איורים
הוספת פס קנה מידה לתמונת מיקרוסקופ
פתחו PNG או JPEG, הזינו את גודל הפיקסל או מדדו מרחק ידוע על התמונה, והורידו אותה עם פס קנה מידה נקי ובגודל הנכון. הכלי רץ כולו בתוך הדף הזה: התמונה שלכם לעולם אינה מועלית. מתחתיו: מחשבון אורך פס קנה מידה וחישוב "גודל אמיתי מתוך פס קנה מידה" מהשיעורים בביולוגיה.
איך מוסיפים פס קנה מידה נכון
- השיגו את גודל הפיקסל. הכי טוב: ממטא-הנתונים של הקובץ המקורי (Fiji: Image › Properties; רוב פורמטי המיקרוסקופ שומרים אותו). אחרת חשבו אותו מנתוני המצלמה והעדשה האובייקטיבית בעזרת מחשבון גודל הפיקסל, או מדדו מיקרומטר שולחן.
- השתמשו בתמונה ברזולוציה מלאה. אם שיניתם את גודל התמונה, או חתכתם ושיניתם את קנה המידה שלה, גודל הפיקסל השתנה באותו יחס. הקטנה פי 2 מכפילה את ה-µm לפיקסל.
- בחרו אורך עגול (1, 2, 5, 10, 20, 50, 100 µm…) של כ-10–20 % מרוחב התמונה, כך שייקרא במבט אחד בלי לכסות את הדגימה.
- מקמו אותו בפינה שקטה בצבע שמנוגד לרקע, וציינו את האורך על הפס או במקרא.
הכלי שלמעלה פועל לפי הכללים האלה: השאירו את האורך ריק והוא יבחר ערך עגול שקרוב לחמישית מהרוחב. רוב הדפדפנים אינם יכולים לפתוח קובצי TIFF; שמרו קודם PNG (Fiji: File › Save As › PNG).
נוסחאות פס קנה מידה
אורך הפס (px) = אורך הפס (µm) ÷ גודל הפיקסל (µm/px) · גודל אמיתי = אורך העצם ÷ אורך הפס × ערך הפס
דוגמה פתורה (איור): 0.25 µm לפיקסל, פס של 50 µm: 50 ÷ 0.25 = 200 פיקסלים.
דוגמה פתורה (שאלה בביולוגיה): במיקרוגרף מודפס התא מודד 36 mm בסרגל, ופס קנה המידה של 10 µm מודד 20 mm. גודל אמיתי = 36 ÷ 20 × 10 = 18 µm. מאחר ששני האורכים נמדדים באותו סרגל, היחידה שלהם מצטמצמת; רק הערך של הפס קובע את יחידת התשובה. ההגדלה של ההדפסה הזו היא 20 mm ÷ 10 µm = 20,000 µm ÷ 10 µm = ×2000.
פסי קנה מידה ב-Fiji וב-SlideScope
Fiji / ImageJ: הגדירו או בדקו את קנה המידה (Analyze › Set Scale), ואז Analyze › Tools › Scale Bar…, בחרו רוחב, מיקום וצבע, וסמנו Overlay כדי שהפיקסלים יישארו ללא שינוי.
SlideScope: המציג קורא את גודל הפיקסל מקובצי CZI, ND2, SVS, LIF, OME-TIFF ושאר הפורמטים הנתמכים, ומציג פס קנה מידה שמתעדכן עם הזום. File › Make Figure… מסדר חלוניות עם אותיות ופסי קנה מידה וכותב פסקת Methods ממטא-הנתונים של הקובץ; שמירת האיור דורשת מנוי. כשלקובץ אין גודל פיקסל, View › Set Pixel Size… מוסיף אותו.
שאלות
איך מוסיפים פס קנה מידה לתמונת מיקרוסקופ?
צריך את גודל הפיקסל של התמונה (µm לפיקסל). מחלקים בו את אורך הפס הרצוי כדי לקבל את אורך הפס בפיקסלים, ואז מציירים אותו, או משתמשים בכלי שבדף הזה, ב-Analyze › Tools › Scale Bar של Fiji או בתוכנת המיקרוסקופ שלכם.
איך מחשבים את הגודל האמיתי של דגימה מתוך פס קנה מידה?
מודדים את העצם ואת פס קנה המידה בסרגל, מחלקים את אורך העצם באורך הפס ומכפילים בערך של הפס: 36 mm ÷ 20 mm × 10 µm = 18 µm.
האם התמונה שלי מועלית?
לא. הדפדפן שלכם קורא את התמונה ומצייר אותה על קנבס בתוך הדף הזה; שום דבר לא נשלח לשרת. סגירת הלשונית מוחקת אותה.
מה צריך להיות האורך של פס קנה מידה?
מספר עגול (1, 2, 5 × חזקה של עשר) שמשתרע על כ-10–20 % מרוחב התמונה. פסים קצרים מאוד קשים לקריאה; ארוכים מאוד מכסים את הדגימה.
אפשר להוסיף פס קנה מידה ל-TIFF?
רוב הדפדפנים אינם יכולים להציג קובצי TIFF, לכן שמרו קודם את התמונה כ-PNG. כלים למחשב כמו Fiji או SlideScope פותחים את ה-TIFF ישירות וקוראים את הכיול שלו.
האם הכלי הזה חינמי?
כן. הוא רץ בדפדפן שלכם ולא שולח דבר לשום מקום. SlideScope, אפליקציית המיקרוסקופיה למחשב של אותו צוות, היא אפליקציה בתשלום עם ספריית דוגמאות חינמית (כל הכלים) ומנוי לתמונות שלכם.
מקורות
התוצאות תיאורטיות או חשבוניות; בדקו אותן מול התיעוד של המכשיר שלכם לפני שתסתמכו עליהן בעבודה קלינית או מפוקחת.
מדדו על התמונות האמיתיות שלכם
SlideScope פותח 34 פורמטים של מיקרוסקופים וסורקי שקופיות, ביניהם CZI, ND2, SVS ו-LIF, עם הכיול שלהם, כך שאורכים, שטחים, ספירות תאים ופסי קנה מידה מתקבלים ב-µm בלי להגדיר דבר. נסו כל כלי בחינם על הדוגמאות המובנות; כדי לפתוח את התמונות שלכם נדרש מנוי. כבר החלטתם? הירשמו למנוי עכשיו.