Behandelingen vergelijken over een heel microscopie-experiment
Orden een map met beelden in behandelingen, monsters en replicaten. Voer één tel- of IHC-scoringsrecept uit op elk beeld en vergelijk daarna de behandelingen met een dotplot, gemiddelde ± SD en de juiste statistische toets, waarbij n het aantal monsters is, niet het aantal beelden of cellen. Uitschieters en afwijkende replicaten komen in een beoordelingslijst, en elke tabel, elke plot en elke methodealinea kun je exporteren voor je artikel.
Behandelingen, monsters en replicatenEén recept op elk beeldn = monsters, geen beelden
Waarom behandelingen met de hand vergelijken misgaat
Andere instellingen per beeld
Wie elk beeld apart telt, verandert al snel iets aan de drempel of de regio van beeld tot beeld, en dan kan het verschil tussen behandelingen uit de instellingen komen in plaats van uit de biologie.
Opgeblazen n
Wie elk beeld, of elke cel, als onafhankelijke waarneming behandelt, maakt n veel groter dan het aantal dieren of kweken, en p-waarden lijken overtuigender dan het experiment rechtvaardigt.
Uitschieters waar niemand naar keek
Eén onscherp veld of een vouw in het weefsel kan een heel monster verschuiven. In een spreadsheet vol getallen wijst niets je terug naar het beeld dat het veroorzaakte.
Zo werkt een experiment in SlideScope
Open de map in SlideScope. Die opent als dataset van alle beelden erin, in elk formaat dat SlideScope leest: CZI, ND2, SVS, NDPI, OME-TIFF, LIF en meer.
Orden hem als experiment. Geef elk beeld een behandeling, een monster en een replicaat, door een monsterlijst te importeren of door suggesties op basis van de bestandsnamen over te nemen. Sluit een beeld uit met een reden: het blijft vastgelegd en kan worden teruggezet. Het experiment is een klein bestand naast je beelden, dus het verhuist mee met de map.
Voer één recept uit op elk beeld (Plus). Dezelfde Quantify-instellingen tellen kernen, cellen of deeltjes en scoren DAB op elk beeld, zodat elk getal op dezelfde manier tot stand kwam.
Vergelijk behandelingen (Plus). Kies een meetwaarde en SlideScope plot één punt per monster, met het gemiddelde en de SD van elke behandeling, en voert de bijpassende toetsen uit.
Beoordeel en exporteer. Open elk gemarkeerd beeld vanuit de beoordelingslijst, corrigeer de klasse of IHC-graad van een object, en exporteer de tabellen per beeld, monster en groep, de plot en een methodealinea.
Een map geordend als experiment: 2 behandelingen, 6 monsters, 13 beelden. Voorbeelddata: uitsneden van EPFL BrdU IHC (CC BY 4.0), met namen van behandelingen en monsters die voor de demonstratie zijn verzonnen.
De statistiek, en waarom n het aantal monsters is
Beelden en cellen van hetzelfde dier, dezelfde patiënt of dezelfde kweek zijn niet onafhankelijk. SlideScope middelt eerst de beelden van elk monster en voert de toetsen daarna uit op één waarde per monster, zodat n het aantal biologische replicaten is dat je werkelijk hebt.
Behandelingen
Toetsen die SlideScope uitvoert
Weergegeven met
Twee
Welch' t-toets (geen aanname van gelijke varianties) en Mann-Whitney U (op rangen gebaseerd)
Een dotplot van elk monster, gemiddelde ± SD, n per behandeling
Drie of meer
Eenweg-ANOVA en Kruskal-Wallis H (op rangen gebaseerd)
Dezelfde plot en tabel voor elke behandeling
Je kunt elke waarde vergelijken die het recept voor elk beeld heeft opgeleverd: aantal objecten, dichtheid per mm², percentage positief, H-score, Allred-score, gemiddeld objectoppervlak of gemiddelde intensiteit per kanaal.
Compare in SlideScope 1.22: één punt per monster, het gemiddelde en de SD van elke behandeling, beide toetsen en een waarschuwing over een beeld dat ver afwijkt van de rest van zijn monster. Voorbeelddata, zoals hierboven.
