Figuren
Een schaalbalk toevoegen aan een microscoopbeeld
Open een PNG of JPEG, vul de pixelgrootte in of meet een bekende afstand op het beeld, en download het met een strakke schaalbalk van de juiste grootte. De tool draait volledig in deze pagina: je beeld wordt nooit geüpload. Daaronder: de calculator voor de lengte van de schaalbalk en de berekening uit de biologieles "werkelijke grootte uit een schaalbalk".
Zo voeg je een schaalbalk toe die klopt
- Zoek de pixelgrootte op. Het best: uit de metadata van het originele bestand (Fiji: Image › Properties; de meeste microscoopformaten leggen die vast). Bereken hem anders uit de camera en het objectief met de pixelgroottecalculator, of meet een objectmicrometer.
- Gebruik het beeld op volledige resolutie. Heb je het beeld verkleind, of bijgesneden en opnieuw geschaald, dan is de pixelgrootte met dezelfde factor veranderd. Een verkleining van 2× verdubbelt het aantal µm per pixel.
- Kies een ronde lengte (1, 2, 5, 10, 20, 50, 100 µm…) van ongeveer 10–20 % van de beeldbreedte, zodat hij in één oogopslag leesbaar is zonder het preparaat te bedekken.
- Zet hem in een rustige hoek in een kleur die contrasteert met de achtergrond, en vermeld de lengte op de balk of in het onderschrift.
De tool hierboven volgt die regels: laat je de lengte leeg, dan kiest hij een ronde waarde van ongeveer een vijfde van de breedte. De meeste browsers kunnen geen TIFF-bestanden openen; sla eerst een PNG op (Fiji: File › Save As › PNG).
Formules voor de schaalbalk
lengte van de balk (px) = lengte van de balk (µm) ÷ pixelgrootte (µm/px) · werkelijke grootte = lengte van het object ÷ lengte van de balk × waarde van de balk
Uitgewerkt voorbeeld (figuur): 0,25 µm per pixel, een balk van 50 µm: 50 ÷ 0,25 = 200 pixels.
Uitgewerkt voorbeeld (biologievraag): op een afgedrukte microfoto meet de cel 36 mm met een liniaal en de schaalbalk van 10 µm meet 20 mm. Werkelijke grootte = 36 ÷ 20 × 10 = 18 µm. Omdat beide lengtes met dezelfde liniaal zijn gemeten, valt hun eenheid weg; alleen de waarde van de balk bepaalt de eenheid van het antwoord. De vergroting van die afdruk is 20 mm ÷ 10 µm = 20.000 µm ÷ 10 µm = ×2000.
Schaalbalken in Fiji en in SlideScope
Fiji / ImageJ: stel de schaal in of controleer hem (Analyze › Set Scale), kies daarna Analyze › Tools › Scale Bar…, kies breedte, positie en kleur, en vink Overlay aan om de pixels onaangetast te laten.
SlideScope: de viewer leest de pixelgrootte uit CZI, ND2, SVS, LIF, OME-TIFF en de andere ondersteunde formaten en toont een schaalbalk die met de zoom meeschaalt. File › Make Figure… zet panelen met letters en schaalbalken op een rij en schrijft een Methods-paragraaf op basis van de metadata van het bestand; voor het opslaan van de figuur heb je een abonnement nodig. Heeft een bestand geen pixelgrootte, dan voegt View › Set Pixel Size… er een toe.
Vragen
Hoe voeg ik een schaalbalk toe aan een microscoopbeeld?
Je hebt de pixelgrootte van het beeld nodig (µm per pixel). Deel de gewenste lengte van de balk daardoor om de lengte in pixels te krijgen en teken hem dan, of gebruik de tool op deze pagina, Analyze › Tools › Scale Bar in Fiji, of de software van je microscoop.
Hoe bereken ik de werkelijke grootte van een preparaat uit een schaalbalk?
Meet het object en de schaalbalk met een liniaal, deel de lengte van het object door de lengte van de balk en vermenigvuldig met de waarde van de balk: 36 mm ÷ 20 mm × 10 µm = 18 µm.
Wordt mijn beeld geüpload?
Nee. Het beeld wordt door je browser gelezen en op een canvas in deze pagina getekend; er wordt niets naar een server gestuurd. Als je het tabblad sluit, is het weg.
Hoe lang moet een schaalbalk zijn?
Een rond getal (1, 2, 5 × een macht van tien) dat ongeveer 10–20 % van de beeldbreedte beslaat. Heel korte balken zijn slecht leesbaar; heel lange bedekken het preparaat.
Kan ik een schaalbalk aan een TIFF toevoegen?
De meeste browsers kunnen geen TIFF-bestanden weergeven, dus sla het beeld eerst op als PNG. Desktoptools zoals Fiji of SlideScope openen de TIFF direct en lezen de kalibratie ervan.
Is deze tool gratis?
Ja. Hij draait in je browser en stuurt nergens iets naartoe. SlideScope, de desktopapp voor microscopie van hetzelfde team, is een betaalde app met een gratis voorbeeldbibliotheek (elke tool) en een abonnement voor je eigen beelden.
Bronnen
De resultaten zijn theoretisch of rekenkundig; controleer ze aan de hand van de documentatie van je instrument voordat je erop vertrouwt voor klinisch of gereguleerd werk.
Meet op je echte beelden
SlideScope opent 34 formaten van microscopen en slidescanners, waaronder CZI, ND2, SVS en LIF, met hun eigen kalibratie, zodat lengtes, oppervlakken, celtellingen en schaalbalken in µm uitkomen zonder dat je iets hoeft in te stellen. Probeer elke tool gratis op de ingebouwde voorbeelden; voor het openen van je eigen beelden heb je een abonnement nodig. Al besloten? Nu abonneren.