세포 계수

현미경 이미지에서 세포와 핵을 계수하는 방법

Fiji(ImageJ), QuPath, CellProfiler 같은 무료 도구로 핵과 세포를 계수할 수도 있고, Windows와 Mac에서 SlideScope로 아무 설정 없이 계수할 수도 있습니다. 어느 쪽이 맞는지는 대상이 얼마나 밀집해 있는지, 이미지가 몇 장인지, 코드를 작성할 의향이 있는지에 따라 달라집니다. 아래에서 모든 방법을 살펴본 다음, ImageJ와 SlideScope에서의 정확한 단계를 안내합니다.

SlideScope 다운로드ImageJ에서 세포 계수
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFF내 컴퓨터에서 실행

세포와 핵을 계수하는 방법

도구비용플랫폼가장 적합한 용도
Fiji / ImageJ무료, 오픈 소스Windows, macOS, Linux단일 이미지와 단순한 배경, Analyze Particles, 일괄 처리용 매크로
QuPath무료, 오픈 소스Windows, macOS, Linux전체 슬라이드 이미지, IHC 양성 세포 계수, 스크립트 기반 프로젝트
CellProfiler무료, 오픈 소스Windows, macOS대규모 이미지 세트에 대한 재현 가능한 파이프라인
Cellpose 또는 StarDist무료, 오픈 소스Python, Fiji, QuPath, napari용 플러그인밀집하거나 모양이 불규칙한 핵과 세포(딥러닝)
SlideScope유료, 내 이미지를 계수하려면 구독 필요Windows 10/11, macOS 14+InstanSeg 또는 임계값을 이용한 코드 없는 계수, 교정된 밀도, CSV 내보내기, 폴더 일괄 처리

밀집된 시야에서는 딥러닝 모델이 맞닿은 핵을 임계값보다 훨씬 잘 분리합니다. 사용하는 사전 학습 모델의 라이선스를 확인하세요. 일부는 비상업적 용도로만 사용할 수 있습니다.

ImageJ(Fiji)에서 핵을 계수하는 방법

  1. Fiji에서 이미지를 엽니다(CZI, ND2 및 대부분의 현미경 형식은 Bio-Formats를 통해 열립니다). 크기가 µm 단위로 나오도록 Image › Properties에서 스케일을 확인합니다.
  2. 핵 채널(예: DAPI)만 남깁니다. Image › Color › Split Channels를 쓰거나, 단일 채널 이미지라면 Image › Type › 8-bit를 씁니다.
  3. 노이즈를 줄이기 위해 Process › Filters › Gaussian Blur(sigma 1-2)로 살짝 평활화합니다.
  4. Image › Adjust › Threshold로 임계값을 설정한 다음(Otsu 또는 Default를 시도), Apply를 눌러 이진 마스크를 만듭니다.
  5. Process › Binary › Watershed로 맞닿은 핵을 분리합니다.
  6. 부스러기를 제외하는 크기 범위로 Analyze › Analyze Particles를 실행하고, Summarize와 Display results에 체크합니다. Summary 창에 개수가 표시되고, Results 표에 각 객체의 면적이 나열됩니다.

이미지가 많다면 Plugins › Macros › Record로 이 단계를 기록하고 폴더 전체에 매크로를 실행하세요. 양성 세포를 세려면 마커 채널에서 각 핵의 강도를 측정하고 기준값을 정하세요.

SlideScope에서 핵과 세포를 계수하는 방법(코드 없이)

  1. Windows나 Mac의 SlideScope에서 이미지를 열고, 계수할 시야, 평면 또는 영역을 선택합니다. 큰 평면은 낮춘 해상도로 분석되므로, 기가픽셀 슬라이드는 일부 영역을 계수하세요.
  2. 핵, 세포 또는 입자를 고르고 엔진을 선택합니다. 핵과 세포를 위한 InstanSeg 딥러닝 가중치, 또는 Otsu 자동 선택, 평활화, 면적 제한을 갖춘 고전적인 임계값 방식이 있습니다.
  3. 오버레이를 확인하고, 분할이 잘못된 객체는 제외합니다.
  4. CSV 객체 표, GeoJSON 윤곽선(QuPath에서 열 수 있음), 라벨 마스크 TIFF, 방법 요약을 내보내거나, 설정을 레시피로 저장해 폴더 안 모든 이미지의 첫 번째 평면에 실행합니다.

