Experiments · từ SlideScope 1.22.0

So sánh các nghiệm thức trên toàn bộ một thí nghiệm hiển vi

Sắp xếp một thư mục ảnh thành các nghiệm thức, mẫu và lần lặp. Chạy một công thức đếm hoặc chấm điểm IHC trên mọi ảnh, rồi so sánh các nghiệm thức bằng biểu đồ điểm (dot plot), trung bình ± SD và kiểm định thống kê phù hợp, với n được tính theo số mẫu, không phải số ảnh hay số tế bào. Ảnh ngoại lai và các lần lặp không nhất quán được đưa vào hàng đợi xem xét, và mọi bảng, biểu đồ và đoạn Methods đều xuất được cho bài báo của bạn.

Tải xuống SlideScope Xem các gói

Nghiệm thức, mẫu và lần lặp Một công thức cho mọi ảnh n = số mẫu, không phải số ảnh

Vì sao so sánh các nghiệm thức thủ công dễ sai

Mỗi ảnh một thiết lập khác nhau

Đếm từng ảnh riêng lẻ dễ dẫn đến những thay đổi nhỏ về ngưỡng hoặc vùng từ ảnh này sang ảnh khác, và sự khác biệt giữa các nghiệm thức có thể đến từ thiết lập chứ không phải từ sinh học.

n bị thổi phồng

Coi mỗi ảnh, hoặc mỗi tế bào, là một quan sát độc lập khiến n lớn hơn nhiều so với số con vật hoặc số mẫu nuôi cấy, và giá trị p trông thuyết phục hơn mức thí nghiệm thực sự cho phép.

Những giá trị ngoại lai không ai xem lại

Một trường nhìn bị mất nét hoặc một nếp gấp trên mô có thể làm lệch cả một mẫu. Trong một bảng tính toàn con số, không có gì dẫn bạn quay lại ảnh đã gây ra điều đó.

Một thí nghiệm hoạt động như thế nào trong SlideScope

Mở thư mục trong SlideScope. Thư mục được mở thành một tập dữ liệu gồm mọi ảnh bên trong, ở bất kỳ định dạng nào SlideScope đọc được: CZI, ND2, SVS, NDPI, OME-TIFF, LIF và nhiều định dạng khác.
Sắp xếp thành một thí nghiệm. Gán cho mỗi ảnh một nghiệm thức, một mẫu và một lần lặp, bằng cách nhập một bảng mẫu (sample sheet) hoặc chấp nhận các gợi ý từ tên tệp. Loại trừ một ảnh kèm lý do: ảnh vẫn được lưu trong hồ sơ và có thể đưa trở lại. Thí nghiệm là một tệp nhỏ nằm cạnh các ảnh của bạn, nên nó di chuyển cùng thư mục.
Chạy một công thức trên mọi ảnh (Plus). Cùng một thiết lập Quantify đếm nhân, tế bào hoặc hạt và chấm điểm DAB trên từng ảnh, nên mọi con số đều được tạo ra theo cùng một cách.
So sánh các nghiệm thức (Plus). Chọn một phép đo và SlideScope vẽ một điểm cho mỗi mẫu, kèm trung bình và SD của từng nghiệm thức, rồi chạy các kiểm định tương ứng.
Xem xét và xuất. Mở bất kỳ ảnh nào bị gắn cờ từ hàng đợi xem xét, sửa lớp của một đối tượng hoặc mức IHC của nó, rồi xuất các bảng theo ảnh, theo mẫu và theo nhóm, biểu đồ và một đoạn Methods.

Một tập dữ liệu được sắp xếp thành nghiệm thức vehicle và thuốc, với mẫu và lần lặp cho từng ảnh cùng các nút Run recipe và Compare — Một thư mục được sắp xếp thành thí nghiệm: 2 nghiệm thức, 6 mẫu, 13 ảnh. Dữ liệu ví dụ: các vùng cắt IHC BrdU của EPFL (CC BY 4.0), với tên nghiệm thức và tên mẫu được đặt cho mục đích minh họa.

Phần thống kê, và vì sao n là số mẫu

Các ảnh và tế bào từ cùng một con vật, bệnh nhân hoặc mẫu nuôi cấy không độc lập với nhau. SlideScope lấy trung bình các ảnh của từng mẫu trước, rồi chạy kiểm định trên một giá trị cho mỗi mẫu, nên n là số lần lặp sinh học bạn thực sự có.

Số nghiệm thức	Kiểm định SlideScope chạy	Hiển thị kèm
Hai	Kiểm định t Welch (không giả định phương sai bằng nhau) và Mann-Whitney U (dựa trên thứ hạng)	Biểu đồ điểm của mọi mẫu, trung bình ± SD, n theo từng nghiệm thức
Ba trở lên	ANOVA một yếu tố và Kruskal-Wallis H (dựa trên thứ hạng)	Cùng biểu đồ và bảng đó cho mọi nghiệm thức

Bạn có thể so sánh bất kỳ giá trị nào mà công thức tạo ra cho mọi ảnh: số đối tượng, mật độ trên mỗi mm², phần trăm dương tính, H-score, điểm Allred, diện tích đối tượng trung bình, hoặc cường độ trung bình theo từng kênh.

Biểu đồ điểm phần trăm nhân dương tính theo từng mẫu cho vehicle và thuốc, mỗi nhóm n = 3, kèm kết quả kiểm định t Welch và Mann-Whitney và một cảnh báo ngoại lai — Compare trong SlideScope 1.22: một điểm cho mỗi mẫu, trung bình và SD của từng nghiệm thức, cả hai kiểm định, và một cảnh báo về một ảnh lệch xa các ảnh còn lại trong mẫu của nó. Dữ liệu ví dụ, như trên.

