Hücre sayma

Mikroskopi Görüntülerinde Hücre ve Çekirdek Nasıl Sayılır?

Çekirdekleri ve hücreleri Fiji (ImageJ), QuPath ve CellProfiler gibi ücretsiz araçlarla ya da hiçbir kurulum yapmadan Windows ve Mac’teki SlideScope’ta sayabilirsiniz. Hangisinin uygun olduğu, nesnelerinizin ne kadar kalabalık olduğuna, kaç görüntünüz olduğuna ve kod yazmak isteyip istemediğinize bağlıdır. Aşağıda: önce tüm seçenekler, ardından ImageJ’de ve SlideScope’ta adım adım işlemler.

SlideScope’u indirinImageJ’de hücre sayma
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFFKendi bilgisayarınızda çalışır

Hücre ve çekirdek saymanın yolları

AraçÜcretPlatformlarEn uygun olduğu kullanım
Fiji / ImageJÜcretsiz, açık kaynakWindows, macOS, LinuxTek görüntüler ve basit arka planlar; Analyze Particles, toplu işler için makrolar
QuPathÜcretsiz, açık kaynakWindows, macOS, LinuxTam slayt görüntüleri, IHC pozitif hücre sayımları, betikli projeler
CellProfilerÜcretsiz, açık kaynakWindows, macOSBüyük görüntü kümelerinde tekrarlanabilir iş akışları
Cellpose veya StarDistÜcretsiz, açık kaynakPython; Fiji, QuPath ve napari için eklentilerKalabalık veya düzensiz çekirdekler ve hücreler (derin öğrenme)
SlideScopeÜcretli; kendi görüntülerinizi saymak abonelik gerektirirWindows 10/11, macOS 14+InstanSeg veya eşikle kodsuz sayım, kalibre edilmiş yoğunluk, CSV dışa aktarma, klasör bazında toplu işlem

Kalabalık bir alanda derin öğrenme modeli, birbirine değen çekirdekleri bir eşikten çok daha iyi ayırır. Kullandığınız önceden eğitilmiş modellerin lisansını kontrol edin: bazıları yalnızca ticari olmayan kullanım içindir.

ImageJ’de (Fiji) çekirdekler nasıl sayılır?

  1. Görüntüyü Fiji’de açın (CZI, ND2 ve çoğu mikroskop biçimi Bio-Formats üzerinden açılır). Boyutların µm cinsinden çıkması için Image › Properties altında ölçeği kontrol edin.
  2. Yalnızca çekirdek kanalını (örneğin DAPI) bırakın: Image › Color › Split Channels veya tek kanallı bir görüntü için Image › Type › 8-bit.
  3. Gürültüyü azaltmak için Process › Filters › Gaussian Blur (sigma 1-2) ile hafifçe yumuşatın.
  4. Image › Adjust › Threshold ile eşik uygulayın (Otsu veya Default deneyin), ardından ikili maske oluşturmak için Apply’a tıklayın.
  5. Birbirine değen çekirdekleri Process › Binary › Watershed ile ayırın.
  6. Analyze › Analyze Particles’ı kalıntıları dışarıda bırakan bir boyut aralığıyla çalıştırın; Summarize ve Display results seçeneklerini işaretleyin. Summary penceresi sayıyı gösterir; Results tablosu her nesnenin alanını listeler.

Çok sayıda görüntü için bu adımları Plugins › Macros › Record ile kaydedin ve makroyu bir klasör üzerinde çalıştırın. Pozitif hücreler için her çekirdeğin belirteç kanalındaki yoğunluğunu ölçün ve bir eşik değeri belirleyin.

SlideScope’ta çekirdek ve hücreler nasıl sayılır (kodsuz)?

  1. Görüntüyü Windows veya Mac’te SlideScope’ta açın ve sayılacak alanı, düzlemi veya bölgeyi seçin. Büyük düzlemler düşürülmüş çözünürlükte analiz edilir; bu nedenle gigapiksellik bir slaytın bir bölgesini sayın.
  2. Çekirdek, hücre veya parçacık ile motoru seçin: çekirdekler ve hücreler için InstanSeg derin öğrenme ağırlıkları ya da Otsu otomatik seçimi, yumuşatma ve alan sınırlarıyla klasik bir eşik.
  3. Kaplamayı kontrol edin ve segmentasyonun yanlış bulduğu nesneleri hariç tutun.
  4. CSV nesne tablosu, GeoJSON sınırları (QuPath’te açılır), etiketli maske TIFF’i ve bir yöntem özeti dışa aktarın ya da ayarları bir tarif olarak kaydedip bir klasördeki her görüntünün ilk düzleminde çalıştırın.