결과에는 개수, 픽셀 크기가 기록된 경우 mm²당 밀도, 모든 객체의 면적과 형태, 모든 채널의 평균 강도, 그리고 선택적으로 한두 개 마커 채널 기준의 마커 양성 분류가 포함됩니다. 분할은 내 컴퓨터에서 실행되며, 아무것도 업로드되지 않습니다. 자세한 내용은 계수 페이지를 참고하세요.

무엇을 선택할까

깨끗한 형광 이미지 몇 장이라면 Fiji가 무료이고 위 단계는 몇 분이면 끝납니다. 전체 슬라이드나 IHC 양성 세포 판정에는 QuPath가 표준적인 무료 선택입니다. 고정된 파이프라인으로 수천 장을 처리한다면 CellProfiler입니다. CZI, ND2, SVS, LIF 등 여러 형식에서 설정이나 스크립트 없이 계수, 측정, 보기를 하나의 데스크톱 앱에서 하고, 이미지를 내 컴퓨터에 두고 싶다면 SlideScope를 선택하세요. 더 많은 목록은 현미경 이미지 분석 소프트웨어 비교를 참고하세요.

세포 계수에 관한 질문

ImageJ에서 세포는 어떻게 계수하나요?

Fiji에서 이미지를 열고, 핵 또는 세포 채널만 남긴 다음, 살짝 평활화하고(Process › Filters › Gaussian Blur), 임계값을 적용하고(Image › Adjust › Threshold 후 Apply), Process › Binary › Watershed로 맞닿은 객체를 분리한 뒤, 크기 범위를 지정하고 Summarize에 체크해 Analyze › Analyze Particles를 실행하세요. 요약 행의 값이 개수입니다.

ImageJ로 세포를 자동으로 계수할 수 있나요?

네, 깨끗한 배경에서 잘 떨어져 있는 객체라면 가능합니다. 임계값과 Analyze Particles로 자동 계수되며, 매크로로 폴더 전체에 반복할 수 있습니다. 밀집하거나 맞닿은 핵에는 watershed 단계나 StarDist, Cellpose 같은 딥러닝 모델이 필요합니다.

IHC 또는 형광 이미지에서 양성 세포는 어떻게 계수하나요?

먼저 모든 핵을 검출한 다음, 마커 채널이나 염색의 강도로 각 핵을 분류합니다. QuPath는 명시야 DAB 이미지에서 Positive cell detection으로 이를 수행하며, SlideScope는 한두 개의 마커 채널을 기준으로 객체를 마커 양성으로 분류합니다.

코딩 없이 세포를 계수할 수 있나요?

네. Fiji, QuPath, CellProfiler는 모두 메뉴로 작동하며, SlideScope는 스크립트나 플러그인 없이 패널에서 핵과 세포를 계수합니다. 코드는 맞춤 파이프라인에만 필요합니다.

SlideScope는 무료인가요?

SlideScope는 무료 샘플 라이브러리(모든 도구 포함)가 있는 유료 앱이며, 내 이미지를 열려면 월 $35부터 시작하는 구독이 필요합니다.

내장 샘플 라이브러리는 모든 도구와 함께 무료로 둘러볼 수 있습니다. 내 이미지를 열려면 구독이 필요합니다. 월 $35이며 구독하는 시점에 청구되고(PayPal 또는 카드), 계정에서 언제든지 취소할 수 있습니다. 연간 결제는 연 $349.99로, 약 두 달 무료에 해당합니다.

SlideScope는 계수하려고 내 이미지를 업로드하나요?

아닙니다. 분할과 측정은 내 컴퓨터에서 실행됩니다. 다운로드되는 것은 모델 가중치뿐이며, SlideScope는 불러오기 전에 SHA-256 다이제스트와 대조해 확인합니다.

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