Eksperymenty · od wersji SlideScope 1.22.0

Porównuj grupy eksperymentalne w całym eksperymencie mikroskopowym

Uporządkuj folder obrazów według grup eksperymentalnych, próbek i powtórzeń. Uruchom jedną recepturę zliczania lub oceny IHC na każdym obrazie, a potem porównaj grupy na wykresie punktowym ze średnią ± SD i właściwym testem statystycznym, przy czym n to liczba próbek, a nie obrazów czy komórek. Wartości odstające i niezgodne powtórzenia trafiają do kolejki do przeglądu, a każdą tabelę, wykres i akapit do sekcji Metody możesz wyeksportować do publikacji.

Pobierz SlideScope Zobacz plany

Grupy, próbki i powtórzenia Jedna receptura na każdym obrazie n = próbki, nie obrazy

Dlaczego ręczne porównywanie grup zawodzi

Różne ustawienia dla każdego obrazu

Liczenie każdego obrazu osobno sprzyja drobnym zmianom progu lub obszaru między obrazami, a wtedy różnica między grupami może wynikać z ustawień, a nie z biologii.

Zawyżone n

Traktowanie każdego obrazu, a nawet każdej komórki, jako niezależnej obserwacji sprawia, że n jest znacznie większe niż liczba zwierząt lub hodowli, a wartości p wyglądają bardziej przekonująco, niż uzasadnia to eksperyment.

Wartości odstające, których nikt nie obejrzał

Jedno nieostre pole albo fałd tkanki może przesunąć wynik całej próbki. W arkuszu pełnym liczb nic nie wskaże Ci obrazu, który to spowodował.

Jak działa eksperyment w SlideScope

Otwórz folder w SlideScope. Otworzy się jako zbiór danych ze wszystkimi obrazami w środku, w dowolnym formacie odczytywanym przez SlideScope: CZI, ND2, SVS, NDPI, OME-TIFF, LIF i innych.
Uporządkuj go jako eksperyment. Przypisz każdemu obrazowi grupę, próbkę i powtórzenie, importując arkusz próbek albo akceptując podpowiedzi na podstawie nazw plików. Wyklucz obraz, podając powód: pozostaje w dokumentacji i można go przywrócić. Eksperyment to mały plik obok obrazów, więc przenosi się razem z folderem.
Uruchom jedną recepturę na każdym obrazie (Plus). Te same ustawienia Quantify zliczają jądra, komórki lub cząstki i oceniają DAB na każdym obrazie, więc każda liczba powstaje w ten sam sposób.
Porównaj grupy (Plus). Wybierz pomiar, a SlideScope narysuje po jednym punkcie na próbkę ze średnią i SD każdej grupy i wykona odpowiednie testy.
Przejrzyj i wyeksportuj. Otwórz z kolejki do przeglądu dowolny oznaczony obraz, popraw klasę lub stopień IHC obiektu i wyeksportuj tabele obrazów, próbek i grup, wykres oraz akapit do sekcji Metody.

Zbiór danych uporządkowany w grupy nośnik i lek, z próbką i powtórzeniem dla każdego obrazu oraz przyciskami Run recipe i Compare — Folder uporządkowany jako eksperyment: 2 grupy, 6 próbek, 13 obrazów. Dane przykładowe: wycinki EPFL BrdU IHC (CC BY 4.0), z nazwami grup i próbek wymyślonymi na potrzeby demonstracji.

Statystyka i dlaczego n to liczba próbek

Obrazy i komórki pochodzące od tego samego zwierzęcia, pacjenta lub z tej samej hodowli nie są niezależne. SlideScope najpierw uśrednia obrazy każdej próbki, a potem wykonuje testy na jednej wartości na próbkę, więc n to liczba powtórzeń biologicznych, które faktycznie masz.

Grupy	Testy wykonywane przez SlideScope	Prezentacja
Dwie	Test t Welcha (bez założenia równości wariancji) i test U Manna-Whitneya (rangowy)	Wykres punktowy wszystkich próbek, średnia ± SD, n dla każdej grupy
Trzy lub więcej	Jednoczynnikowa ANOVA i test H Kruskala-Wallisa (rangowy)	Ten sam wykres i tabela dla każdej grupy

Możesz porównać każdą wartość, którą receptura wyznaczyła dla każdego obrazu: liczbę obiektów, gęstość na mm², odsetek dodatnich, H-score, wynik Allreda, średnią powierzchnię obiektu lub średnią intensywność w każdym kanale.

Wykres punktowy odsetka dodatnich jąder w każdej próbce dla grup nośnik i lek, po n = 3, z wynikami testu t Welcha i testu Manna-Whitneya oraz ostrzeżeniem o wartości odstającej — Compare w SlideScope 1.22: jeden punkt na próbkę, średnia i SD każdej grupy, oba testy oraz ostrzeżenie o obrazie znacznie odbiegającym od pozostałych obrazów swojej próbki. Dane przykładowe jak wyżej.

