Deneyler · SlideScope 1.22.0 ve sonrası

Tedavileri Bütün Bir Mikroskopi Deneyi Boyunca Karşılaştırın

Bir görüntü klasörünü tedavilere, örneklere ve tekrarlara göre düzenleyin. Her görüntüde aynı sayım veya IHC skorlama tarifini çalıştırın, ardından tedavileri nokta grafiği, ortalama ± SD ve doğru istatistiksel testle karşılaştırın; n, görüntü veya hücre değil örnek olarak sayılır. Aykırı değerler ve uyuşmayan tekrarlar bir inceleme kuyruğuna gider; her tablo, grafik ve Yöntem paragrafı makaleniz için dışa aktarılır.

SlideScope’u indirin Planları görün

Tedaviler, örnekler ve tekrarlar Her görüntüde aynı tarif n = örnek, görüntü değil

Tedavileri elle karşılaştırmak neden yanlış sonuç verir?

Görüntü başına farklı ayarlar

Her görüntüyü ayrı ayrı saymak, eşikte veya bölgede bir görüntüden diğerine küçük değişikliklere yol açar; tedaviler arasındaki fark biyolojiden değil ayarlardan kaynaklanabilir.

Şişirilmiş n

Her görüntüyü ya da her hücreyi bağımsız bir gözlem olarak saymak n’yi hayvan veya kültür sayısından çok daha büyük yapar ve p değerleri deneyin desteklediğinden daha ikna edici görünür.

Kimsenin bakmadığı aykırı değerler

Odak dışı tek bir alan ya da dokudaki bir katlanma bütün bir örneği kaydırabilir. Bir sayı tablosunda hiçbir şey sizi buna yol açan görüntüye geri götürmez.

SlideScope’ta bir deney nasıl yürür?

Klasörü SlideScope’ta açın. Klasör, içindeki her görüntüden oluşan bir veri kümesi olarak açılır; SlideScope’un okuduğu her biçimde: CZI, ND2, SVS, NDPI, OME-TIFF, LIF ve daha fazlası.
Bir deney olarak düzenleyin. Bir örnek tablosunu içe aktararak ya da dosya adlarından gelen önerileri kabul ederek her görüntüye bir tedavi, bir örnek ve bir tekrar atayın. Bir görüntüyü gerekçesiyle hariç tutun: kayıtta kalır ve geri getirilebilir. Deney, görüntülerinizin yanında duran küçük bir dosyadır; bu yüzden klasörle birlikte taşınır.
Her görüntüde aynı tarifi çalıştırın (Plus). Aynı Quantify ayarları her görüntüde çekirdek, hücre veya parçacıkleri sayar ve DAB skorlar; böylece her sayı aynı yolla üretilmiş olur.
Tedavileri karşılaştırın (Plus). Bir ölçüm seçin; SlideScope her tedavinin ortalaması ve SD’siyle örnek başına bir nokta çizer ve uygun testleri çalıştırır.
İnceleyin ve dışa aktarın. İşaretlenmiş herhangi bir görüntüyü inceleme kuyruğundan açın, bir nesnenin sınıfını veya IHC derecesini düzeltin; görüntü, örnek ve grup tablolarını, grafiği ve bir Yöntem paragrafını dışa aktarın.

Araç (vehicle) ve ilaç tedavilerine göre düzenlenmiş bir veri kümesi; her görüntü için bir örnek ve tekrar, ayrıca Run recipe ve Compare düğmeleri — Deney olarak düzenlenmiş bir klasör: 2 tedavi, 6 örnek, 13 görüntü. Gösterim verileri: EPFL BrdU IHC kırpımları (CC BY 4.0); tedavi ve örnek adları gösterim için uydurulmuştur.

İstatistikler ve n’nin neden örnek sayısı olduğu

Aynı hayvandan, hastadan veya kültürden gelen görüntüler ve hücreler bağımsız değildir. SlideScope önce her örneğin görüntülerinin ortalamasını alır, ardından testleri örnek başına tek bir değer üzerinde çalıştırır; böylece n, gerçekte sahip olduğunuz biyolojik tekrar sayısıdır.

Tedavi sayısı	SlideScope’un çalıştırdığı testler	Birlikte gösterilenler
İki	Welch t testi (eşit varyans varsayımı olmadan) ve Mann-Whitney U (sıra tabanlı)	Her örneğin nokta grafiği, ortalama ± SD, tedavi başına n
Üç veya daha fazla	Tek yönlü ANOVA ve Kruskal-Wallis H (sıra tabanlı)	Her tedavi için aynı grafik ve tablo

Tarifin her görüntü için ürettiği herhangi bir değeri karşılaştırabilirsiniz: nesne sayısı, mm² başına yoğunluk, pozitif yüzdesi, H-score, Allred skoru, ortalama nesne alanı veya kanal başına ortalama yoğunluk.

Araç ve ilaç için örnek başına pozitif çekirdek yüzdesinin nokta grafiği, her biri n = 3; Welch t testi ve Mann-Whitney sonuçları ve bir aykırı değer uyarısıyla — SlideScope 1.22’de Compare: örnek başına bir nokta, her tedavinin ortalaması ve SD’si, iki test ve örneğinin geri kalanından çok uzak bir görüntü için bir uyarı. Gösterim verileri, yukarıdaki gibi.

