Рисунки
Додайте масштабну лінійку до мікроскопічного зображення
Відкрийте PNG або JPEG, введіть розмір пікселя або виміряйте відому відстань на зображенні й завантажте його з акуратною масштабною лінійкою правильного розміру. Інструмент повністю працює на цій сторінці: ваше зображення ніколи не завантажується на сервер. Нижче: калькулятор довжини масштабної лінійки та розрахунок "реального розміру за масштабною лінійкою" з уроків біології.
Як додати правильну масштабну лінійку
- Дізнайтеся розмір пікселя. Найкраще — з метаданих оригінального файлу (Fiji: Image › Properties; більшість мікроскопічних форматів його записує). Інакше розрахуйте його за камерою та об’єктивом за допомогою калькулятора розміру пікселя або виміряйте об’єкт-мікрометр.
- Використовуйте зображення в повній роздільній здатності. Якщо ви змінили розмір зображення або обрізали й перемасштабували його, розмір пікселя змінився в тому самому співвідношенні. Зменшення у 2× подвоює кількість µm на піксель.
- Виберіть круглу довжину (1, 2, 5, 10, 20, 50, 100 µm…) близько 10–20 % ширини зображення, щоб її було видно з першого погляду і вона не закривала зразок.
- Розмістіть її в незайнятому куті кольором, що контрастує з тлом, і вкажіть довжину на лінійці або в підписі.
Інструмент вище дотримується цих правил: залиште довжину порожньою, і він вибере кругле значення близько п’ятої частини ширини. Більшість браузерів не відкриває файли TIFF; спочатку збережіть PNG (Fiji: File › Save As › PNG).
Формули масштабної лінійки
довжина лінійки (px) = довжина лінійки (µm) ÷ розмір пікселя (µm/px) · реальний розмір = довжина об’єкта ÷ довжина лінійки × значення лінійки
Приклад розрахунку (рисунок): 0.25 µm на піксель, лінійка 50 µm: 50 ÷ 0.25 = 200 пікселів.
Приклад розрахунку (задача з біології): на надрукованій мікрофотографії клітина має 36 mm за лінійкою, а масштабна лінійка 10 µm — 20 mm. Реальний розмір = 36 ÷ 20 × 10 = 18 µm. Оскільки обидві довжини виміряно тією самою лінійкою, їхня одиниця скорочується; одиницю відповіді задає лише значення масштабної лінійки. Збільшення цього відбитка — 20 mm ÷ 10 µm = 20,000 µm ÷ 10 µm = ×2000.
Масштабні лінійки у Fiji та SlideScope
Fiji / ImageJ: задайте або перевірте масштаб (Analyze › Set Scale), потім Analyze › Tools › Scale Bar…, виберіть ширину, розташування й колір і позначте Overlay, щоб пікселі лишилися незмінними.
SlideScope: переглядач читає розмір пікселя з CZI, ND2, SVS, LIF, OME-TIFF та інших підтримуваних форматів і показує масштабну лінійку, що підлаштовується під масштаб. File › Make Figure… компонує панелі з літерами й масштабними лінійками та пише абзац для розділу Methods на основі метаданих файлу; для збереження рисунка потрібна передплата. Якщо у файлі немає розміру пікселя, його можна додати через View › Set Pixel Size….
Запитання
Як додати масштабну лінійку до мікроскопічного зображення?
Вам потрібен розмір пікселя зображення (µm на піксель). Поділіть на нього бажану довжину лінійки, щоб отримати довжину в пікселях, а потім намалюйте її або скористайтеся інструментом на цій сторінці, командою Analyze › Tools › Scale Bar у Fiji чи програмою вашого мікроскопа.
Як розрахувати реальний розмір зразка за масштабною лінійкою?
Виміряйте об’єкт і масштабну лінійку звичайною лінійкою, поділіть довжину об’єкта на довжину масштабної лінійки та помножте на її значення: 36 mm ÷ 20 mm × 10 µm = 18 µm.
Чи завантажується моє зображення на сервер?
Ні. Зображення читає ваш браузер і малює його на полотні (canvas) на цій сторінці; на сервер нічого не надсилається. Після закриття вкладки воно зникає.
Якої довжини має бути масштабна лінійка?
Кругле число (1, 2, 5 × степінь десяти), що охоплює приблизно 10–20 % ширини зображення. Дуже короткі лінійки важко прочитати, а дуже довгі закривають зразок.
Чи можна додати масштабну лінійку до TIFF?
Більшість браузерів не відображає файли TIFF, тому спочатку збережіть зображення як PNG. Настільні програми, як-от Fiji або SlideScope, відкривають TIFF напряму й читають його калібрування.
Цей інструмент безкоштовний?
Так. Він працює у вашому браузері й нікуди нічого не надсилає. SlideScope, настільна програма для мікроскопії від тієї самої команди, — платна програма з безкоштовною бібліотекою зразків (усі інструменти) і передплатою для ваших власних зображень.
Джерела
Результати теоретичні або арифметичні; звірте їх із документацією вашого приладу, перш ніж покладатися на них у клінічній або регульованій роботі.
Вимірюйте на своїх реальних зображеннях
SlideScope відкриває 34 формати мікроскопів і слайд-сканерів, серед них CZI, ND2, SVS і LIF, з їхнім власним калібруванням, тож довжини, площі, кількість клітин і масштабні лінійки виходять у мкм без жодного налаштування. Спробуйте всі інструменти безкоштовно на вбудованих зразках; щоб відкривати власні зображення, потрібна передплата. Уже вирішили? Оформити передплату зараз.