Contagem de células

Como contar células e núcleos em imagens de microscopia

Você pode contar núcleos e células com ferramentas gratuitas como o Fiji (ImageJ), o QuPath e o CellProfiler, ou sem nenhuma configuração no SlideScope, no Windows e no Mac. A opção certa depende de quão aglomerados estão os seus objetos, de quantas imagens você tem e de se você quer escrever código. A seguir: todas as opções e, depois, os passos exatos no ImageJ e no SlideScope.

Baixar o SlideScopeContar células no ImageJ
ImageJ, QuPath, CellProfiler, SlideScopeCZI, ND2, SVS, TIFFRoda no seu próprio computador

Formas de contar células e núcleos

FerramentaCustoPlataformasMelhor para
Fiji / ImageJGratuito, de código abertoWindows, macOS, LinuxImagens isoladas e fundos simples; Analyze Particles, macros para lotes
QuPathGratuito, de código abertoWindows, macOS, LinuxImagens de lâminas inteiras, contagem de células positivas em IHQ, projetos com scripts
CellProfilerGratuito, de código abertoWindows, macOSPipelines reprodutíveis sobre grandes conjuntos de imagens
Cellpose ou StarDistGratuito, de código abertoPython; plugins para Fiji, QuPath e napariNúcleos e células aglomerados ou irregulares (deep learning)
SlideScopePago; contar nas suas próprias imagens exige uma assinaturaWindows 10/11, macOS 14+Contagem sem programação com InstanSeg ou limiar, densidade calibrada, exportação em CSV, lotes por pasta

Em um campo aglomerado, um modelo de deep learning separa núcleos que se tocam muito melhor do que um limiar. Verifique a licença de qualquer modelo pré-treinado que você usar: alguns são apenas para uso não comercial.

Como contar núcleos no ImageJ (Fiji)

  1. Abra a imagem no Fiji (CZI, ND2 e a maioria dos formatos de microscópio abrem pelo Bio-Formats). Confira a escala em Image › Properties para que os tamanhos saiam em µm.
  2. Mantenha só o canal nuclear (por exemplo, DAPI): Image › Color › Split Channels, ou Image › Type › 8-bit para uma imagem de canal único.
  3. Suavize levemente com Process › Filters › Gaussian Blur (sigma 1-2) para reduzir o ruído.
  4. Aplique um limiar com Image › Adjust › Threshold (experimente Otsu ou Default) e depois Apply para criar uma máscara binária.
  5. Separe núcleos que se tocam com Process › Binary › Watershed.
  6. Execute Analyze › Analyze Particles com uma faixa de tamanho que exclua detritos e marque Summarize e Display results. A janela Summary mostra a contagem; a tabela Results lista a área de cada objeto.

Para muitas imagens, grave esses passos com Plugins › Macros › Record e execute a macro sobre uma pasta. Para células positivas, meça a intensidade de cada núcleo no canal do marcador e defina um ponto de corte.

Como contar núcleos e células no SlideScope (sem programação)

  1. Abra a imagem no SlideScope, no Windows ou no Mac, e escolha o campo, o plano ou a região a contar. Planos grandes são analisados em resolução reduzida, então conte em uma região de uma lâmina de gigapixels.
  2. Escolha núcleos, células ou partículas, e o mecanismo: pesos de deep learning InstanSeg para núcleos e células, ou um limiar clássico com seleção automática de Otsu, suavização e limites de área.
  3. Confira a sobreposição e exclua qualquer objeto que a segmentação tenha errado.
  4. Exporte uma tabela de objetos em CSV, contornos em GeoJSON (eles abrem no QuPath), uma máscara rotulada em TIFF e um resumo de métodos, ou salve as configurações como uma receita e execute-a sobre o primeiro plano de cada imagem de uma pasta.

Os resultados incluem contagens, densidade por mm² sempre que o tamanho do pixel estiver registrado, área e forma de cada objeto, intensidade média em cada canal e, opcionalmente, classificação de positividade para marcadores em relação a um ou dois canais de marcador. A segmentação roda no seu próprio computador; nada é enviado. Mais detalhes na página de contagem.

Qual escolher

Para algumas poucas imagens de fluorescência limpas, o Fiji é gratuito e os passos acima levam minutos. Para lâminas inteiras ou pontuação de células positivas em IHQ, o QuPath é a escolha gratuita padrão. Para milhares de imagens em um pipeline fixo, o CellProfiler. Escolha o SlideScope quando quiser contar, medir e visualizar em um único aplicativo para desktop, sem configuração nem scripts, para CZI, ND2, SVS, LIF e outros formatos, com as imagens mantidas no seu próprio computador. Para uma lista mais ampla, veja a comparação de softwares de análise de imagens de microscopia.

Perguntas sobre contagem de células

Como conto células no ImageJ?

Abra a imagem no Fiji, mantenha só o canal nuclear ou celular, suavize levemente (Process › Filters › Gaussian Blur), aplique um limiar (Image › Adjust › Threshold e depois Apply), separe objetos que se tocam com Process › Binary › Watershed e execute Analyze › Analyze Particles com uma faixa de tamanho e Summarize marcado. A linha de resumo é a contagem.

O ImageJ consegue contar células automaticamente?

Sim, para objetos bem separados sobre um fundo limpo: o limiar mais o Analyze Particles os contam automaticamente, e uma macro repete o processo sobre uma pasta. Núcleos aglomerados ou que se tocam exigem a etapa de watershed ou um modelo de deep learning como o StarDist ou o Cellpose.

Como conto células positivas em uma imagem de IHQ ou de fluorescência?

Detecte primeiro todos os núcleos e depois classifique cada um pela intensidade de um canal de marcador ou de uma coloração. O QuPath faz isso com o Positive cell detection em imagens DAB de campo claro; o SlideScope classifica objetos como positivos para marcadores em relação a um ou dois canais de marcador.

Posso contar células sem programar?

Sim. O Fiji, o QuPath e o CellProfiler funcionam por menus, e o SlideScope conta núcleos e células a partir de um painel, sem scripts nem plugins. Código só é necessário para pipelines personalizados.

O SlideScope é gratuito?

O SlideScope é um aplicativo pago com uma biblioteca de amostras gratuita (todas as ferramentas); suas próprias imagens exigem uma assinatura a partir de $35/mês.

Explore de graça a biblioteca de amostras incluída, com todas as ferramentas. Para abrir suas próprias imagens, é preciso uma assinatura: $35/mês, cobrada no momento da assinatura (PayPal ou cartão), e você pode cancelar quando quiser na sua conta. Também há cobrança anual por $349.99/ano, o que equivale a cerca de dois meses grátis.

O SlideScope envia minhas imagens para contá-las?

Não. A segmentação e a medição rodam no seu próprio computador. O único download são os pesos do modelo, que o SlideScope confere com o hash SHA-256 deles antes de carregá-los.

Conte nas suas próprias imagens

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