ניסויים · החל מ-SlideScope 1.22.0

השוו טיפולים על פני ניסוי מיקרוסקופיה שלם

ארגנו תיקיית תמונות לטיפולים, דגימות וחזרות. הריצו מתכון אחד של ספירה או ניקוד IHC על כל תמונה, ואז השוו טיפולים עם גרף נקודות, ממוצע ± SD והמבחן הסטטיסטי המתאים, כש-n נספר לפי דגימות ולא לפי תמונות או תאים. חריגים וחזרות שאינן מתיישבות עוברים לתור סקירה, וכל טבלה, גרף ופסקת שיטות מיוצאים למאמר שלכם.

טיפולים, דגימות וחזרות מתכון אחד על כל תמונה n = דגימות, לא תמונות

למה השוואת טיפולים ביד משתבשת

הגדרות שונות לכל תמונה

ספירה של כל תמונה בנפרד מזמינה שינויים קטנים בסף או באזור מתמונה לתמונה, וההבדל בין הטיפולים עלול לנבוע מההגדרות ולא מהביולוגיה.

n מנופח

התייחסות לכל תמונה, או לכל תא, כתצפית בלתי תלויה הופכת את n לגדול בהרבה ממספר בעלי החיים או התרביות, וערכי p נראים משכנעים יותר ממה שהניסוי תומך בו.

חריגים שאיש לא הסתכל עליהם

שדה אחד שאינו בפוקוס או קפל ברקמה יכולים להזיז דגימה שלמה. בגיליון מלא מספרים, שום דבר לא מחזיר אתכם לתמונה שגרמה לכך.

איך ניסוי עובד ב-SlideScope

  1. פתחו את התיקייה ב-SlideScope. היא נפתחת כמערך נתונים של כל התמונות שבתוכה, בכל פורמט ש-SlideScope קורא: CZI,‏ ND2,‏ SVS,‏ NDPI,‏ OME-TIFF,‏ LIF ועוד.
  2. ארגנו אותה כניסוי. הקצו לכל תמונה טיפול, דגימה וחזרה, באמצעות ייבוא גיליון דגימות או אישור הצעות משמות הקבצים. אפשר להוציא תמונה עם נימוק: היא נשארת בתיעוד ואפשר להחזיר אותה. הניסוי הוא קובץ קטן לצד התמונות שלכם, כך שהוא עובר יחד עם התיקייה.
  3. הריצו מתכון אחד על כל תמונה (Plus). אותן הגדרות Quantify סופרות גרעינים, תאים או חלקיקים ומנקדות DAB בכל תמונה, כך שכל מספר הופק באותה דרך.
  4. השוו טיפולים (Plus). בחרו מדידה ו-SlideScope משרטט נקודה אחת לכל דגימה, עם הממוצע וה-SD של כל טיפול, ומריץ את המבחנים המתאימים.
  5. סקרו וייצאו. פתחו כל תמונה מסומנת מתור הסקירה, תקנו את הסיווג של אובייקט או את דרגת ה-IHC שלו, וייצאו את טבלאות התמונות, הדגימות והקבוצות, את הגרף ופסקת שיטות.
מערך נתונים שאורגן לטיפולי נשא (vehicle) ותרופה, עם דגימה וחזרה לכל תמונה והכפתורים Run recipe ו-Compare
תיקייה שאורגנה כניסוי: 2 טיפולים, 6 דגימות, 13 תמונות. נתוני דוגמה: חיתוכים מ-EPFL BrdU IHC ‏(CC BY 4.0), עם שמות טיפולים ודגימות שהומצאו לצורך ההדגמה.

הסטטיסטיקה, ולמה n הוא מספר הדגימות

תמונות ותאים מאותו בעל חיים, מטופל או תרבית אינם בלתי תלויים. ‏SlideScope ממצע קודם את התמונות של כל דגימה, ואז מריץ את המבחנים על ערך אחד לכל דגימה, כך ש-n הוא מספר החזרות הביולוגיות שיש לכם בפועל.

טיפוליםהמבחנים ש-SlideScope מריץמוצג עם
שנייםמבחן t של Welch (ללא הנחת שוויון שונויות) ו-Mann-Whitney U (מבוסס דירוגים)גרף נקודות של כל דגימה, ממוצע ± SD, ‏n לכל טיפול
שלושה או יותרANOVA חד-כיווני ו-Kruskal-Wallis H (מבוסס דירוגים)אותו גרף ואותה טבלה לכל טיפול

אפשר להשוות כל ערך שהמתכון הפיק לכל תמונה: מספר אובייקטים, צפיפות למ"מ², אחוז חיוביים, H-score, ציון Allred, שטח אובייקט ממוצע או עוצמה ממוצעת לכל ערוץ.

גרף נקודות של אחוז הגרעינים החיוביים לכל דגימה עבור נשא ותרופה, n = 3 בכל אחד, עם תוצאות מבחן t של Welch ו-Mann-Whitney ואזהרה על חריג
Compare ב-SlideScope 1.22: נקודה אחת לכל דגימה, הממוצע וה-SD של כל טיפול, שני המבחנים ואזהרה על תמונה רחוקה משאר התמונות של הדגימה שלה. נתוני דוגמה, כמו למעלה.