Sprawdzenia, zanim zaufasz różnicy

Obrazy odstające: obraz znacznie odbiegający od pozostałych obrazów swojej próbki (odporna wartość z powyżej 3,5) jest oznaczany i trafia do kolejki do przeglądu.
Niezgodne powtórzenia: grupa, której próbki bardzo się różnią (współczynnik zmienności powyżej 0,5), jest oznaczana.
Za mało próbek: grupa z mniej niż trzema próbkami jest oznaczana, bo żaden test niewiele o niej powie.
Jakość obrazu: wyniki ze zbyt małą liczbą obiektów, przyciętymi pikselami lub słabym preparatem są oznaczane tymi samymi testami jakości, których Quantify używa dla pojedynczego obrazu.
Udokumentowane poprawki: obiekty, którym zmienisz klasę lub stopień, oraz obrazy wykluczone z podaniem powodu są zapisywane w wyeksportowanym tekście do sekcji Metody.

Czego nie robi

Nie wykonuje testów post hoc dla par po ANOVA, modeli mieszanych ani analiz mocy. Do tego wyeksportuj tabelę próbek do Prism, R lub Pythona.
Porównuje wartości wyznaczone przez jedną recepturę; nie wybiera za Ciebie receptury ani pomiaru.
Ask Your Slide odpowiada na pytania o otwarty obraz. Na pytania o cały eksperyment jeszcze nie odpowiada.
Służy do badań. Nie jest systemem diagnostycznym, a istotna statystycznie różnica nie jest wynikiem klinicznym.

Pytania o analizę eksperymentów

Jak porównać grupy eksperymentalne na obrazach mikroskopowych?

Otwórz folder w SlideScope i uporządkuj jego obrazy jako eksperyment: grupy, próbki i powtórzenia, z arkusza próbek lub z podpowiedzi opartych na nazwach plików. W SlideScope Plus uruchom jedną recepturę Quantify na każdym obrazie, a potem wybierz Compare: SlideScope uśrednia obrazy każdej próbki, rysuje jeden punkt na próbkę ze średnią i SD każdej grupy i wykonuje test t Welcha i test Manna-Whitneya dla dwóch grup albo ANOVA i test Kruskala-Wallisa dla większej liczby.

Dlaczego n to liczba próbek, a nie obrazów czy komórek?

Obrazy i komórki pochodzące od tego samego zwierzęcia, pacjenta lub z tej samej hodowli nie są niezależne, więc liczenie ich jako osobnych obserwacji zawyża n i sprawia, że różnice wyglądają na pewniejsze, niż są. SlideScope najpierw uśrednia obrazy każdej próbki i wykonuje testy na jednej wartości na próbkę.

Jakie pomiary mogę porównać?

Każdą wartość, którą receptura Quantify wyznaczyła dla każdego obrazu: liczbę obiektów, gęstość na mm², odsetek dodatnich, H-score, wynik Allreda, średnią powierzchnię obiektu i średnią intensywność w każdym kanale.

Czy analiza eksperymentów jest dostępna w każdym planie?

Porządkowanie obrazów w eksperyment jest dostępne w każdym planie. Uruchamianie jednej receptury w całym eksperymencie, porównywanie grup i przegląd wyników przebiegu wymagają SlideScope Plus. Samo Quantify, na jednym obrazie lub w folderze, jest dostępne w każdym planie.

Czy SlideScope zastępuje pakiet statystyczny?

Nie. Wykonuje standardowe testy dla dwóch i wielu grup na jednej wartości na próbkę i przedstawia je razem z danymi, z których wynikają. Nie wykonuje testów post hoc dla par po ANOVA, modeli mieszanych ani analiz mocy; do tego wyeksportuj tabelę próbek do Prism, R lub Pythona.

Szybkie odpowiedzi

Najlepsze dla: zespołów badawczych porównujących grupy eksperymentalne, genotypy lub punkty czasowe na wielu obrazach barwionych skrawków, hodowli lub organoidów, które chcą, by każdy obraz był liczony w ten sam sposób, a n podawane poprawnie.

Główne zalety: jedna receptura na każdym obrazie, próbka jako jednostka statystyczna, kontrola wartości odstających i powtórzeń z kolejką do przeglądu oraz eksporty z akapitem do sekcji Metody.

Ważne ograniczenie: tylko standardowe testy dla dwóch i wielu grup; bez statystyki post hoc i modeli mieszanych.

Ostatnia weryfikacja: 11 listopada 2026.

Licz cały eksperyment w ten sam sposób

Pobierz SlideScope, wypróbuj Quantify na bezpłatnej bibliotece przykładów i przeprowadź swój eksperyment w SlideScope Plus.

Pobierz SlideScope