细胞计数

如何在显微镜图像中计数细胞和细胞核

您可以使用 Fiji（ImageJ）、QuPath 和 CellProfiler 等免费工具计数细胞核和细胞，也可以在 Windows 和 Mac 上用 SlideScope 免配置直接计数。哪种方式合适，取决于目标物体的密集程度、图像数量，以及您是否愿意编写代码。下文先介绍所有可选方式，再给出在 ImageJ 和 SlideScope 中的具体步骤。

下载 SlideScope在 ImageJ 中计数细胞
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFF在您自己的电脑上运行

计数细胞和细胞核的方法

工具费用平台最适合
Fiji / ImageJ免费，开源Windows, macOS, Linux单张图像和简单背景；Analyze Particles，批处理可用宏
QuPath免费，开源Windows, macOS, Linux全切片图像、IHC 阳性细胞计数、脚本化项目
CellProfiler免费，开源Windows, macOS针对大型图像集的可重复流程
Cellpose 或 StarDist免费，开源Python；提供 Fiji、QuPath 和 napari 插件密集或形状不规则的细胞核和细胞（深度学习）
SlideScope付费；对您自己的图像计数需要订阅Windows 10/11, macOS 14+使用 InstanSeg 或阈值进行免代码计数，校准密度，CSV 导出，文件夹批处理

对于密集的视野，深度学习模型分离相互接触的细胞核的效果远好于阈值分割。请检查您所用预训练模型的许可证：有些仅限非商业用途。

如何在 ImageJ（Fiji）中计数细胞核

  1. 在 Fiji 中打开图像（CZI、ND2 和大多数显微镜格式可通过 Bio-Formats 打开）。在 Image › Properties 中检查比例，确保尺寸以 µm 为单位输出。
  2. 只保留细胞核通道（例如 DAPI）：使用 Image › Color › Split Channels；如果是单通道图像，则使用 Image › Type › 8-bit。
  3. 使用 Process › Filters › Gaussian Blur（sigma 1-2）轻度平滑以降低噪声。
  4. 使用 Image › Adjust › Threshold 进行阈值分割（可尝试 Otsu 或 Default），然后点击 Apply 生成二值掩膜。
  5. 使用 Process › Binary › Watershed 分离相互接触的细胞核。
  6. 运行 Analyze › Analyze Particles，设置可排除碎片的尺寸范围，勾选 Summarize 和 Display results。Summary 窗口显示计数结果；Results 表列出每个物体的面积。

如有大量图像，可用 Plugins › Macros › Record 录制这些步骤，再对整个文件夹运行该宏。对于阳性细胞，测量每个细胞核在标记物通道中的强度并设定阈值。

如何在 SlideScope 中计数细胞核和细胞（无需代码）

  1. 在 Windows 或 Mac 上用 SlideScope 打开图像，并选择要计数的视野、平面或区域。大型平面会以降低的分辨率进行分析，因此对于十亿像素级切片，请选择一个区域进行计数。
  2. 选择细胞核、细胞或颗粒，并选择引擎：用于细胞核和细胞的 InstanSeg 深度学习权重，或带 Otsu 自动选择、平滑和面积限制的经典阈值方法。
  3. 检查叠加显示，并排除分割错误的物体。
  4. 导出 CSV 物体表、GeoJSON 轮廓（可在 QuPath 中打开）、带标签的掩膜 TIFF 和方法摘要，或者将设置保存为配方，并对文件夹中每幅图像的第一个平面运行。

结果包括计数、密度（只要记录了像素尺寸即以每 mm² 计）、每个物体的面积和形状、每个通道的平均强度，以及可选的基于一个或两个标记物通道的标记物阳性分类。分割在您自己的电脑上运行，不会上传任何内容。详见计数页面。

如何选择

如果只有少量干净的荧光图像，Fiji 免费，上述步骤只需几分钟。对于全切片图像或 IHC 阳性细胞评分，QuPath 是标准的免费选择。对于固定流程中的数千幅图像，选择 CellProfiler。如果您希望在一个桌面应用中完成计数、测量和查看，无需配置或脚本，支持 CZI、ND2、SVS、LIF 等格式，并将图像保留在您自己的电脑上，请选择 SlideScope。如需更完整的列表，请参阅显微镜图像分析软件对比。

细胞计数常见问题

如何在 ImageJ 中计数细胞？

在 Fiji 中打开图像，只保留细胞核或细胞通道，轻度平滑（Process › Filters › Gaussian Blur），进行阈值分割（Image › Adjust › Threshold，然后点击 Apply），用 Process › Binary › Watershed 分离相互接触的物体，然后运行 Analyze › Analyze Particles，设置尺寸范围并勾选 Summarize。摘要行即为计数结果。

ImageJ 能自动计数细胞吗？

可以，前提是物体彼此分离良好且背景干净：阈值分割加 Analyze Particles 即可自动计数，宏可以对整个文件夹重复执行。密集或相互接触的细胞核需要 watershed 步骤，或使用 StarDist、Cellpose 等深度学习模型。

如何在 IHC 或荧光图像中计数阳性细胞？

先检测所有细胞核，再根据标记物通道或染色的强度对每个细胞核进行分类。QuPath 在明场 DAB 图像上用 Positive cell detection 完成这一步；SlideScope 根据一个或两个标记物通道将物体分类为标记物阳性。

不写代码能计数细胞吗？

可以。Fiji、QuPath 和 CellProfiler 都可以通过菜单操作，SlideScope 则可以在一个面板中计数细胞核和细胞，无需脚本或插件。只有定制流程才需要代码。

SlideScope 免费吗？

SlideScope 是一款付费应用，附带免费示例库（包含所有工具）；打开您自己的图像需要订阅，$35/月起。

免费探索内置示例库，可使用所有工具。打开您自己的图像需要订阅：$35/月，订阅时扣费（PayPal 或银行卡），可随时在账户中取消。也可选择按年付费，$349.99/年，相当于约免费两个月。

SlideScope 计数时会上传我的图像吗？

不会。分割和测量都在您自己的电脑上运行。唯一需要下载的是模型权重，SlideScope 会在加载前根据其 SHA-256 摘要进行校验。

在您自己的图像上计数

先在内置示例上免费试用计数功能，订阅后即可对您自己的图像计数。已经决定了？立即订阅。

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