Experimenty · od SlideScope 1.22.0

Porovnejte skupiny ošetření napříč celým mikroskopickým experimentem

Uspořádejte složku snímků do skupin ošetření, vzorků a replikátů. Na každý snímek použijte jeden recept na počítání nebo hodnocení IHC a pak skupiny porovnejte pomocí bodového grafu, průměru ± SD a vhodného statistického testu, přičemž n se počítá ze vzorků, ne ze snímků nebo buněk. Odlehlé hodnoty a nesouhlasící replikáty jdou do fronty ke kontrole a všechny tabulky, grafy i odstavec do metodiky se exportují pro váš článek.

Stáhnout SlideScope Zobrazit plány

Skupiny ošetření, vzorky a replikáty Jeden recept pro každý snímek n = vzorky, ne snímky

Proč ruční porovnání skupin ošetření selhává

Jiné nastavení u každého snímku

Když se každý snímek počítá zvlášť, práh nebo oblast se od snímku ke snímku drobně mění a rozdíl mezi skupinami pak může pocházet z nastavení, a ne z biologie.

Nafouknuté n

Pokud každý snímek nebo každou buňku považujete za nezávislé pozorování, n je mnohem větší než počet zvířat nebo kultur a p-hodnoty vypadají přesvědčivěji, než experiment dovoluje.

Odlehlé hodnoty, na které se nikdo nepodíval

Jediné rozostřené pole nebo přeložená tkáň může posunout celý vzorek. V tabulce čísel vás nic nenavede zpět ke snímku, který to způsobil.

Jak experiment ve SlideScope funguje

Otevřete složku ve SlideScope. Otevře se jako datová sada všech snímků v ní, v kterémkoli z formátů, které SlideScope čte: CZI, ND2, SVS, NDPI, OME-TIFF, LIF a dalších.
Uspořádejte ji jako experiment. Každému snímku přiřaďte skupinu ošetření, vzorek a replikát, buď importem tabulky vzorků, nebo přijetím návrhů podle názvů souborů. Snímek můžete s uvedením důvodu vyřadit: zůstane v záznamu a lze ho vrátit. Experiment je malý soubor vedle vašich snímků, takže se přesouvá spolu se složkou.
Spusťte jeden recept na každý snímek (Plus). Stejné nastavení Quantify spočítá jádra, buňky nebo částice a ohodnotí DAB v každém snímku, takže každé číslo vzniklo stejným způsobem.
Porovnejte skupiny ošetření (Plus). Zvolte měřenou veličinu a SlideScope vykreslí jeden bod na vzorek s průměrem a SD každé skupiny a provede odpovídající testy.
Zkontrolujte a exportujte. Otevřete libovolný označený snímek z fronty ke kontrole, opravte třídu objektu nebo stupeň IHC a exportujte tabulky snímků, vzorků a skupin, graf a odstavec do metodiky.

Datová sada uspořádaná do skupin ošetření vehikulum a lék, se vzorkem a replikátem u každého snímku a tlačítky Run recipe a Compare — Složka uspořádaná jako experiment: 2 skupiny ošetření, 6 vzorků, 13 snímků. Ukázková data: výřezy IHC BrdU z EPFL (CC BY 4.0), názvy skupin a vzorků jsou pro ukázku smyšlené.

Statistika a proč je n počet vzorků

Snímky a buňky ze stejného zvířete, pacienta nebo kultury nejsou nezávislé. SlideScope nejprve zprůměruje snímky každého vzorku a teprve pak provede testy na jedné hodnotě za vzorek, takže n odpovídá počtu biologických replikátů, které skutečně máte.

Skupiny ošetření	Testy, které SlideScope provede	Co se zobrazí
Dvě	Welchův t-test (bez předpokladu shodných rozptylů) a Mannův–Whitneyův U test (pořadový)	Bodový graf všech vzorků, průměr ± SD, n pro každou skupinu
Tři a více	Jednofaktorová ANOVA a Kruskalův–Wallisův H test (pořadový)	Stejný graf a tabulka pro každou skupinu

Porovnat můžete kteroukoli hodnotu, kterou recept vytvořil pro každý snímek: počet objektů, hustotu na mm², procento pozitivních, H-score, skóre Allred, průměrnou plochu objektu nebo průměrnou intenzitu v každém kanálu.

Bodový graf procenta pozitivních jader na vzorek pro vehikulum a lék, n = 3 v každé skupině, s výsledky Welchova t-testu a Mannova–Whitneyova testu a upozorněním na odlehlou hodnotu — Porovnání ve SlideScope 1.22: jeden bod na vzorek, průměr a SD každé skupiny, oba testy a upozornění na snímek, který se výrazně liší od ostatních snímků svého vzorku. Ukázková data jako výše.

