Локальний кількісний аналіз

Рахуйте ядра, клітини й частинки, не надсилаючи назовні жодного пікселя

Локальний кількісний аналіз перетворює препарат, який ви й так розглядаєте, на числа. Сегментація та вимірювання виконуються на вашому комп’ютері, тож неопубліковані та отримані від пацієнтів зображення ніколи не залишають машину, а результат з’являється в тому самому вікні, що й зображення.

CZI · ND2 · SVS · DICOM · TIFFWindows · macOSSlideScope 1.8.5

Чому рахувати тут

Ваші пікселі залишаються на вашій машині

Сегментація та вимірювання виконуються локально. Завантажуються лише ваги моделі, і SlideScope перевіряє їхній хеш SHA-256 перед завантаженням. Нічого із зображення не надсилається — саме це вирішальне для неопублікованих даних, матеріалу від пацієнтів і етичних комісій.

Два рушії, обидва прозорі

Використовуйте перевірені ваги глибокого навчання InstanSeg для ядер і клітин або явний класичний поріг з автовибором за Оцу, визначенням полярності, згладжуванням і межами площі. Ви завжди знаєте, який рушій дав число, і зведення методів це фіксує.

Зроблено заради відтворюваності

Кожен запуск описано збереженим рецептом: тип об’єктів, рушій, канал, пороги, межі площі, канали маркерів. Завантажте рецепт, повторіть обробку теки — отримаєте той самий аналіз. Експортоване зведення методів написано так, щоб вставити його в рукопис.

Що виходить на виході

  • Кількість об’єктів і калібрована щільність на квадратний міліметр усюди, де записано розмір пікселя
  • Площа, периметр і дескриптори форми для кожного об’єкта
  • Середня інтенсивність у кожному каналі, а не лише в каналі сегментації
  • Необов’язкова класифікація маркер-позитивних об’єктів за одним чи двома каналами маркерів
  • Розподіли розмірів та інтенсивностей по всій популяції об’єктів
  • Редаговані накладення: об’єкт, розпізнаний хибно, можна виключити до експорту

Експорт під реальні робочі процеси

  • Таблиця об’єктів CSV для статистики в R, Python, Prism або електронній таблиці
  • Контури GeoJSON, які QuPath і ASAP імпортують безпосередньо
  • Розмічена маска TIFF із рецептом у метаданих файлу
  • Анотований PNG для рисунків і презентацій
  • Зведений JSON для програмного використання далі
  • Готове зведення методів для вставлення в рукопис

П’ять хвилин від зображення до чисел

  1. Оберіть ділянку

    Рахуйте все зображення або лише виділену ділянку. Робота з ділянкою зберігає чутливість гігапіксельного препарату й утримує аналіз на тій тканині, яка вам справді потрібна.

  2. Оберіть об’єкти та рушій

    Ядра, клітини або частинки. InstanSeg для ядер і клітин, класична порогова обробка для решти або коли потрібне цілком явне правило.

  3. Перевірте накладення

    Результати з’являються накладенням на зображенні. Перегляньте таблицю об’єктів, подивіться викиди й виключіть те, що сегментація прочитала хибно. Ніщо не є остаточним, доки ви не підтвердите.

  4. Експортуйте або обробіть теку

    Експортуйте пакет або збережіть налаштування як рецепт і виконайте той самий аналіз для цілої теки за один прохід зі спільним зведенням пакета.

Поширені запитання

Чи покидають мої зображення комп’ютер?

Ні. Сегментація та вимірювання виконуються в процесі SlideScope на вашій машині. Єдиний мережевий запит — одноразове завантаження ваг моделі, і SlideScope перевіряє хеш SHA-256 і архіву, і моделі, перш ніж завантажити будь-який код.

Який рушій обрати?

InstanSeg для ядер і клітин у світлому полі чи флуоресценції: він розділяє дотичні об’єкти помітно краще за поріг. Класичний рушій — для частинок, для незвичних забарвлень або коли потрібне правило, яке можна точно описати в розділі методів.

Чи можна довіряти числам для публікації?

Вважайте їх дослідницьким результатом, який потребує вашого контролю якості. SlideScope показує сегментацію редагованим накладенням саме для того, щоб ви її перевірили, та експортує зведення методів з описом отримання кожного числа. Результати не валідовані для діагностики чи клінічних рішень.

Лише для дослідницьких цілей. Результати потребують візуального контролю якості й не валідовані для діагностики чи клінічних рішень.

Порахуйте власні препарати цього тижня

14-денна пробна версія дає повний доступ, разом із локальним кількісним аналізом і пакетною обробкою тек. Перевірте на тих зображеннях, з якими справді працює ваша лабораторія.

Почати пробний період