Những bước kiểm tra trước khi tin vào một sự khác biệt

Ảnh ngoại lai: ảnh lệch xa các ảnh khác trong cùng mẫu (robust z trên 3,5) bị gắn cờ và được đưa vào hàng đợi xem xét.
Các lần lặp không nhất quán: nghiệm thức có các mẫu dao động lớn (hệ số biến thiên trên 0,5) bị gắn cờ.
Quá ít mẫu: nghiệm thức có ít hơn ba mẫu bị gắn cờ, vì không kiểm định nào có thể nói được nhiều về nó.
Chất lượng ảnh: kết quả có quá ít đối tượng, điểm ảnh bị cắt (clipped) hoặc tiêu bản kém chất lượng bị gắn cờ bằng chính các bước kiểm tra Quantify dùng cho một ảnh.
Ghi lại các chỉnh sửa: các đối tượng bạn phân loại lại hoặc chấm lại mức, và các ảnh bạn loại trừ kèm lý do, đều được ghi vào văn bản Methods khi xuất.

Những gì nó không làm

Tính năng này không chạy kiểm định hậu kiểm (post-hoc) từng cặp sau ANOVA, mô hình hỗn hợp hay tính toán lực mẫu (power). Hãy xuất bảng mẫu sang Prism, R hoặc Python cho những phân tích đó.
Tính năng này so sánh các giá trị do một công thức tạo ra; nó không chọn công thức hay phép đo thay bạn.
Ask Your Slide trả lời câu hỏi về ảnh đang mở. Nó chưa trả lời câu hỏi về toàn bộ một thí nghiệm.
Tính năng này dành cho nghiên cứu. Đây không phải là hệ thống chẩn đoán, và một khác biệt có ý nghĩa thống kê không phải là một phát hiện lâm sàng.

Câu hỏi về phân tích thí nghiệm

Làm thế nào để so sánh các nhóm nghiệm thức trong ảnh hiển vi?

Mở thư mục trong SlideScope và sắp xếp các ảnh của nó thành một thí nghiệm: nghiệm thức, mẫu và lần lặp, từ một bảng mẫu hoặc từ các gợi ý dựa trên tên tệp. Với SlideScope Plus, chạy một công thức Quantify trên mọi ảnh, rồi chọn Compare: SlideScope lấy trung bình các ảnh của từng mẫu, vẽ một điểm cho mỗi mẫu kèm trung bình và SD của từng nghiệm thức, và chạy kiểm định t Welch và Mann-Whitney cho hai nghiệm thức, hoặc ANOVA và Kruskal-Wallis khi có nhiều hơn.

Vì sao n là số mẫu chứ không phải số ảnh hay số tế bào?

Các ảnh và tế bào từ cùng một con vật, bệnh nhân hoặc mẫu nuôi cấy không độc lập với nhau, nên tính chúng là các quan sát riêng biệt sẽ thổi phồng n và khiến sự khác biệt trông chắc chắn hơn thực tế. SlideScope lấy trung bình các ảnh của từng mẫu trước và chạy kiểm định trên một giá trị cho mỗi mẫu.

Tôi có thể so sánh những phép đo nào?

Bất kỳ giá trị nào mà công thức Quantify tạo ra cho mọi ảnh: số đối tượng, mật độ trên mỗi mm², phần trăm dương tính, H-score, điểm Allred, diện tích đối tượng trung bình và cường độ trung bình theo từng kênh.

Phân tích thí nghiệm có trong mọi gói không?

Việc sắp xếp ảnh thành một thí nghiệm có trong mọi gói. Chạy một công thức trên toàn bộ thí nghiệm, so sánh các nghiệm thức và xem xét kết quả của lần chạy cần SlideScope Plus. Bản thân Quantify, trên một ảnh hoặc một thư mục, có trong mọi gói.

SlideScope có thay thế phần mềm thống kê không?

Không. SlideScope chạy các kiểm định chuẩn cho hai nhóm và nhiều nhóm trên một giá trị cho mỗi mẫu và báo cáo chúng cùng dữ liệu nền. Nó không chạy kiểm định hậu kiểm (post-hoc) từng cặp sau ANOVA, mô hình hỗn hợp hay tính toán lực mẫu (power); hãy xuất bảng mẫu sang Prism, R hoặc Python cho những phân tích đó.

Trả lời nhanh

Phù hợp nhất: các nhóm nghiên cứu so sánh nghiệm thức, kiểu gen hoặc mốc thời gian trên nhiều ảnh lát cắt đã nhuộm, mẫu nuôi cấy hoặc organoid, muốn mọi ảnh được đếm theo cùng một cách và n được báo cáo đúng.

Điểm mạnh chính: một công thức cho mọi ảnh, mẫu là đơn vị thống kê, kiểm tra ngoại lai và lần lặp với hàng đợi xem xét, và dữ liệu xuất kèm một đoạn Methods.

Hạn chế quan trọng: chỉ có các kiểm định chuẩn cho hai nhóm và nhiều nhóm; không có thống kê hậu kiểm hay mô hình hỗn hợp.

Xem xét lần cuối: 11 tháng 11 năm 2026.

Đếm cả một thí nghiệm theo cùng một cách

Tải xuống SlideScope, thử Quantify trên thư viện mẫu miễn phí, và chạy thí nghiệm của bạn với SlideScope Plus.

Tải xuống SlideScope