Kontroly, než rozdílu uvěříte

Odlehlé snímky: snímek, který se výrazně liší od ostatních snímků svého vzorku (robustní z nad 3,5), je označen a jde do fronty ke kontrole.
Nesouhlasící replikáty: označí se skupina, jejíž vzorky se výrazně liší (variační koeficient nad 0,5).
Příliš málo vzorků: označí se skupina s méně než třemi vzorky, protože o ní žádný test mnoho neřekne.
Kvalita snímku: výsledky s příliš málo objekty, oříznutými (saturovanými) pixely nebo nekvalitním preparátem označí tytéž kontroly, které Quantify používá u jednoho snímku.
Opravy v záznamu: objekty, které překlasifikujete nebo přehodnotíte, a snímky, které s uvedením důvodu vyřadíte, se zapíšou do exportovaného textu metodiky.

Co neumí

Neprovádí párové post-hoc testy po ANOVA, smíšené modely ani výpočty síly testu. Pro ně exportujte tabulku vzorků do Prism, R nebo Pythonu.
Porovnává hodnoty, které vytvořil jeden recept; recept ani měřenou veličinu za vás nevybírá.
Ask Your Slide odpovídá na otázky k otevřenému snímku. Na otázky k celému experimentu zatím neodpovídá.
Slouží k výzkumu. Nejde o diagnostický systém a statisticky významný rozdíl není klinický nález.

Otázky k analýze experimentů

Jak porovnat skupiny ošetření v mikroskopických snímcích?

Otevřete složku ve SlideScope a uspořádejte její snímky do experimentu: skupiny ošetření, vzorky a replikáty, z tabulky vzorků nebo z návrhů podle názvů souborů. Se SlideScope Plus spusťte na každý snímek jeden recept Quantify a pak zvolte porovnání (Compare): SlideScope zprůměruje snímky každého vzorku, vykreslí jeden bod na vzorek s průměrem a SD každé skupiny a provede Welchův t-test a Mannův–Whitneyův test pro dvě skupiny, nebo ANOVA a Kruskalův–Wallisův test pro více skupin.

Proč je n počet vzorků, a ne počet snímků nebo buněk?

Snímky a buňky ze stejného zvířete, pacienta nebo kultury nejsou nezávislé, takže když je počítáte jako samostatná pozorování, n se nafoukne a rozdíly vypadají jistější, než ve skutečnosti jsou. SlideScope nejprve zprůměruje snímky každého vzorku a testy provádí na jedné hodnotě za vzorek.

Které hodnoty mohu porovnávat?

Kteroukoli hodnotu, kterou recept Quantify vytvořil pro každý snímek: počet objektů, hustotu na mm², procento pozitivních, H-score, skóre Allred, průměrnou plochu objektu a průměrnou intenzitu v každém kanálu.

Je analýza experimentů součástí každého plánu?

Uspořádání snímků do experimentu je součástí každého plánu. Spuštění jednoho receptu na celý experiment, porovnání skupin ošetření a kontrola výsledků běhu vyžadují SlideScope Plus. Samotný Quantify, na jednom snímku nebo složce, je součástí každého plánu.

Nahrazuje SlideScope statistický software?

Ne. Provádí standardní testy pro dvě a více skupin na jedné hodnotě za vzorek a uvádí je spolu s daty, ze kterých vycházejí. Neprovádí párové post-hoc testy po ANOVA, smíšené modely ani výpočty síly testu; pro ně exportujte tabulku vzorků do Prism, R nebo Pythonu.

Rychlé odpovědi

Nejvhodnější pro: výzkumné skupiny, které porovnávají ošetření, genotypy nebo časové body napříč mnoha snímky barvených řezů, kultur nebo organoidů a chtějí, aby se každý snímek počítal stejně a n bylo uvedeno správně.

Hlavní přednosti: jeden recept pro každý snímek, vzorek jako statistická jednotka, kontroly odlehlých hodnot a replikátů s frontou ke kontrole a exporty s odstavcem do metodiky.

Důležité omezení: pouze standardní testy pro dvě a více skupin; žádné post-hoc testy ani smíšené modely.

Naposledy zkontrolováno: 11. listopadu 2026.

Spočítejte celý experiment stejným způsobem

Stáhněte si SlideScope, vyzkoušejte Quantify na bezplatné knihovně ukázek a svůj experiment proveďte se SlideScope Plus.

Stáhnout SlideScope