בדיקות לפני שסומכים על הבדל

  • תמונות חריגות: תמונה רחוקה משאר התמונות של הדגימה שלה (robust z מעל 3.5) מסומנת ועוברת לתור הסקירה.
  • חזרות שאינן מתיישבות: טיפול שהדגימות שלו משתנות מאוד (מקדם השתנות מעל 0.5) מסומן.
  • מעט מדי דגימות: טיפול עם פחות משלוש דגימות מסומן, כי שום מבחן לא יכול לומר עליו הרבה.
  • איכות תמונה: תוצאות עם מעט מדי אובייקטים, פיקסלים קטומים או שקופית באיכות ירודה מסומנות באותן בדיקות ש-Quantify מפעיל על תמונה אחת.
  • תיקונים מתועדים: אובייקטים שאתם מסווגים מחדש או שמשנים את דרגתם, ותמונות שאתם מוציאים עם נימוק, נכתבים בטקסט השיטות המיוצא.

מה הוא לא עושה

  • הוא אינו מריץ מבחני post-hoc זוגיים אחרי ANOVA, מודלים מעורבים או חישובי עוצמה. ייצאו את טבלת הדגימות ל-Prism, ל-R או ל-Python לשם כך.
  • הוא משווה את הערכים שמתכון אחד הפיק; הוא אינו בוחר עבורכם את המתכון או את המדידה.
  • Ask Your Slide עונה על שאלות על התמונה הפתוחה. הוא עדיין לא עונה על שאלות על ניסוי שלם.
  • הוא מיועד למחקר. הוא אינו מערכת אבחונית, והבדל מובהק סטטיסטית אינו ממצא קליני.

שאלות על ניתוח ניסויים

איך משווים קבוצות טיפול בתמונות מיקרוסקופיה?

פתחו את התיקייה ב-SlideScope וארגנו את התמונות שבה כניסוי: טיפולים, דגימות וחזרות, מגיליון דגימות או מהצעות המבוססות על שמות הקבצים. עם SlideScope Plus, הריצו מתכון Quantify אחד על כל תמונה, ואז בחרו Compare: ‏SlideScope ממצע את התמונות של כל דגימה, משרטט נקודה אחת לכל דגימה עם הממוצע וה-SD של כל טיפול, ומריץ מבחן t של Welch ו-Mann-Whitney לשני טיפולים, או ANOVA ו-Kruskal-Wallis ליותר.

למה n הוא מספר הדגימות ולא מספר התמונות או התאים?

תמונות ותאים מאותו בעל חיים, מטופל או תרבית אינם בלתי תלויים, ולכן ספירתם כתצפיות נפרדות מנפחת את n וגורמת להבדלים להיראות ודאיים יותר משהם באמת. ‏SlideScope ממצע קודם את התמונות של כל דגימה ומריץ את המבחנים על ערך אחד לכל דגימה.

אילו מדידות אפשר להשוות?

כל ערך שמתכון ה-Quantify הפיק לכל תמונה: מספר אובייקטים, צפיפות למ"מ², אחוז חיוביים, H-score, ציון Allred, שטח אובייקט ממוצע ועוצמה ממוצעת לכל ערוץ.

האם ניתוח ניסויים כלול בכל תוכנית?

ארגון תמונות כניסוי כלול בכל תוכנית. הרצת מתכון אחד על פני הניסוי, השוואת טיפולים וסקירת תוצאות ההרצה דורשות SlideScope Plus. ‏Quantify עצמו, על תמונה אחת או על תיקייה, כלול בכל תוכנית.

האם SlideScope מחליף חבילה סטטיסטית?

לא. הוא מריץ את המבחנים הסטנדרטיים לשתי קבוצות ולקבוצות מרובות על ערך אחד לכל דגימה ומדווח עליהם יחד עם הנתונים שמאחוריהם. הוא אינו מריץ מבחני post-hoc זוגיים אחרי ANOVA, מודלים מעורבים או חישובי עוצמה; ייצאו את טבלת הדגימות ל-Prism, ל-R או ל-Python לשם כך.

תשובות מהירות

מתאים במיוחד ל: קבוצות מחקר שמשוות טיפולים, גנוטיפים או נקודות זמן על פני תמונות רבות של חתכים צבועים, תרביות או אורגנואידים, ורוצות שכל תמונה תיספר באותה דרך וש-n ידווח נכון.

יתרונות מרכזיים: מתכון אחד על כל תמונה, הדגימה כיחידה הסטטיסטית, בדיקות של חריגים וחזרות עם תור סקירה, וייצוא עם פסקת שיטות.

מגבלה חשובה: רק מבחנים סטנדרטיים לשתי קבוצות ולקבוצות מרובות; אין סטטיסטיקת post-hoc או מודלים מעורבים.

נבדק לאחרונה: 11 בנובמבר 2026.

ספרו ניסוי שלם באותה דרך

הורידו את SlideScope, נסו את Quantify על ספריית הדוגמאות החינמית, והריצו את הניסוי שלכם עם SlideScope Plus.

הורדת SlideScope