Cellen tellen

Zo tel je cellen en kernen in microscopiebeelden

Je kunt kernen en cellen tellen met gratis tools zoals Fiji (ImageJ), QuPath en CellProfiler, of zonder enige configuratie in SlideScope op Windows en Mac. Welke past, hangt af van hoe dicht je objecten op elkaar liggen, hoeveel beelden je hebt en of je code wilt schrijven. Hieronder: alle opties, en daarna de precieze stappen in ImageJ en in SlideScope.

SlideScope downloadenCellen tellen in ImageJ
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFFDraait op je eigen computer

Manieren om cellen en kernen te tellen

ToolKostenPlatformsHet best voor
Fiji / ImageJGratis, open sourceWindows, macOS, LinuxLosse beelden en eenvoudige achtergronden; Analyze Particles, macro's voor batches
QuPathGratis, open sourceWindows, macOS, LinuxWhole-slide-beelden, tellingen van IHC-positieve cellen, projecten met scripts
CellProfilerGratis, open sourceWindows, macOSReproduceerbare pipelines over grote beeldsets
Cellpose of StarDistGratis, open sourcePython; plug-ins voor Fiji, QuPath en napariDicht opeengepakte of onregelmatige kernen en cellen (deep learning)
SlideScopeBetaald; voor tellen in je eigen beelden heb je een abonnement nodigWindows 10/11, macOS 14+Tellen zonder code met InstanSeg of een drempel, gekalibreerde dichtheid, CSV-export, batches per map

In een druk veld scheidt een deep-learningmodel kernen die elkaar raken veel beter dan een drempel. Controleer de licentie van elk voorgetraind model dat je gebruikt: sommige zijn alleen voor niet-commercieel gebruik.

Zo tel je kernen in ImageJ (Fiji)

  1. Open het beeld in Fiji (CZI, ND2 en de meeste microscoopformaten openen via Bio-Formats). Controleer de schaal onder Image › Properties, zodat afmetingen in µm uitkomen.
  2. Houd alleen het kernkanaal over (bijvoorbeeld DAPI): Image › Color › Split Channels, of Image › Type › 8-bit voor een beeld met één kanaal.
  3. Vervaag licht met Process › Filters › Gaussian Blur (sigma 1-2) om ruis te verminderen.
  4. Zet een drempel met Image › Adjust › Threshold (probeer Otsu of Default) en kies daarna Apply om een binair masker te maken.
  5. Scheid kernen die elkaar raken met Process › Binary › Watershed.
  6. Voer Analyze › Analyze Particles uit met een groottebereik dat debris uitsluit, en vink Summarize en Display results aan. Het venster Summary toont het aantal; de tabel Results geeft het oppervlak van elk object.

Heb je veel beelden, neem deze stappen dan op met Plugins › Macros › Record en voer de macro uit over een map. Voor positieve cellen meet je de intensiteit van elke kern in het markerkanaal en stel je een drempelwaarde in.

Zo tel je kernen en cellen in SlideScope (zonder code)

  1. Open het beeld in SlideScope op Windows of Mac en kies het veld, het vlak of de regio om te tellen. Grote vlakken worden op lagere resolutie geanalyseerd, dus tel een regio van een gigapixelcoupe.
  2. Kies kernen, cellen of deeltjes, en de engine: InstanSeg-deep-learninggewichten voor kernen en cellen, of een klassieke drempel met automatische Otsu-selectie, gladstrijken en oppervlaktegrenzen.
  3. Controleer de overlay en sluit elk object uit dat de segmentatie verkeerd heeft gedaan.
  4. Exporteer een CSV-tabel met objecten, GeoJSON-contouren (die openen in QuPath), een gelabelde masker-TIFF en een samenvatting van de methode, of sla de instellingen op als recept en voer dat uit op het eerste vlak van elk beeld in een map.

De resultaten bevatten tellingen, dichtheid per mm² overal waar de pixelgrootte is vastgelegd, oppervlak en vorm van elk object, gemiddelde intensiteit in elk kanaal, en optioneel een indeling als markerpositief op basis van één of twee markerkanalen. Segmentatie draait op je eigen computer; er wordt niets geüpload. Meer op de pagina over tellen.

Wat kies je

Voor een handvol schone fluorescentiebeelden is Fiji gratis en kosten de stappen hierboven een paar minuten. Voor hele coupes of het scoren van IHC-positieve cellen is QuPath de standaard gratis keuze. Voor duizenden beelden in een vaste pipeline: CellProfiler. Kies SlideScope als je tellen, meten en bekijken wilt in één desktopapp zonder configuratie of scripts, voor CZI, ND2, SVS, LIF en andere formaten, terwijl je beelden op je eigen computer blijven. Voor een bredere lijst, zie de vergelijking van software voor microscopiebeeldanalyse.

Vragen over cellen tellen

Hoe tel ik cellen in ImageJ?

Open het beeld in Fiji, houd alleen het kern- of celkanaal over, vervaag het licht (Process › Filters › Gaussian Blur), zet er een drempel op (Image › Adjust › Threshold, dan Apply), scheid objecten die elkaar raken met Process › Binary › Watershed, en voer Analyze › Analyze Particles uit met een groottebereik en Summarize aangevinkt. De samenvattingsrij is het aantal.

Kan ImageJ cellen automatisch tellen?

Ja, voor goed gescheiden objecten op een schone achtergrond: een drempel plus Analyze Particles telt ze automatisch, en een macro herhaalt dat over een map. Dicht opeengepakte kernen of kernen die elkaar raken hebben de watershed-stap nodig of een deep-learningmodel zoals StarDist of Cellpose.

Hoe tel ik positieve cellen in een IHC- of fluorescentiebeeld?

Detecteer eerst elke kern en deel ze daarna in op basis van de intensiteit van een markerkanaal of kleuring. QuPath doet dat met Positive cell detection op DAB-beelden in helderveld; SlideScope deelt objecten in als markerpositief op basis van één of twee markerkanalen.

Kan ik cellen tellen zonder te programmeren?

Ja. Fiji, QuPath en CellProfiler werken allemaal via menu's, en SlideScope telt kernen en cellen vanuit een paneel zonder scripts of plug-ins. Code is alleen nodig voor eigen pipelines.

Is SlideScope gratis?

SlideScope is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool); voor je eigen beelden heb je een abonnement nodig vanaf $35/maand.

Verken de ingebouwde voorbeeldbibliotheek gratis, met elke tool. Voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig: $35/maand, gefactureerd wanneer je je abonneert (PayPal of kaart), en je kunt altijd opzeggen vanuit je account. Jaarlijkse facturering is beschikbaar voor $349.99/jaar, wat neerkomt op ongeveer twee maanden gratis.

Uploadt SlideScope mijn beelden om ze te tellen?

Nee. Segmentatie en metingen draaien op je eigen computer. Het enige dat wordt gedownload zijn de modelgewichten, en die controleert SlideScope aan de hand van hun SHA-256-digest voordat ze worden geladen.

Tel in je eigen beelden

Probeer gratis te tellen op de ingebouwde voorbeelden en tel daarna je eigen beelden met een abonnement. Al besloten? Nu abonneren.

SlideScope downloaden