiu? Subscrever agora.

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