Controles voordat je een verschil vertrouwt
Uitschietende beelden: een beeld dat ver afwijkt van de andere beelden van zijn monster (robuuste z boven 3,5) wordt gemarkeerd en komt in de beoordelingslijst.
Afwijkende replicaten: een behandeling waarvan de monsters sterk uiteenlopen (variatiecoëfficiënt boven 0,5) wordt gemarkeerd.
Te weinig monsters: een behandeling met minder dan drie monsters wordt gemarkeerd, omdat geen enkele toets daar veel over kan zeggen.
Beeldkwaliteit: resultaten met te weinig objecten, afgekapte pixels of een coupe van slechte kwaliteit worden gemarkeerd door dezelfde controles die Quantify op één beeld gebruikt.
Correcties vastgelegd: objecten die je herclassificeert of opnieuw gradeert, en beelden die je met een reden uitsluit, worden in de geëxporteerde methodetekst opgenomen.
Wat het niet doet
Het voert geen paarsgewijze post-hoctoetsen na ANOVA, mixed models of poweranalyses uit. Exporteer daarvoor de monstertabel naar Prism, R of Python.
Het vergelijkt de waarden die één recept heeft opgeleverd; het kiest het recept of de meetwaarde niet voor je.
Ask Your Slide beantwoordt vragen over het beeld dat open is. Vragen over een heel experiment beantwoordt het nog niet.
Het is bedoeld voor onderzoek. Het is geen diagnostisch systeem, en een statistisch significant verschil is geen klinische bevinding.
Vragen over experimentanalyse
Hoe vergelijk ik behandelgroepen in microscopiebeelden?
Open de map in SlideScope en orden de beelden als experiment: behandelingen, monsters en replicaten, vanuit een monsterlijst of op basis van suggesties uit de bestandsnamen. Met SlideScope Plus voer je één Quantify-recept uit op elk beeld en kies je daarna Compare: SlideScope middelt de beelden van elk monster, plot één punt per monster met het gemiddelde en de SD van elke behandeling, en voert bij twee behandelingen Welch' t-toets en Mann-Whitney uit, bij meer ANOVA en Kruskal-Wallis.
Waarom is n het aantal monsters en niet het aantal beelden of cellen?
Beelden en cellen van hetzelfde dier, dezelfde patiënt of dezelfde kweek zijn niet onafhankelijk; ze als aparte waarnemingen tellen blaast n op en laat verschillen zekerder lijken dan ze zijn. SlideScope middelt eerst de beelden van elk monster en voert de toetsen uit op één waarde per monster.
Welke meetwaarden kan ik vergelijken?
Elke waarde die het Quantify-recept voor elk beeld heeft opgeleverd: aantal objecten, dichtheid per mm², percentage positief, H-score, Allred-score, gemiddeld objectoppervlak en gemiddelde intensiteit per kanaal.
Zit experimentanalyse in elk abonnement?
Beelden ordenen als experiment zit in elk abonnement. Eén recept over het hele experiment uitvoeren, behandelingen vergelijken en de resultaten van een run beoordelen vereisen SlideScope Plus. Quantify zelf, op één beeld of een map, zit in elk abonnement.
Vervangt SlideScope een statistiekpakket?
Nee. Het voert de standaardtoetsen voor twee groepen en meerdere groepen uit op één waarde per monster en rapporteert ze samen met de onderliggende data. Paarsgewijze post-hoctoetsen na ANOVA, mixed models of poweranalyses voert het niet uit; exporteer daarvoor de monstertabel naar Prism, R of Python.
Snelle antwoorden
Het meest geschikt voor: onderzoeksgroepen die behandelingen, genotypen of tijdspunten vergelijken over veel beelden van gekleurde coupes, kweken of organoïden, en die willen dat elk beeld op dezelfde manier geteld wordt en n correct wordt gerapporteerd.
Belangrijkste sterke punten: één recept op elk beeld, het monster als statistische eenheid, controles op uitschieters en replicaten met een beoordelingslijst, en exports met een methodealinea.
Belangrijke beperking: alleen standaardtoetsen voor twee en meerdere groepen; geen post-hoc- of mixed-modelstatistiek.
Laatst gecontroleerd: 11 november 2026.
Tel een heel experiment op dezelfde manier
Download SlideScope, probeer Quantify op de gratis voorbeeldbibliotheek, en voer je experiment uit met SlideScope Plus.
