Obrázky do publikací
Přidání měřítka do mikroskopického snímku
Otevřete PNG nebo JPEG, zadejte velikost pixelu nebo na obrázku změřte známou vzdálenost a stáhněte si ho s čistým měřítkem správné délky. Nástroj běží celý na této stránce: váš snímek se nikdy nenahrává. Pod ním najdete kalkulačku délky měřítka a školní biologický výpočet "skutečné velikosti podle měřítka".
Jak přidat správné měřítko
- Zjistěte velikost pixelu. Nejlépe z metadat původního souboru (Fiji: Image › Properties; většina mikroskopických formátů ji zaznamenává). Jinak ji vypočítejte z kamery a objektivu pomocí kalkulačky velikosti pixelu nebo změřte objektový mikrometr.
- Použijte snímek v plném rozlišení. Pokud jste obrázek zmenšili nebo ořízli a přeškálovali, velikost pixelu se změnila ve stejném poměru. Dvojnásobné zmenšení zdvojnásobí počet µm na pixel.
- Zvolte zaokrouhlenou délku (1, 2, 5, 10, 20, 50, 100 µm…) přibližně 10–20 % šířky snímku, aby se dala přečíst na první pohled a nezakrývala vzorek.
- Umístěte ho do klidného rohu v barvě, která kontrastuje s pozadím, a délku uveďte u měřítka nebo v legendě.
Nástroj výše se těmito pravidly řídí: pokud délku necháte prázdnou, zvolí zaokrouhlenou hodnotu blízkou pětině šířky. Soubory TIFF většina prohlížečů neotevře; nejprve uložte PNG (Fiji: File › Save As › PNG).
Vzorce pro měřítko
délka měřítka (px) = délka měřítka (µm) ÷ velikost pixelu (µm/px) · skutečná velikost = délka objektu ÷ délka měřítka × hodnota měřítka
Řešený příklad (obrázek do publikace): 0,25 µm na pixel, měřítko 50 µm: 50 ÷ 0,25 = 200 pixelů.
Řešený příklad (otázka z biologie): na vytištěné mikrofotografii měří buňka pravítkem 36 mm a měřítko 10 µm měří 20 mm. Skutečná velikost = 36 ÷ 20 × 10 = 18 µm. Protože obě délky měříte stejným pravítkem, jejich jednotka se vykrátí; jednotku výsledku určuje jen hodnota měřítka. Zvětšení tohoto výtisku je 20 mm ÷ 10 µm = 20 000 µm ÷ 10 µm = ×2000.
Měřítka ve Fiji a ve SlideScope
Fiji / ImageJ: nastavte nebo zkontrolujte měřítko (Analyze › Set Scale), pak zvolte Analyze › Tools › Scale Bar…, vyberte šířku, umístění a barvu a zaškrtněte Overlay, aby pixely zůstaly nedotčené.
SlideScope: prohlížeč čte velikost pixelu z formátů CZI, ND2, SVS, LIF, OME-TIFF a dalších podporovaných formátů a zobrazuje měřítko, které se přizpůsobuje přiblížení. File › Make Figure… rozvrhne panely s písmeny a měřítky a z metadat souboru napíše odstavec do Metod; uložení obrázku vyžaduje předplatné. Když soubor velikost pixelu nemá, přidáte ji přes View › Set Pixel Size….
Otázky
Jak přidat měřítko do mikroskopického snímku?
Potřebujete velikost pixelu snímku (µm na pixel). Požadovanou délku měřítka jí vydělte, čímž získáte délku měřítka v pixelech, a pak ho nakreslete, nebo použijte nástroj na této stránce, Analyze › Tools › Scale Bar ve Fiji nebo software svého mikroskopu.
Jak vypočítat skutečnou velikost vzorku podle měřítka?
Změřte pravítkem objekt i měřítko, vydělte délku objektu délkou měřítka a vynásobte hodnotou měřítka: 36 mm ÷ 20 mm × 10 µm = 18 µm.
Nahrává se můj snímek?
Ne. Snímek načte váš prohlížeč a vykreslí ho na plátno (canvas) na této stránce; na server se nic neodesílá. Zavřením karty se zahodí.
Jak dlouhé má měřítko být?
Zaokrouhlené číslo (1, 2, 5 × mocnina deseti), které pokryje zhruba 10–20 % šířky snímku. Velmi krátká měřítka se špatně čtou, velmi dlouhá zakrývají vzorek.
Mohu přidat měřítko do TIFF?
Většina prohlížečů soubory TIFF zobrazit neumí, proto snímek nejprve uložte jako PNG. Desktopové nástroje jako Fiji nebo SlideScope otevřou TIFF přímo a načtou jeho kalibraci.
Je tento nástroj zdarma?
Ano. Běží ve vašem prohlížeči a nikam nic neposílá. SlideScope, desktopová aplikace pro mikroskopii od stejného týmu, je placená aplikace s bezplatnou knihovnou ukázek (všechny nástroje) a předplatným pro vlastní snímky.
Zdroje
Výsledky jsou teoretické nebo aritmetické; než se na ně budete spoléhat při klinické nebo regulované práci, ověřte je podle dokumentace svého přístroje.
Měřte na svých skutečných snímcích
SlideScope otevře 34 formátů mikroskopů a skenerů preparátů, mimo jiné CZI, ND2, SVS a LIF, s jejich vlastní kalibrací, takže délky, plochy, počty buněk i měřítka vycházejí v µm bez jakéhokoli nastavování. Vyzkoušejte všechny nástroje zdarma na vestavěných ukázkách; pro otevírání vlastních snímků potřebujete předplatné. Už máte jasno? Předplaťte si ho.