Порівнюйте групи обробки в межах усього мікроскопічного експерименту
Розподіліть зображення з папки за групами обробки, зразками й повторами. Застосуйте один рецепт підрахунку або оцінки ІГХ до кожного зображення, а потім порівняйте групи на точковій діаграмі із середнім ± SD і відповідним статистичним тестом, де n — кількість зразків, а не зображень чи клітин. Викиди та неузгоджені повтори потрапляють у чергу на перевірку, а всі таблиці, графіки й абзац для розділу «Методи» експортуються для вашої статті.
Групи обробки, зразки й повториОдин рецепт для кожного зображенняn = зразки, а не зображення
Чому ручне порівняння груп обробки підводить
Різні налаштування для різних зображень
Коли кожне зображення рахують окремо, поріг або ділянка потроху змінюються від зображення до зображення, і різниця між групами може пояснюватися налаштуваннями, а не біологією.
Завищене n
Якщо вважати кожне зображення або кожну клітину незалежним спостереженням, n стає набагато більшим за кількість тварин чи культур, а p-значення виглядають переконливішими, ніж дозволяє експеримент.
Викиди, які ніхто не перевірив
Одне розфокусоване поле або складка тканини можуть зсунути результат цілого зразка. У таблиці з числами ніщо не вкаже вам на зображення, яке до цього призвело.
Як влаштований експеримент у SlideScope
Відкрийте папку в SlideScope. Вона відкриється як набір даних з усіх зображень усередині, у будь-якому з форматів, які читає SlideScope: CZI, ND2, SVS, NDPI, OME-TIFF, LIF та інших.
Організуйте її як експеримент. Призначте кожному зображенню групу обробки, зразок і повтор, імпортувавши таблицю зразків або прийнявши пропозиції на основі назв файлів. Зображення можна виключити із зазначенням причини: воно залишається в записі, і його можна повернути. Експеримент — це невеликий файл поруч із зображеннями, тож він переноситься разом із папкою.
Застосуйте один рецепт до кожного зображення (Plus). Ті самі налаштування Quantify підраховують ядра, клітини або частинки й оцінюють DAB на кожному зображенні, тож усі числа отримано однаковим способом.
Порівняйте групи обробки (Plus). Виберіть показник, і SlideScope побудує по одній точці на зразок із середнім і SD для кожної групи та виконає відповідні тести.
Перевірте й експортуйте. Відкрийте будь-яке позначене зображення з черги на перевірку, виправте клас об’єкта або ступінь ІГХ і експортуйте таблиці за зображеннями, зразками й групами, графік і абзац для розділу «Методи».
Папка, організована як експеримент: 2 групи обробки, 6 зразків, 13 зображень. Приклад даних: фрагменти ІГХ на BrdU від EPFL (CC BY 4.0); назви груп і зразків вигадано для демонстрації.
Статистика і чому n — це кількість зразків
Зображення й клітини однієї тварини, пацієнта чи культури не є незалежними. SlideScope спершу усереднює зображення кожного зразка, а потім виконує тести за одним значенням на зразок, тож n дорівнює кількості біологічних повторів, які у вас справді є.
Групи обробки
Тести, які виконує SlideScope
Як відображаються
Дві
t-критерій Велча (без припущення про рівність дисперсій) і U-критерій Манна — Вітні (ранговий)
Точкова діаграма всіх зразків, середнє ± SD, n для кожної групи
Три й більше
Однофакторний дисперсійний аналіз (ANOVA) і H-критерій Краскела — Волліса (ранговий)
Такі самі графік і таблиця для кожної групи
Можна порівняти будь-яке значення, яке рецепт отримав для кожного зображення: кількість об’єктів, щільність на мм², відсоток позитивних, H-score, бал Allred, середню площу об’єкта або середню інтенсивність у кожному каналі.
Порівняння в SlideScope 1.22: по одній точці на зразок, середнє й SD для кожної групи, обидва тести та попередження про зображення, що сильно відрізняється від решти зображень свого зразка. Приклад даних, як вище.