Bir farka güvenmeden önce yapılan kontroller

Aykırı görüntüler: örneğinin diğer görüntülerinden çok uzak olan bir görüntü (robust z 3.5’in üzerinde) işaretlenir ve inceleme kuyruğuna gider.
Uyuşmayan tekrarlar: örnekleri geniş ölçüde değişen bir tedavi (varyasyon katsayısı 0.5’in üzerinde) işaretlenir.
Çok az örnek: üçten az örneği olan bir tedavi işaretlenir, çünkü hiçbir test onun hakkında pek bir şey söyleyemez.
Görüntü kalitesi: çok az nesne, kırpılmış pikseller veya kötü bir slayt içeren sonuçlar, Quantify’ın tek bir görüntüde kullandığı kontrollerle işaretlenir.
Kayıt altındaki düzeltmeler: yeniden sınıflandırdığınız veya derecesini değiştirdiğiniz nesneler ve gerekçesiyle hariç tuttuğunuz görüntüler, dışa aktarılan Yöntem metnine yazılır.

Neler yapmaz?

ANOVA sonrası ikili post-hoc testleri, karma modelleri veya güç hesaplamalarını çalıştırmaz. Bunlar için örnek tablosunu Prism, R veya Python’a aktarın.
Tek bir tarifin ürettiği değerleri karşılaştırır; tarifi veya ölçümü sizin yerinize seçmez.
Ask Your Slide açık görüntü hakkındaki soruları yanıtlar. Bir deneyin tamamı hakkındaki soruları henüz yanıtlamaz.
Araştırma içindir. Bir tanı sistemi değildir ve istatistiksel olarak anlamlı bir fark klinik bir bulgu değildir.

Deney analizi hakkında sorular

Mikroskopi görüntülerinde tedavi grupları nasıl karşılaştırılır?

Klasörü SlideScope’ta açın ve görüntülerini bir deney olarak düzenleyin: bir örnek tablosundan ya da dosya adlarına dayalı önerilerden tedaviler, örnekler ve tekrarlar. SlideScope Plus ile her görüntüde aynı Quantify tarifini çalıştırın, ardından Compare’i seçin: SlideScope her örneğin görüntülerinin ortalamasını alır, her tedavinin ortalaması ve SD’siyle örnek başına bir nokta çizer ve iki tedavi için Welch t testi ile Mann-Whitney’i, daha fazlası için ANOVA ile Kruskal-Wallis’i çalıştırır.

n neden görüntü veya hücre sayısı değil de örnek sayısı?

Aynı hayvandan, hastadan veya kültürden gelen görüntüler ve hücreler bağımsız değildir; bu yüzden onları ayrı gözlemler olarak saymak n’yi şişirir ve farkları olduğundan daha kesin gösterir. SlideScope önce her örneğin görüntülerinin ortalamasını alır ve testleri örnek başına tek bir değer üzerinde çalıştırır.

Hangi ölçümleri karşılaştırabilirim?

Quantify tarifinin her görüntü için ürettiği herhangi bir değeri: nesne sayısı, mm² başına yoğunluk, pozitif yüzdesi, H-score, Allred skoru, ortalama nesne alanı ve kanal başına ortalama yoğunluk.

Deney analizi her plana dahil mi?

Görüntüleri bir deney olarak düzenlemek her plana dahildir. Aynı tarifi deneyin tamamında çalıştırmak, tedavileri karşılaştırmak ve çalıştırmanın sonuçlarını incelemek SlideScope Plus gerektirir. Quantify’ın kendisi, tek bir görüntüde veya bir klasörde, her plana dahildir.

SlideScope bir istatistik paketinin yerini tutar mı?

Hayır. Örnek başına tek bir değer üzerinde standart iki gruplu ve çok gruplu testleri çalıştırır ve bunları arkasındaki verilerle birlikte raporlar. ANOVA sonrası ikili post-hoc testleri, karma modelleri veya güç hesaplamalarını çalıştırmaz; bunlar için örnek tablosunu Prism, R veya Python’a aktarın.

Kısa yanıtlar

En uygun olduğu kişiler: boyanmış kesitler, kültürler veya organoidlerin çok sayıda görüntüsü boyunca tedavileri, genotipleri veya zaman noktalarını karşılaştıran ve her görüntünün aynı şekilde sayılmasını ve n’nin doğru raporlanmasını isteyen araştırma grupları.

Temel güçlü yanları: her görüntüde aynı tarif, istatistiksel birim olarak örnek, inceleme kuyruğuyla aykırı değer ve tekrar kontrolleri, Yöntem paragrafıyla dışa aktarımlar.

Önemli sınırlama: yalnızca standart iki gruplu ve çok gruplu testler; post-hoc veya karma model istatistikleri yoktur.

Son inceleme: 11 Kasım 2026.

Bütün bir deneyi aynı şekilde sayın

SlideScope’u indirin, Quantify’ı ücretsiz örnek kitaplığında deneyin ve deneyinizi SlideScope Plus ile yürütün.

SlideScope’u indirin