Ryciny
Dodaj pasek skali do obrazu mikroskopowego
Otwórz plik PNG lub JPEG, wpisz rozmiar piksela albo zmierz znaną odległość na obrazie i pobierz go z czytelnym paskiem skali o prawidłowej długości. Narzędzie działa w całości na tej stronie: Twój obraz nigdy nie jest wysyłany. Poniżej znajdziesz kalkulator długości paska skali oraz znane z lekcji biologii obliczanie "rzeczywistego rozmiaru na podstawie paska skali".
Jak dodać prawidłowy pasek skali
- Ustal rozmiar piksela. Najlepiej z metadanych oryginalnego pliku (Fiji: Image › Properties; większość formatów mikroskopowych go zapisuje). W przeciwnym razie oblicz go na podstawie kamery i obiektywu za pomocą kalkulatora rozmiaru piksela albo zmierz mikrometr przedmiotowy.
- Używaj obrazu w pełnej rozdzielczości. Jeśli obraz został zmniejszony albo przycięty i przeskalowany, rozmiar piksela zmienił się o ten sam współczynnik. Dwukrotne zmniejszenie podwaja liczbę µm na piksel.
- Wybierz okrągłą długość (1, 2, 5, 10, 20, 50, 100 µm…) wynoszącą około 10–20 % szerokości obrazu, aby była czytelna na pierwszy rzut oka i nie zasłaniała preparatu.
- Umieść go w spokojnym rogu w kolorze kontrastującym z tłem i podaj długość na pasku lub w legendzie.
Powyższe narzędzie stosuje te zasady: jeśli zostawisz długość pustą, wybierze okrągłą wartość w okolicy jednej piątej szerokości. Większość przeglądarek internetowych nie otwiera plików TIFF; najpierw zapisz PNG (Fiji: File › Save As › PNG).
Wzory na pasek skali
długość paska (px) = długość paska (µm) ÷ rozmiar piksela (µm/px) · rzeczywisty rozmiar = długość obiektu ÷ długość paska × wartość paska
Przykład (rycina): 0,25 µm na piksel, pasek 50 µm: 50 ÷ 0,25 = 200 pikseli.
Przykład (zadanie z biologii): na wydrukowanej mikrofotografii komórka mierzona linijką ma 36 mm, a pasek skali 10 µm ma 20 mm. Rzeczywisty rozmiar = 36 ÷ 20 × 10 = 18 µm. Ponieważ obie długości mierzy się tą samą linijką, ich jednostka się skraca; o jednostce wyniku decyduje tylko wartość paska. Powiększenie tego wydruku wynosi 20 mm ÷ 10 µm = 20 000 µm ÷ 10 µm = ×2000.
Paski skali w Fiji i w SlideScope
Fiji / ImageJ: ustaw lub sprawdź skalę (Analyze › Set Scale), a następnie wybierz Analyze › Tools › Scale Bar…, ustaw szerokość, położenie i kolor i zaznacz Overlay, aby piksele pozostały nienaruszone.
SlideScope: przeglądarka odczytuje rozmiar piksela z plików CZI, ND2, SVS, LIF, OME-TIFF i pozostałych obsługiwanych formatów i wyświetla pasek skali, który dostosowuje się do powiększenia. File › Make Figure… układa panele z literami i paskami skali oraz pisze akapit do sekcji Metody na podstawie metadanych pliku; zapisanie ryciny wymaga subskrypcji. Gdy plik nie ma rozmiaru piksela, View › Set Pixel Size… pozwala go dodać.
Pytania
Jak dodać pasek skali do obrazu mikroskopowego?
Potrzebujesz rozmiaru piksela obrazu (µm na piksel). Podziel przez niego żądaną długość paska, aby uzyskać długość paska w pikselach, a potem go narysuj albo użyj narzędzia na tej stronie, polecenia Analyze › Tools › Scale Bar w Fiji lub oprogramowania mikroskopu.
Jak obliczyć rzeczywisty rozmiar preparatu na podstawie paska skali?
Zmierz linijką obiekt i pasek skali, podziel długość obiektu przez długość paska i pomnóż przez wartość paska: 36 mm ÷ 20 mm × 10 µm = 18 µm.
Czy mój obraz jest wysyłany?
Nie. Obraz jest odczytywany przez przeglądarkę internetową i rysowany na kanwie na tej stronie; nic nie jest wysyłane na serwer. Zamknięcie karty go usuwa.
Jaką długość powinien mieć pasek skali?
Okrągłą liczbę (1, 2, 5 × potęga dziesięciu), która zajmuje mniej więcej 10–20 % szerokości obrazu. Bardzo krótkie paski są trudne do odczytania; bardzo długie zasłaniają preparat.
Czy mogę dodać pasek skali do pliku TIFF?
Większość przeglądarek internetowych nie wyświetla plików TIFF, więc najpierw zapisz obraz jako PNG. Narzędzia desktopowe, takie jak Fiji czy SlideScope, otwierają TIFF bezpośrednio i odczytują jego kalibrację.
Czy to narzędzie jest bezpłatne?
Tak. Działa w Twojej przeglądarce internetowej i nigdzie niczego nie wysyła. SlideScope, desktopowa aplikacja mikroskopowa tego samego zespołu, to płatna aplikacja z bezpłatną biblioteką przykładów (wszystkie narzędzia) i subskrypcją na własne obrazy.
Źródła
Wyniki są teoretyczne lub arytmetyczne; zanim oprzesz się na nich w pracy klinicznej lub regulowanej, sprawdź je w dokumentacji swojego przyrządu.
Mierz na swoich prawdziwych obrazach
SlideScope otwiera 34 formaty mikroskopów i skanerów preparatów, w tym CZI, ND2, SVS i LIF, z ich własną kalibracją, więc długości, pola powierzchni, liczby komórek i paski skali wychodzą w µm bez żadnej konfiguracji. Wypróbuj wszystkie narzędzia bezpłatnie na wbudowanych przykładach; do otwierania własnych obrazów potrzebna jest subskrypcja. Już zdecydowane? Subskrybuj teraz.