Sonuçlar; sayımları, piksel boyutunun kayıtlı olduğu her durumda mm² başına yoğunluğu, her nesnenin alanını ve şeklini, her kanaldaki ortalama yoğunluğu ve bir veya iki belirteç kanalına göre isteğe bağlı belirteç pozitif sınıflandırmasını içerir. Segmentasyon kendi bilgisayarınızda çalışır; hiçbir şey yüklenmez. Ayrıntılar sayım sayfasında.

Hangisini seçmeli?

Birkaç temiz floresan görüntü için Fiji ücretsizdir ve yukarıdaki adımlar birkaç dakika sürer. Tam slaytlar veya IHC pozitif hücre puanlaması için standart ücretsiz seçenek QuPath’tir. Sabit bir iş akışında binlerce görüntü için CellProfiler. Sayma, ölçme ve görüntülemeyi kurulum veya betik gerektirmeden tek bir masaüstü uygulamasında, CZI, ND2, SVS, LIF ve diğer biçimler için ve görüntüleriniz kendi bilgisayarınızda kalacak şekilde istiyorsanız SlideScope’u seçin. Daha geniş bir liste için mikroskopi görüntü analizi yazılımları karşılaştırmasına bakın.

Hücre sayımı soruları

ImageJ’de hücreler nasıl sayılır?

Görüntüyü Fiji’de açın, yalnızca çekirdek veya hücre kanalını bırakın, hafifçe yumuşatın (Process › Filters › Gaussian Blur), eşik uygulayın (Image › Adjust › Threshold, ardından Apply), birbirine değen nesneleri Process › Binary › Watershed ile ayırın ve Analyze › Analyze Particles’ı bir boyut aralığıyla ve Summarize işaretli olarak çalıştırın. Özet satırı sayıyı verir.

ImageJ hücreleri otomatik olarak sayabilir mi?

Evet, temiz bir arka planda birbirinden iyi ayrılmış nesneler için: eşikleme ve Analyze Particles onları otomatik olarak sayar, bir makro da bunu bir klasör üzerinde tekrarlar. Kalabalık veya birbirine değen çekirdekler için watershed adımı ya da StarDist veya Cellpose gibi bir derin öğrenme modeli gerekir.

IHC veya floresan görüntüde pozitif hücreler nasıl sayılır?

Önce her çekirdeği tespit edin, ardından her birini bir belirteç kanalının veya boyanın yoğunluğuna göre sınıflandırın. QuPath bunu parlak alan DAB görüntülerinde Positive cell detection ile yapar; SlideScope nesneleri bir veya iki belirteç kanalına göre belirteç pozitif olarak sınıflandırır.

Kod yazmadan hücre sayabilir miyim?

Evet. Fiji, QuPath ve CellProfiler menüler üzerinden çalışır; SlideScope ise çekirdekleri ve hücreleri betik veya eklenti olmadan bir panelden sayar. Kod yalnızca özel iş akışları için gerekir.

SlideScope ücretsiz mi?

SlideScope, ücretsiz bir örnek kitaplığı (tüm araçlarla) sunan ücretli bir uygulamadır; kendi görüntüleriniz için aylık $35 başlangıç fiyatlı abonelik gerekir.

Yerleşik örnek kitaplığını tüm araçlarla ücretsiz keşfedin. Kendi görüntülerinizi açmak için abonelik gerekir: aylık $35, abone olduğunuzda faturalandırılır (PayPal veya kart) ve hesabınızdan istediğiniz zaman iptal edebilirsiniz. Yıllık faturalandırma $349.99/yıl fiyatla sunulur; bu da yaklaşık iki ay ücretsiz demektir.

SlideScope saymak için görüntülerimi yüklüyor mu?

Hayır. Segmentasyon ve ölçüm kendi bilgisayarınızda çalışır. Tek indirme model ağırlıklarıdır; SlideScope bunları yüklemeden önce SHA-256 özetlerine göre doğrular.

Kendi görüntülerinizde sayın

Sayımı yerleşik örneklerde ücretsiz deneyin, ardından abonelikle kendi görüntülerinizde sayın. Kararınızı verdiniz mi? Hemen abone olun.

SlideScope’u indirin