Перевірки, перш ніж довіряти різниці
Зображення-викиди: зображення, що сильно відрізняється від інших зображень свого зразка (робастна z-оцінка понад 3.5), позначається й потрапляє в чергу на перевірку.
Неузгоджені повтори: позначається група, зразки якої сильно різняться (коефіцієнт варіації понад 0.5).
Замало зразків: позначається група, у якій менше трьох зразків, бо жоден тест не скаже про неї багато.
Якість зображення: результати із замалою кількістю об’єктів, пікселями, обрізаними за яскравістю, або поганим слайдом позначаються тими самими перевірками, які Quantify застосовує до одного зображення.
Виправлення фіксуються: об’єкти, яким ви змінили клас чи ступінь, і зображення, виключені із зазначенням причини, записуються в експортований текст методів.
Чого він не робить
Він не виконує попарних апостеріорних тестів після ANOVA, змішаних моделей чи розрахунку потужності. Для цього експортуйте таблицю зразків у Prism, R або Python.
Він порівнює значення, отримані одним рецептом; рецепт і показник за вас він не обирає.
Ask Your Slide відповідає на запитання про відкрите зображення. На запитання про цілий експеримент він поки що не відповідає.
Він призначений для досліджень. Це не діагностична система, а статистично значуща різниця — не клінічна знахідка.
Запитання про аналіз експериментів
Як порівняти групи обробки на мікроскопічних зображеннях?
Відкрийте папку в SlideScope й організуйте її зображення як експеримент: групи обробки, зразки й повтори — з таблиці зразків або за пропозиціями на основі назв файлів. У SlideScope Plus застосуйте один рецепт Quantify до кожного зображення, потім виберіть порівняння (Compare): SlideScope усереднить зображення кожного зразка, побудує по одній точці на зразок із середнім і SD для кожної групи та виконає t-критерій Велча й тест Манна — Вітні для двох груп або ANOVA й тест Краскела — Волліса для більшої кількості груп.
Чому n — це кількість зразків, а не зображень чи клітин?
Зображення й клітини однієї тварини, пацієнта чи культури не є незалежними, тож якщо рахувати їх окремими спостереженнями, n завищується, а відмінності здаються певнішими, ніж є насправді. SlideScope спершу усереднює зображення кожного зразка й виконує тести за одним значенням на зразок.
Які показники можна порівнювати?
Будь-яке значення, яке рецепт Quantify отримав для кожного зображення: кількість об’єктів, щільність на мм², відсоток позитивних, H-score, бал Allred, середню площу об’єкта й середню інтенсивність у кожному каналі.
Чи входить аналіз експериментів до кожного плану?
Організація зображень в експеримент входить до кожного плану. Для застосування одного рецепта до всього експерименту, порівняння груп обробки й перевірки результатів запуску потрібен SlideScope Plus. Сам Quantify — для одного зображення чи папки — доступний у кожному плані.
Чи замінює SlideScope статистичний пакет?
Ні. Він виконує стандартні тести для двох і кількох груп за одним значенням на зразок і показує їх разом із вихідними даними. Попарних апостеріорних тестів після ANOVA, змішаних моделей і розрахунку потужності він не виконує; для цього експортуйте таблицю зразків у Prism, R або Python.
Швидкі відповіді
Найкраще підходить: дослідницьким групам, які порівнюють варіанти обробки, генотипи або часові точки на багатьох зображеннях забарвлених зрізів, культур чи органоїдів і хочуть, щоб кожне зображення підраховувалося однаково, а n зазначалося правильно.
Ключові переваги: один рецепт для кожного зображення, зразок як статистична одиниця, перевірка викидів і повторів із чергою на перевірку, експорт з абзацом для розділу «Методи».
Важливе обмеження: лише стандартні тести для двох і кількох груп; без апостеріорних тестів і змішаних моделей.
Востаннє переглянуто: 11 листопада 2026 р.
Підрахуйте весь експеримент однаково
Завантажте SlideScope, спробуйте Quantify на безкоштовній бібліотеці зразків і проведіть свій експеримент у SlideScope Plus.
