Иллюстрации
Добавьте масштабную линейку на микроскопическое изображение
Откройте PNG или JPEG, введите размер пикселя или измерьте на снимке известное расстояние и скачайте изображение с аккуратной масштабной линейкой правильного размера. Инструмент целиком работает на этой странице: ваше изображение никуда не загружается. Ниже — калькулятор длины масштабной линейки и школьный расчёт по биологии «реальный размер по масштабной линейке».
Как добавить правильную масштабную линейку
- Узнайте размер пикселя. Лучше всего — из метаданных исходного файла (Fiji: Image › Properties; большинство форматов микроскопов его записывают). Иначе рассчитайте его по камере и объективу с помощью калькулятора размера пикселя или измерьте объект-микрометр.
- Используйте изображение в полном разрешении. Если вы уменьшали изображение или обрезали и масштабировали его, размер пикселя изменился в том же соотношении. Уменьшение в 2 раза удваивает число µm на пиксель.
- Выберите круглую длину (1, 2, 5, 10, 20, 50, 100 µm…) около 10–20 % ширины изображения, чтобы она читалась с одного взгляда и не закрывала образец.
- Разместите её в спокойном углу цветом, контрастным фону, и укажите длину на линейке или в подписи.
Инструмент выше следует этим правилам: если оставить длину пустой, он выберет круглое значение около пятой части ширины. Большинство браузеров не открывают файлы TIFF; сначала сохраните PNG (Fiji: File › Save As › PNG).
Формулы масштабной линейки
длина линейки (px) = длина линейки (µm) ÷ размер пикселя (µm/px) · реальный размер = длина объекта ÷ длина линейки × значение линейки
Пример расчёта (иллюстрация): 0,25 µm на пиксель, линейка 50 µm: 50 ÷ 0,25 = 200 пикселей.
Пример расчёта (задача по биологии): на напечатанной микрофотографии клетка по линейке имеет длину 36 мм, а масштабная линейка 10 µm — 20 мм. Реальный размер = 36 ÷ 20 × 10 = 18 µm. Поскольку обе длины измерены одной и той же линейкой, их единицы сокращаются; единицу ответа задаёт только значение масштабной линейки. Увеличение этого отпечатка: 20 мм ÷ 10 µm = 20 000 µm ÷ 10 µm = ×2000.
Масштабные линейки в Fiji и в SlideScope
Fiji / ImageJ: задайте или проверьте масштаб (Analyze › Set Scale), затем выберите Analyze › Tools › Scale Bar…, укажите ширину, положение и цвет и отметьте Overlay, чтобы пиксели остались нетронутыми.
SlideScope: просмотрщик считывает размер пикселя из CZI, ND2, SVS, LIF, OME-TIFF и других поддерживаемых форматов и показывает масштабную линейку, которая следует за увеличением. File › Make Figure… размещает панели с буквами и масштабными линейками и пишет абзац для раздела «Методы» по метаданным файла; для сохранения иллюстрации нужна подписка. Если в файле нет размера пикселя, его можно задать через View › Set Pixel Size….
Вопросы
Как добавить масштабную линейку на микроскопическое изображение?
Вам нужен размер пикселя изображения (µm на пиксель). Разделите на него нужную длину линейки, чтобы получить её длину в пикселях, затем нарисуйте её или воспользуйтесь инструментом на этой странице, командой Fiji Analyze › Tools › Scale Bar или программой вашего микроскопа.
Как рассчитать реальный размер образца по масштабной линейке?
Измерьте линейкой объект и масштабную линейку, разделите длину объекта на длину масштабной линейки и умножьте на её значение: 36 мм ÷ 20 мм × 10 µm = 18 µm.
Загружается ли моё изображение?
Нет. Изображение читает ваш браузер и рисует на холсте этой страницы; на сервер ничего не отправляется. При закрытии вкладки оно удаляется.
Какой длины должна быть масштабная линейка?
Круглое число (1, 2, 5 × степень десяти), охватывающее примерно 10–20 % ширины изображения. Очень короткие линейки трудно читать, а очень длинные закрывают образец.
Можно ли добавить масштабную линейку на TIFF?
Большинство браузеров не отображают файлы TIFF, поэтому сначала сохраните изображение как PNG. Настольные программы, такие как Fiji или SlideScope, открывают TIFF напрямую и считывают его калибровку.
Этот инструмент бесплатный?
Да. Он работает в вашем браузере и никуда ничего не отправляет. SlideScope — настольное приложение для микроскопии от той же команды — платное, с бесплатной библиотекой образцов (все инструменты) и подпиской для ваших собственных изображений.
Источники
Результаты носят теоретический или арифметический характер; прежде чем полагаться на них в клинической или регулируемой работе, сверьте их с документацией вашего прибора.
Измеряйте на своих реальных изображениях
SlideScope открывает 34 формата микроскопов и сканеров слайдов, в том числе CZI, ND2, SVS и LIF, с их собственной калибровкой, поэтому длины, площади, подсчёт клеток и масштабные линейки получаются в µm без какой-либо настройки. Попробуйте все инструменты бесплатно на встроенных образцах; чтобы открывать собственные изображения, нужна подписка. Уже решили? Оформите подписку.